공사잔대금 분쟁과 관련한 법원 판결 후 세금계산서를 교부받은 경우 매입세액공제 여부

1. 사실관계

○ ㈜☆☆ (이하 “신청법인”) 과 ㈜△△ (이하 “(주)△△”) 는 건설업을 영위하는 사업자로

- ’21.4.22. **시 **청과 “*** ***** ** 기계설비공사” (이하 “ 기계설비공사 ” ) 를 공동으로 수행하기로 하는 공동도급계약 * 을 체결하고

* 대표계약자 : (주) △△ , 공사지분율 : 신청법인 49%, (주) △△ 51%

- ’21.8.24. 신청법인이 수행하여야 할 공사를 ㈜ △△ 이 수행하도록 하는 “공동도급사간 공사대행계약” * (이하 “ 공사대행계약 ” , 관련 용역은 “ 쟁점용역 ” ) 을 체결함

* 도급사업자 : 신청법인, 수급사업자 : (주) △△ , 계약금액 : 363,194,877원

○ 기계설비 공사는 ’22.5.30. 준공되었으나 공사잔대금에 대하여 신청법인과 ㈜ △△ 간 분쟁이 있어 ㈜ △△ 은 ’22.11.16. 법원에 소송을 제기하였고,

- ’23.8.10. 기각 ((주) △△ 패소) , ’23.8.29. 판결 확정되었으며, ㈜ △△ 은 ’23.11.22. 신청법인에 세금계산서 (이하 “ 쟁점세금계산서 ” ) 를 발급함

2. 질의요지

○ 공사용역의 공급은 완료되었으나 공사잔대금에 대한 분쟁으로 법원의 판결을 받고, 해당 판결 후 세금계산서를 발급받은 경우 관련 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 있는지 여부

3. 관련 법령

○ 부가가치세법 제11조

① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

1. 역무를 제공하는 것

2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

○ 부가가치세법 제16조

① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때 로 한다.

1. 역무의 제공이 완료되는 때

2. 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때

② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기는 대통령령으로 정한다.

○ 부가가치세법 시행령 제29조

② 법 제16조제2항에 따른 용역의 공급시기는 다음 각 호의 구분에 따른다.

1. 역무의 제공이 완료되는 때 또는 대가를 받기로 한 때를 공급 시기로 볼 수 없는 경우 : 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때

○ 부가가치세법 제32조

① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외 한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

○ 부가가치세법 제34조

① 세금계산서는 사업자가 제15조 및 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기에 재화 또는 용역을 공급받는 자에게 발급하여야 한다.

○ 부가가치세법 제38조

① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

② 제1항제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

○ 부가가치세법 제39조

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조제1항제1호 부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항” 이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급 가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

○ 부가가치세법 시행령 제75조

3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 해당 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 발급 받은 경우

7. 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한이 지난 후 세금계산서를 발급받았더라도 그 세금계산서의 발급일이 확정신고기한 다음 날부터 1년 이내이고 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

가. ｢국세기본법 시행령｣ 제25조제1항 에 따른 과세표준 수정신고서와 같은 영 제25조의3에 따른 경정청구서를 세금계산서와 함께 제출하는 경우

나. 해당 거래사실이 확인되어 법 제57조에 따라 납세지 관할 세무서장, 납세지 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 이 조 에서 “납세지 관할 세무서장 등”이라 한다)이 결정 또는 경정하는 경우

부가가치세법 제39조 · 부가가치세법 시행령 제75조