공통매입세액 안분계산 착오로 인해 과다납부한 부가가치세 경정청구에 따른 환급세액의 익금 귀속시기

1. 사실관계

○ A법 인은 프랜차이즈업과 음식료업을 주업으로 하여 전국 각지에서 약 **여개의 매장을 운영 하고 있는 종합외식기업으로

- A법인은 식자재를 각 매장으로 발송하기 위하여 경기도 ○○ 시에 위치한 ◎◎ 물류센터 지점(이하 “물류센터”)를 운영하고 있으며

- A법인과 별도의 사업장인 물류센터는 입고된 식자재에 대한 수송, 하역, 검수, 보관 등 제반물류의 과세용역을 A법인에 제공하고 있음

○ 물류센터는 그 동안 부가가치세 신고 시, 공통매입세액으로 분류 하여 A법인 및 물류센터의 총공급가액 대비 갑법인 면세공급가액 비율로 계산한 매입세액 ***백만원을 공제받지 않았으며

- A법인은 해당 매입세액 불공제 금액을 각 사업연도 법인세 신고 시 세금과 공과 금으로 처리하였음

○ 물류센터는 면세공급가액이 없어 공통매입세액이 발생 하지 않음에도 착오에 의해 매입세액 불공제 금액을 산정한 것을 발견하고

- ’14.1기부터 ’19.1기까지의 과세기간 중 공제받지 못한 부가가치 세액 ***백만 원의 환급을 ’19.**.**. 경정청구하여 ’19.**.**. 관할세무 서장으로부터 인용결정을 받아 전액 환급받았음

2. 질의내용

○ 공통매입세액 안분계산 착오로 인하여 과다납부한 부가가치세액을 경정청구에 의해 환급받는 경우 환급세액의 익금 귀속시기

3. 관련법령

○ 법인세법 시행령 제11조

법 제15조제1항에 따른 이익 또는 수입[이하 "수익"(收益)이라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다.

1. ~ 6. (생략)

7. 손금에 산입한 금액중 환입된 금액 (이하생략)

○ 법인세법 제21조

① 다음 각 호의 세금과 공과금은 내국법인의 각 사업연도의 소득 금액 을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다. <개정 2014.1.1>

1. 각 사업연도에 납부하였거나 납부할 법인세(제57조에 따른 외국법인세액을 포함한다) 또는 법인지방소득세와 각 세법에 규정된 의무 불이행으로 인하여 납부하였거나 납부할 세액(가산세를 포함한다) 및 부가가치세의 매입세액 (부가 가치세가 면제되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우의 세액은 제외한다)

2. 반출하였으나 판매하지 아니한 제품에 대한 개별소비세 또는 주세 (酒稅)의 미납액. 다만, 제품가격에 그 세액에 상당하는 금액을 가산한 경우에는 예외로 한다.

3. (이하생략)

○ 법인세법 제40조

① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요 한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 시행령 제71조

⑦ 법 제40조제1항 및 제2항을 적용할 때 법(제43조를 제외한다)ㆍ 「조세특례제한법」 및 이 영에서 규정한 것 외의 익금과 손금의 귀속사업연도에 관하여는 기획재정부령으로 정한다.

○ 법인세법 시행규칙 제36조

영 제71조제7항을 적용할 때 이 규칙에서 별도로 규정한 것 외의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

○ 법인세법 기본통칙 40-71 …11

조세 등의 결정취소로 인한 환급금 및 그 이자의 귀속시기는 그 취소결정이 확정된 날(통지를 요하는 경우에는 통지를 받은 날)이 속하는 사업연도로 한다.

○ 법인세법 기본통칙 40-71 …24

① 법에 따라 손금으로 산입할 수 있는 조세는 「국세기본법 시행령」 제10조의2 각 호 (≒ 납세의무의 확정: 그 세액이 확정되는 때) 또는 「지방세법」 제30조제1항 각 호의 날이 속하는 사업연도의 손금으로 한다.

다만, 결산을 확정함에 있어 관련 수익이 실현되는 사업연도에 손비로 계상한 경우에는 이를 당해 사업 연도의 손금으로 한다.

② 제1항을 적용함에 있어 신고에 따라 납세의무가 확정되는 조세의 경우 그 신고내용에 오류 또는 탈루가 있어 과세관청이 그 과세 표준과 세액을 경정함에 따라 고지되는 조세는 경정되어 고지한 날이 속하는 사업연도의 손금에 산입한다. <신설 2009. 11. 10>

③ 제1항을 적용함에 있어 신고에 따라 납세의무가 확정되는 조세를 수정신고하는 경우에는 그 수정신고에 따라 납부할 세액을 납부하는 날이 속하는 사업연도의 손금에 산입한다. <신설 2009. 11. 10>

법인세법 제21조 · 법인세법 제40조 · 지방세법 제30조 · 국세기본법시행령 제10조의2 · 법인세법 시행규칙 제36조 · 법인세법시행령 제71조 · 법인세법시행령 제11조