연구소를 국가 또는 공익단체에 기부시 부가가치세 과면세 여부

1. 사실관계

○ 당 대학(부설 연구소)은 국가예산을 지원받아 방사광가속기 시설을 건설, 소유 및 운영하였으나 국가적 공동연구시설을 당 대학에서 운영하는데 한계가 있어 방사광가속기 연구소(부지, 시설, 장치) 소유권을 기초과학연구원으로 이전하고 운영은 당 대학이 계속하여 위탁 운영할 예정임

○ 운영에 소요되는 비용은 국가(미래창조과학부)가 예산으로 지원

2. 질의내용

○ 당 대학에서 운영하는 방사광가속기 연구소(부지, 시설, 장치)를 기초과학연구원(공익단체)에 무상으로 기부채납 시 무상사용이나 수익사업이 아닌 공익목적을 위해 20년 이상 당 대학이 동 시설을 위탁(운용에 소요되는 비용은 국가가 지원)받아 운영하는 경우 부가가치세 과세대상인지 여부

○ 기초과학연구원이 아닌 국가에 기부채납하여 당 대학이 동 시설을 위탁받아 운영하는 경우에 부가가치세 과세대상인지 여부

3. 관련법령

○ 부가가치세법 제3조

다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로서 개인, 법인(국가ㆍ지방자치단체와 지방자치단체조합을 포함한다), 법인격이 없는 사단ㆍ재단 또는 그 밖의 단체는 이 법에 따라 부가가치세를 납부할 의무가 있다.

1. 사업자

2. 재화를 수입하는 자

○ 부가가치세법 제4조

부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다.

1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급

2. 재화의 수입

○ 부가가치세법 제26조

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

20. 국가, 지방자치단체, 지방자치단체조합 또는 대통령령으로 정하는 공익단체에 무상(無償)으로 공급하는 재화 또는 용역

○ 부가가치세법 시행령 제47조

① 법 제26조제1항제20호에서 "대통령령으로 정하는 공익단체"란 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 「상속세 및 증여세법 시행령」 제12조 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하는 단체를 말한다.

② 공익사업을 위하여 주무관청의 승인을 받아 금품을 모집하는 단체는 제1항에 해당하지 아니하더라도 법 제26조제1항제20호를 적용할 때에는 공익단체로 본다.

○ 상속세 및 증여세법 시행령 제12조

법 제16조제1항에서 "공익법인등"이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 영위하는 자(이하 "공익법인등"이라 한다)를 말한다. 5. 「공익법인의 설립·운영에 관한 법률」의 적용을 받는 공익법인이 운영하는 사업

11. 제1호 내지 제5호·제7호 또는 제8호와 유사한 사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업

○ 부가가치세법 기본통칙 9-18-8

사업자가 건물 등을 신축하여 국가 또는 지방자치단체에 기부채납하고 그 대가로 일정기간 동 건물 등에 대한 무상사용ㆍ수익권을 얻는 경우 해당 거래는 과세대상이 된다

부가가치세법 제3조 · 부가가치세법 제26조 · 부가가치세법 시행령 제47조 · 상속세 및 증여세법 시행령 제12조 · 부가가치세법 제4조