운송용역 대금 중 일부금액이 환수 조치된 경우 수정세금계산서의 교부

1. 질의내용

○ 사업자가 ○○○○유통공사에게 운송용역을 제공하고 세금계산서 교부 및 부가가치세를 신고ㆍ납부한 후 감사원으로부터 ○○○○유통공사에게 과다운송비에 해당하는 금액을 환수하도록 한 감사원시정요구서에 의하여 당해 운송용역 대금 중 일부금액이 환수 조치된 경우 환수금에 대한 부가가치세를 ○○○○유통공사에 되돌려 주어야 하는지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 부가가치세법 제16조

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. (이하생략)

○ 부가가치세법시행령 제59조

법 제16조 제1항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는 법 제21조의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 국세청장이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. 다만, 당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.

나. 유사사례 (질의회신, 심사ㆍ심판례, 판례)

○ 부가46015-3278,2000.09.21

(상황)

1. ○○군청과 1998. 5. 수의계약을 체결하고 동년 동월 준공한 ○○지역 경지정리 공사가 있는 바, 금년 ○○군청이 도감사를 받던 중 상기한 공사를 계약할 당시, 계약금액의 낙찰률이 잘못 적용되어 계약이 되었다고 지적이 되어 당사는 발주처로부터 계약금액 일부분의 회수를 요구받고 있음.

2. ○○군청측은 부가세를 포함한 금액의 회수를 요구하지만 회사측은 1998년 당시, 부가가치세를 신고 납부하였기 때문에 회사가 이중부담하는 상황이므로 부가가치세의 지급은 거절하고 있는 실정임.

(질의)

○○군청측은 부가가치세를 포함하여 납부를 하고 납부한 영수증을 관할세무서에 제출하면 환급받을 수 있는 것 아니냐고 하는데 확실히 환급을 받을 수 있는 것인지, 아니면 부가세 부분은 지급을 거절하면 되는 것인지 질의함.

(회신)

사업자가 세금계산서를 교부한 후 당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 당해 증감사유가 발생한 때에 수정세금계산서를 교부하여야 하며, 추가되는 공급가액과 세액은 흑서로, 차감되는 공급가액과 세액은 주서로 기재하고 수정세금계산서를 교부한 과세기간의 다른 세금계산서와 합계하여 신고하는 것임.

부가가치세법 시행령 제59조 · 부가가치세법 제16조