대체주택 양도 당시 1조합원입주권을 보유하다가, 관리처분계획변경인가에 따라 1+1조합원입주권으로 변경되는 경우, 대체주택 특례적용이 가능한 지

1. 사실관계

’88.5월

’10.6월

’16.7월

’20.9월

’21.4월

A주택

취득

사업시행

계획인가

관리처분

계획인가

(1입주권)

관리처분

계획변경인가

(2입주권)

공급계약 체결

’15.8월

’20.2월

B주택

(대체주택)

취득 후 거주

양도

1입주권

2입주권

○ ’88. 5월 A주택(인천 부평구 소재) 취득

○ ’10. 6월 A주택 재개발 사업시행계획인가

○ ’15. 8월 B주택(인천 남동구 소재) 취득 후 1년 이상 거주

○ ’16. 7월 A주택 재개발 관리처분계획인가로 인하여 조합원입주권 전환

○ ’20. 2월 B주택(대체주택) 양도

○ ’20. 9월 관리처분계획변경인가 * 로 인하여 조합원입주권 (1+1) 으로 변경

* 당초 관리처분계획이 무효 또는 취소가 되지 않은 상태에서 변경인가된 것으로 전제

○ ’21. 4월 조합원입주권(1+1)에 대한 주택공급계약 체결

2. 질의내용

○ 대체주택 양도 당시 1조합원입주권을 보유하다가, 관리처분계획변경인가에 따라 1+1조합원입주권으로 변경되는 경우, 대체주택 특례적용이 가능한 지

3. 관련법령 및 관련사례

□ 소득세법 제89조

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택 부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득 하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

② 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 조합원입주권 또는 분양권을 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 제1항에도 불구하고 같은 항 제3호를 적 용하지 아니한다. 다만, 「도시 및 주거환경정비법」에 따 른 재건축사업 또는 재개발사업, 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 자율주택정비사업, 가로주택정비사업, 소규모재건축사업 또는 소규모재개발사업의 시행 기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우나 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

□ 소득세법 시행령 제156조의2

② 법 제89조제2항 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 1세대가 주택과 조합원입주권을 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우로서 제3항부터 제11항까지의 규정에 해당하는 경우를 말한다.

(중략)

⑤ 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택에 대한 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업등의 시행기간 동안 거주하기 위하여 다른 주택(이하 이 항에서 "대체주택" 이라 한다)을 취득한 경우로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 대체주택을 양도하는 때에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조제1항을 적용한다. 이 경우 제154조 제1항의 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않는다.

1. 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업등의 사업 시행인가일 이후 대체주택을 취득하여 1년 이상 거주할 것

2. 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업등의 관리 처분계획등에 따라 취득하는 주택이 완성된 후 2년 이내에 그 주택으로 세대전원이 이사(기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유로 세대원 중 일부가 이사하지 못하는 경우를 포함한다)하여 1 년 이상 계속하여 거주할 것. 다만, 주택이 완성된 후 2년 이내에 취학 또는 근무상의 형편으로 1년 이상 계속하여 국외에 거주할 필요가 있어 세대전원이 출국하는 경우에는 출국사유가 해소(출국한 후 3년 이내에 해소되는 경우만 해당 한다)되어 입국한 후 1년 이상 계속하여 거주해야 한다.

3. 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업등의 관리처분계획등에 따라 취득하는 주택이 완성되기 전 또는 완성된 후 2년 이내에 대체주택을 양도할 것

(중략)

⑬ 제4항 또는 제5항의 규정을 적용받은 1세대(제7항ㆍ제10항 또는 제11항의 규정에 따라 제4항 또는 제5항의 규정을 적용받은 1세대를 포함한다)가 제4항제1호 또는 제5항제2호의 요건을 충족하지 못하게 된 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 주택 양도당시 제4항 또는 제5항을 적용받지 아니할 경우에 납부하였을 세액을 양도소득세로 신고ㆍ납부하여야 한다.

(이하생략)

소득세법 제89조 · 소득세법시행령 제154조 · 소득세법시행령 제156조의2