국가기술개발사업을 수행하고 정부출연금을 받는 경우 면세여부 등

○ ★★★★ (이하 “신청인”이라 함)는 건설업(주종목:토목)을 영위 하는 법인으로서 정부가 특정한 국가기술개발 연구과제를 수행하기로 하고 정부로부터 정부출연금 명목으로 사업비의 일부를 받음

○ 신청인은 환경부에서 특정한 연구과제와 국토해양부에서 특정한 연구과제를 수행하였으며, 주요내용은 다음과 같음

<환경기술개발사업 주요내용>

⦁연구개발과제명 : 토양침식 모니터링 및 저감기술 개발

⦁전문기관 : ◇◇◇기술원

⦁총괄주관기관 : 신청인

⦁세부주관기관 : ★★대학교 산학협력단

⦁ 연구성과의 귀속 : ①지식재산권, 유형적 발생품, 시작품 및 보고서 판권 등 유‧무형 발생품은 총괄주관기관 및 세부주관기관(이하 “ 주관연구기관” 이라 한다) 각각의 소유로 하며, 주관연구기관이 기업인 경우 지식재산권 연구보고서의 판권 등 무형적 결과물의 정부출연금 지분에 상당하는 부분은 전문기관의 소유로 할 수 있음

②운영지침 등에서 정한 바에 따라 참여기업이 주관연구기관과 기술실시 계약을 체결하고 기술실시계약에 의해 기술료를 납부한 시점부터 지식재산권 등 무형의 발생품에 대한 실시권은 참여기업이 소유함

<국토해양기술연구개발사업 주요내용>

⦁연구개발과제명 : 지하수 공공관정 시설 현황조사 및 개량기술 개발

⦁전문기관 : ◎◎평가원

⦁주관기관 : □□협회

⦁참여기관 : 신청인

⦁ 연구성과의 귀속 : ①연구결과물 중 유형적 결과물은 주관기관의 소유로 한다. 다만, 참여기관이 소유의 조건으로 부담한 연구기자재 및 연구시설‧장비는 주관기관과의 협약에 따라 참여기관의 소유로 할 수 있음

②지식재산권, 연구보고서 등 무형적 결과물은 주관기관의 소유로 한다. 다만, 국토해양부소관 연구개발사업 운영규정 제44조제2항 단서조항에 해당하는 경우 주관기관과 참여기관의 협약에 따라 정할 수 있음

⦁ 운영규정 제44조제2항 단서조항 : ①협약으로 정하는 바에 따라 참여 기관이 단독으로 소유할 수 있음(참여기관이 자체 개발하거나 주도적으로 개발한 무형적 결과물, 주관기관이 결과물을 소유할 의사가 없는 경우) ②주관기관과 참여기관이 공동으로 소유할 수 있음(장관이 연구개발물의 활용을 위하여 더 효과적이라고 판단하는 경우)

2. 질의내용

○ 건설업(토목)을 영위하는 사업자가 국가기술개발 연구과제를 수행하면서 정부로부터 정부출연금을 지급받는 경우 연구용역의 공급으로 보아 세금 계산서 또는 계산서를 발급해야 하는지 여부와

- 연구과제를 수행하면서 부담한 매입세액을 매출세액에서 공제 가능한지 여부

3. 관련법령

( 부가가치세법 : 2013. 6. 7., 시행령 : 2013. 6. 28. 개정이전의 것)

○ 부가가치세법 제7조

① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화ㆍ시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다.

○ 부가가치세법 제13조

② 다음 각 호의 금액은 과세표준에 포함하지 아니한다.

4. 국고보조금과 공공보조금

○ 부가가치세법 시행령 제48조

⑩ 법 제13조제2항제4호에 규정하는 국고보조금과 공공보조금은 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금으로 한다.

○ 부가가치세법 제17조

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

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