중소기업이 사업을 전부 폐지한 경우 그 사업연도 결손금의 소급공제 적용여부

1. 질의내용

중소기업법인이 사업을 전부 폐지하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에도 조세특례제한법시행령 제2조 제5항 의 중소기업특례규정이 적용되어 중소기업으로서 법인세법 제72조 의 규정을 적용하여 사업을 전부 폐지한 사업연도의 결손금을 소급공제 받을 수 있는지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 법인세법 제72조

① 제25조 제1항 제1호의 규정에 의한 중소기업은 각 사업연도에 제14조 제2항의 규정에 의한 결손금이 발생한 경우 그 결손금에 대하여 직전 사업연도의 소득에 대하여 과세된 법인세액(대통령령이 정하는 법인세액을 말한다)을 한도로 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 환급신청할 수 있다. 이 경우 당해 결손금에 대하여는 제13조 제1호의 규정을 적용함에 있어서 이를 공제받은 금액으로 본다.

○ 법인세법시행령 제39조

① 법인세법 제25조 제1항 제1호 의 규정에 의한 중소기업이라 함은 “대통령령이 정하는 중소기업”으로서 법인세법시행령 제39조 제1항 의 규정에 의하면 “ 조세특례제한법시행령 제2조 의 규정에 의한 기업”을 말함.

○ 조세특례제한법시행령 제2조

① 조세특례제한법(이하 “법”이라 한다) 제4조 제1항에서 “대통령령이 정하는 중소기업”이라 함은 제조업( 소득세법시행령 제31조 의 규정에 의하여 제조업으로 보는 업종을 포함한다. 이하 같다), 광업, 건설업, 운수업(제5조 제8항의 규정에 의한 물류산업과 여객운송업을 말한다. 이하 같다), 어업, 도매업, 소매업, 부가통신업, 연구 및 개발업, 법 제6조 제3항의 규정에 의한 방송업(이하 “방송업”이라 한다), 제5조 제6항의 규정에 의한 엔지니어링사업, 제5조 제7항의 규정에 의한 정보처리 및 컴퓨터운용관련업, 제54조 제1항의 규정에 의한 자동차정비공장을 운영하는 사업, 의료법에 의한 의료기관을 운영하는 사업, 폐기물관리법에 의한 폐기물처리업(동법 제44조의 2의 규정에 의하여 신고를 하고 폐기물을 재생처리하는 경우를 포함한다. 이하 “폐기물처리업”이라 한다) 또는 수질환경보전법에 의한 폐수처리업(이하 “폐수처리업”이라 한다)을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 “중소기업”이라 한다)을 말한다.

1. 당해 기업이 상시 사용하는 종업원수가 중소기업기본법시행령 별표 1의 기준(어업의 경우 300인으로 한다) 이내일 것

2. 당해 기업의 자산총액이 중소기업기본법시행령 별표 2의 기준 이내일 것

3. 실질적인 독립성이 중소기업기본법시행령 제2조 제2호 의 규정에 적합할 것

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 제1호 또는 제2호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3과세연도까지는 이를 중소기업으로 본다. 다만, 중소기업기본법 제2조 제3항 단서에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

⑤ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 기업이 중소기업기본법시행령 별표 1 또는 별표 2의 개정으로 인하여 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3과세연도까지 중소기업으로 본다.

나. 유사 사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 법인46012-3334, ’93.11.3

제목 : 중소기업 해당사업을 폐지한 경우 조세특례제한법시행령 제2조 제5항 규정 적용여부

- 중소기업에 해당하는 내국인이 중소기업기본법시행령 ″별표 1(중소기업자의 범위를 달리하는 업종 및 구분기준)″ 및 ″별표 2(업종별 자산총액의 규모기준)″의 개정으로 인하여 새로이 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 조세감면규제법시행령 제11조 제5항의 규정에 의거 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도까지는 중소기업으로 보는 것이나, 질의와 같이 중소기업해당사업(주된사업)과 기타의 사업을 겸영하여 중소기업에 해당하던 기업이 주된 사업인 중소기업 해당사업을 처분함에 따라 중소기업에 해당되지 않는 경우에는 위 특례규정을 적용할 수 없는 것이고, 조세감면규제법시행령 제11조 제1항에서 규정하는 ″상시 사용하는 종업원수″는 당해 기업에 계속 고용되어 있는 근로자로서 매월말일 현재의 인원을 기준으로 판정하는 것임.

○ 법인46012-275, ’99.1.22

제목 : 중소기업이 사업을 폐지한 경우 결손금소급공제에 의한 법인세 환급 가능여부

- 조세감면규제법시행령 제2조의 규정에 의한 중소기업에 해당하던 법인이 그 사업을 전부 폐지함으로써 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그 폐업일이 속하는 사업연도에 결손금이 발생한 때에도 구 법인세법(1998. 12. 28 법률 제5581호로 개정되기 전의 것) 제38조의 2의 결손금소급공제에 의한 법인세의 환급 규정을 적용받을 수 없는 것임.

○ 법인46012-1001, 2000.4.21

- 조세특례제한법시행령 제2조 의 규정에 의한 중소기업에 해당하던 법인이 그 사업을 전부 폐지함으로써 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그 폐업일이 속하는 사업연도에 결손금이 발생된 때에도 법인세법 제72조 의 결손금소급공제에 의한 법인세 환급규정을 적용할 수 없는 것임.

법인세법 제72조