이월공제세액과 중소기업에 대한 특별세액감면의 중복적용 여부

1. 질의내용 요약

2000.12.29 법률 제6297호에 의하여 조세특례제한법 제5조 와 제7조의 중복공제가 배제되도록 개정된 바, 이 경우 2000.12.31. 이전에 개시한 사업연도에 같은법 제5조의 규정에 의한 세액공제액중 최저한세의 적용으로 인하여 이월된 세액이 있는 경우 중소기업에 대한 특별세액감면을 중복하여 적용받을 수 있는지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 조세특례제한법 제5조

① 중소기업을 영위하는 내국인이 다음 각호의 1에 해당하는 자산에 2003년 12월 31일까지 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)하는 경우에는 당해 투자금액의 100분의 3에 상당하는 금액을 그 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 사업용자산 (2001. 12. 29 신설)

2. 판매시점정보관리시스템설비 (2001. 12. 29 신설)

3. 정보보호시스템설비 (2001. 12. 29 신설)

○ 조세특례제한법 제7조

① 제조업, 광업, 건설업, 운수업(물류산업과 여객운송업을 말한다. 이하 이 조에서 같다), 어업, 도매업, 소매업, 부가통신업, 연구 및 개발업, 방송업, 엔지니어링사업, 정보처리 및 컴퓨터운용관련업, 종자 및 묘목생산업, 축산업, 의료법에 의한 의료기관을 운영하는 사업(이하 이 조에서 “의료업” 이라 한다), 대통령령이 정하는 자동차정비공장을 운영하는 사업(이하 이 조에서 “자동차정비업” 이라 한다), 폐기물관리법에 의한 폐기물처리업(동법 제44조의 2의 규정에 의하여 신고를 하고 폐기물을 재생처리하는 경우를 포함한다) 및 수질환경보전법에 의한 폐수처리업을 영위하는 중소기업에 대하여는 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 다음 각호의 구분에 의한 감면비율을 적용하여 산출한 세액 상당액을 감면한다. (2001. 12. 29 개정)

1. 대통령령이 정하는 수도권(이하 이 조에서 “수도권” 이라 한다)안에서 중소기업을 영위하는 내국인 중 대통령령이 정하는 소기업(이하 이 조에서 “소기업” 이라 한다)과 대통령령이 정하는 지식기반산업을 영위하는 중소기업 : 100분의 20(도매업, 소매업, 의료업, 자동차정비업을 영위하는 소기업은 100분의 10) (2001. 12. 29 개정)

2. 수도권외의 지역에서 중소기업을 영위하는 내국인 : 100분의 30(도매업, 소매업, 의료업, 자동차정비업을 영위하는 중소기업은 100분의 10)

○ 조세특례제한법 제26조

① 정부가 경기조절을 위하여 필요하다고 인정하는 때에는 대통령령이 정하는 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)를 한 금액의 100분의 10을 초과하지 아니하는 범위안에서 대통령령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 세액을 대통령령이 정하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다. (1998. 12. 28 개정)

○ 조세특례제한법 제127조

④ 제6조, 제7조, 제31조 제4항ㆍ제5항, 제32조 제4항, 제63조, 제63조의 2 제2항, 제64조, 제66조 내지 제68조, 제121조의 8, 제121조의 9 제2항, 법률 제4666호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제13조 또는 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제12조 제4항의 규정에 의하여 소득세 또는 법인세가 감면되는 경우에는 제5조, 제11조, 제24조 내지 제26조, 제62조 제1항ㆍ제2항, 제94조, 법률 제4666호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제14조 또는 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정에 한한다)의 규정은 이를 적용하지 아니한다.

○ 조세특례제한법 제144조

① 제5조, 제7조의 2, 제7조의 3, 제10조, 제11조, 제12조 제2항, 제24조 내지 제26조, 제62조 제1항ㆍ제2항, 제94조 및 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정에 한한다)의 규정에 의하여 공제할 세액 중 당해 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조의 규정에 의한 최저한세의 적용으로 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 당해 과세연도의 다음 과세연도의 개시일부터 4년(제10조의 규정에 의하여 공제할 세액의 경우에는 7년) 이내에 종료하는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 이를 공제한다. (2001. 12. 29 개정)

나. 관련사례(판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 서이46012-10337 (2002.02.27)

1. 조세특례제한법 제127조 (중복공제배제)가 2000. 12. 29 법률 제6297호로 개정됨과 관련임.

2. 조세특례제한법 제127조 제4항 에 의하면 조세특례제한법 제7조 (중소기업특별세액감면)와 조세특례제한법 제26조 (임시투자세액공제)를 중복공제 배제하고 있는 바, 이 법조문 개정전 기 투자된 임시투자세액공제 또는 조세특례제한법 제5조 (중소기업투자세액공제)가 최저한세에 의하여 미공제 잔액이 있을 경우 2001. 1.1 이후 개시사업연도에 임시투자세액공제(중소기업투자세액공제 포함)와 조세특례제한법 제7조 (중소기업특별세액감면)를 함께 공제감면받을 수 있을 지 질의함.

조세특례제한법(2001. 12. 29 법률 제6538호로 개정되기 전의 것) 제127조 제4항의 규정을 적용함에 있어서 2000. 12. 31 이전에 개시한 사업연도에 같은법 제26조의 규정에 의한 임시투자세액공제액이 발생되었으나 최저한세의 적용으로 인하여 이월된 공제세액이 있는 경우

동 이월공제세액은 2001. 1. 1 이후 개시한 사업연도에 같은법 제7조의 중소기업에 대한 특별세액감면과 중복하여 적용받을 수 있는 것임.

조세특례제한법 제5조