농업회사법인(유한회사)이 해산 및 청산 절차 없이 일반 유한회사로 전환하는 경우 청산소득 과세여부

1. 사실관계

○ 질의법인은 ｢농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률(이하 ‘농어업경영체법’)｣에 따라 2015.11. 농업회사법인(유한회사)으로 설립된 법인임

○ 질의법인은 폐기물 수집 운반 처리업을 주업으로 영위하고 있으나

- 해당 업종은 농어업경영체법상 농업회사법인의 사업범위에 해당하지 아니하는바, 지방자치단체의 실태조사 시 시정조치 명령을 받았으며, 그에 따라 질의법인은 일반 유한회사로 전환할 예정임

○ 질의법인에 따르면, 질의법인을 해산하고 청산한 후에 새로운 회사를 설립하는 것이 아니라 관련법령 등에 따라 질의법인의 ｢상호 및 사업목적｣의 변경등기를 통해 전환할 예정임

2. 질의요지

○ 농업회사법인(유한회사)이 해산･청산의 절차 없이 관련법령에 따라 ｢사업목적의 변경등기｣를 통해 일반 유한회사로 전환하는 경우,

- 청산소득에 대한 법인세 과세대상에 해당하는지 여부

3. 관련 법령

<법인세법>

○ 법인세법 제79조

① 내국법인이 해산(합병이나 분할에 의한 해산은 제외한다)한 경우 그 청산소득(이하 "해산에 의한 청산소득"이라 한다)의 금액은 그 법인의 해산에 의한 잔여재산의 가액에서 해산등기일 현재의 자본금 또는 출자금과 잉여금의 합계액(이하 "자기자본의 총액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다.

○ 법인세법 제78조

내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 청산소득에 대한 법인세를 과세하지 아니한다.

1. ｢상법｣의 규정에 따라 조직변경하는 경우

2. 특별법에 따라 설립된 법인이 그 특별법의 개정이나 폐지로 인하여 ｢상법｣에 따른 회사로 조직변경하는 경우

3. 그 밖의 법률에 따라 내국법인이 조직변경하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

○ 법인세법 시행령 제121조

법 제78조제3호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호에 해당하는 경우를 말한다.

1. ｢변호사법｣에 따라 법무법인이 법무법인(유한)으로 조직변경하는 경우

2. ｢관세사법｣에 따라 관세사법인이 관세법인으로 조직변경하는 경우

3. ｢변리사법｣에 따라 특허법인이 특허법인(유한)으로 조직변경하는 경우

4. ｢협동조합 기본법｣ 제60조의2제1항 에 따라 법인등이 협동조합으로 조직변경하는 경우

5. ｢지방공기업법｣ 제80조 에 따라 지방공사가 지방공단으로 조직변경하거나 지방공단이 지방공사로 조직변경하는 경우

<농어업경영체법>

○ 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제19조

① 농업의 경영이나 농산물의 유통ㆍ가공ㆍ판매를 기업적으로 하려는 자나 농업인의 농작업을 대행하거나 농어촌 관광휴양사업을 하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 농업회사법인을 설립할 수 있다.

② 농업회사법인을 설립할 수 있는 자는 농업인과 농업생산자단체로 하되, 농업인이나 농업생산자단체가 아닌 자도 대통령령으로 정하는 비율 또는 금액의 범위에서 농업회사법인에 출자할 수 있다.

⑤ 농업회사법인 및 어업회사법인을 설립하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 주된 사무소의 소재지를 관할하는 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 신고하여야 한다. 신고한 사항 중 대통령령으로 정하는 중요한 사항이 변경되는 경우 또는 해산하는 경우에도 같은 방법으로 변경신고 또는 해산신고를 하여야 한다.

⑪ 농업회사법인 및 어업회사법인에 관하여 이 법에서 규정한 사항 외에는 ｢상법｣ 중 회사에 관한 규정을 준용한다.

○ 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제19조의4

① 농업법인은 그 목적을 달성하기 위하여 농업의 경영, 농산물의 공동 출하ㆍ유통ㆍ가공 등  대통령령 으로 정하는 사업을 영위할 수 있다.

○ 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제20조의2

① 주된 사무소 관할 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 농업법인 또는 어업법인의 적법한 운영과 효율적 관리를 위하여  농림축산식품부령  또는  농림축산식품부령 으로 정하는 조사주기ㆍ방법 등에 따라 다음 각 호의 사항에 대하여 농업법인 또는 어업법인의 운영실태 등에 대한 조사를 실시하여야 한다.

2. 사업범위와 관련된 사항

<상법>

○ 상법 제242조

① 합명회사는 총사원의 동의로 일부사원을 유한책임사원으로 하거나 유한책임사원을 새로 가입시켜서 합자회사로 변경할 수 있다.

○ 상법 제286조

① 합자회사는 사원전원의 동의로 그 조직을 합명회사로 변경하여 계속할 수 있다.

○ 상법 제604조

① 주식회사는 총주주의 일치에 의한 총회의 결의로 그 조직을 변경하여 이를 유한회사로 할 수 있다. 그러나 사채의 상환을 완료하지 아니한 경우에는 그러하지 아니하다.

○ 상법 제607조

① 유한회사는 총사원의 일치에 의한 총회의 결의로 주식회사로 조직을 변경할 수 있다. (생략)

<참고>

○ 특수법인 등의 조직변경등기에 관한 업무처리지침

제정 2019. 9. 17. [등기예규 제1677호, 시행 2019. 9. 20.]

제1조 (목적)

이 지침은 상법에 따라 설립된 주식회사, 유한책임회사, 유한회사 및 그 밖에 다른 법령에 따라 설립된 영리법인을 협동조합기본법에 따른 협동조합으로 조직을 변경(이하 ‘협동조합으로 조직변경’ 이라 한다)하는 등기를 신청한 경우와 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률에 따라 설립된 영농조합법인 또는 영어조합법인이 농업회사법인 또는 어업회사법인으로 조직을 변경(이하 "회사로 조직변경"이라 한다)하는 등기를 신청한 경우에 그 등기신청사건의 처리 방식을 규정하는 것을 목적으로 한다.

제2조 (조직변경으로 인한 등기의 등기사항)

① 협동조합 또는 회사로 조직을 변경(이하 "조직변경"이라 한다)함에 따라 변경 후 법인에 관한 설립등기를 할 때에는 변경 전 법인의 성립 연월일, 상호(영농조합법인 또는 영어조합법인의 경우에는 "명칭"을 말한다), 본점(영농조합법인 또는 영어조합법인의 경우에는 "주된 사무소"를 말한다. 이하 같다)과 조직을 변경한 뜻도 함께 등기하여야 한다.

② 조직변경 전의 법인에 관한 해산등기를 할 때에는 변경 후 법인의 상호(협동조합의 경우에는 "명칭"을 말한다), 본점(협동조합의 경우에는 "주된 사무소"를 말한다. 이하 같다)과 조직을 변경한 뜻 및 그 연월일도 함께 등기하여야 한다.

제3조 (조직변경으로 인한 등기의 신청)

① 본점 소재지에서 하는 조직변경으로 인한 설립등기의 신청과 해산등기의 신청은 조직변경으로 인하여 설립되는 법인의 본점 소재지를 관할하는 등기소에 동시에 하여야 한다.

② 조직변경으로 인한 해산등기는 변경 후 법인의 대표자가 변경 전 법인을 대표하여 신청한다.

법인세법 제79조