다주택을 보유한 1세대가 재건축사업의 시행기간 동안 거주한 주택에 대해 소득령§156의2⑤ 적용 여부

1. 사실관계

○ 2003.12월 甲, 서울 소재 A주택 취득

○ 2008.05월 乙 (甲의 배우자) , 서울 소재 B주택 공동상속으로 취득 (소수지분)

○ 2016.09월 乙, 서울 소재 C주택 취득 (다세대주택)

- 별도세대인 母와 50%씩 공동으로 취득

- 2016년 단기임대주택 (4년) 으로 등록, 2020.11월 임대등록 자동말소

○ 2017.08월 乙, 서울 소재 D주택 취득

- 별도세대인 母와 공동으로 취득 (乙 40%, 母 60%)

○ 2017.09월 A주택에 대해 사업시행인가 고시

○ 2020.07월 D주택 지분 60% 증여로 취득 (母 → 乙)

- 2022년 A주택 철거 후 乙세대는 D주택에 전입하여 2년 이상 거주함

○ 2025.10월 乙&母, C주택 양도

○ 2026.06월 乙, D주택 양도

2. 질의요지

○ 재건축주택 (A주택) 과 상속주택소수지분 (B주택) , 장기임대주택 (C주택) 지분 50%을 보유하는 중

- 재건축주택 (A주택) 의 사업시행인가일 전에 D주택 지분 40%를 취득하고 사업시행인가일 이후 D주택 지분 60%를 취득한 후 세대원 전원이 2년 이상 거주한 후 양도하는 경우

- 재건축사업의 시행기간 동안 거주한 D주택 에 대해 1세대1주택 비과세 규정 (소득령§156의2⑤) 을 적용 할 수 있는지 여부

3. 관련 법령

□ 소득세법 제89조

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소 득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제 외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통 령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충 족하는 주택

나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대 통령령으로 정하는 주택

② 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 조합원 입주권 또는 분양권을 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 제1항 에도 불구하고 같은 항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만, ｢도시 및 주 거환경정비법｣에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, ｢빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법｣에 따른 자율주택정비사업, 가로주택정비사업, 소규모재건축사업 또는 소규모재개발사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우나 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령으로 정 하는 경우에는 그러하지 아니하다.

□ 소득세법 시행령 제156조의2

① 법 제89조제2항 단서에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 1세대가 주 택과 분양권을 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우로서 제2항부터 제8항까지의 규정에 해당하는 경우를 말한다.

⑤ 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택에 대한 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업등의 시행기간 동안 거주하기 위하여 다른 주택 (이하 이 항에서 “대체주택”이라 한다)을 취득한 경우로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 대체주택을 양도하는 때에는 이를 1세대 1 주택으로 보아 제154조제1항을 적용한다. 이 경우 제154조제1항의 보 유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않는다.

1. 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업등의 사업시행인가일 이후 대체주택을 취득하여 1년 이상 거주할 것

2. 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업등의 관리처분계획등에 따라 취득하는 주택이 완성된 후 3년 이내에 그 주택으로 세대전원이 이사(재정경제부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유로 세대원 중 일부가 이사하지 못하는 경우를 포함한다)하여 1년 이상 계속하여 거주할 것. 다만, 주택이 완성된 후 3년 이내에 취학 또는 근무상의 형편으로 1년 이상 계속하여 국외에 거주할 필요가 있어 세대전원이 출국하는 경우에는 출국사유가 해소(출국한 후 3년 이내에 해소되는 경우만 해당한다)되어 입국한 후 1년 이상 계속하여 거주해야 한다.

3. 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업등의 관리처분계획등에 따라 취득하는 주택이 완성되기 전 또는 완성된 후 3년 이내에 대체주 택을 양도할 것

□ 소득세법 시행령 제154조의2

1주택을 여러 사람이 공동으로 소유한 경우 이 영에 특별한 규정이 있는 것 외에는 주택 수를 계산할 때 공동 소유자 각자가 그 주택을 소유한 것으로 본다.

□ 소득세법 시행령 제155조

③ 제154조제1항을 적용할 때 공동상속주택[상속으로 여러 사람이 공동으로 소유하는 1주택을 말하며, 피상속인이 상속개시 당시 2 이상의 주택(상 속받은 1주택이 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업등의 시행으로 2 이상의 주택이 된 경우를 포함한다)을 소유한 경우에는 제2항 각 호의 순위에 따른 1주택을 말한다] 외의 다른 주택을 양도하는 때에는 해당 공동상속주택은 해당 거주자의 주택으로 보지 아니한다. 다만, 상 속지분이 가장 큰 상속인의 경우에는 그러하지 아니하며, 상속지분이 가장 큰 상속인이 2명 이상인 경우에는 그 2명 이상의 사람 중 다음 각 호의 순서에 따라 해당 각 호에 해당하는 사람이 그 공동상속주택을 소유한 것으로 본다.

1. 당해 주택에 거주하는 자

2. 삭제 <2008.2.22>

3. 최연장자

⑳ 제167조의3제1항제2호에 따른 주택{같은 호 가목 및 다목에 해당하는 주택의 경우에는 해당 목의 단서에서 정하는 기한의 제한은 적용하지 않되, 2020년 7월 10일 이전에 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣제5조에 따른 임대사업자등록 신청(임대할 주택을 추가하기 위해 등록사항의 변경 신고를 한 경우를 포함한다)을 한 주택으로 한정하며, 같은 호 마 목에 해당하는 주택의 경우에는 같은 목 1)에 따른 주택[같은 목 2) 및 3)에 해당하지 않는 경우로 한정한다]을 포함한다. 이하 이 조에서 “장기임대주택”이라 한다} 또는 같은 항 제8호의2에 해당하는 주택 (이하 “장기어린이집”이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 “거주주택”이라 한다)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택을 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하였거나 ｢영유아보육법｣제13조제1항에 따 른 인가를 받거나 같은 법 제24조제2항에 따른 위탁을 받아 어린이 집으로 사용한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양 도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주 주택을 말한다. 이하 “직전거주주택”이라 한다)이 있는 거주주택(이 하 이 항에서 “직전거주주택보유주택”이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다.

1. 거주주택: 보유기간 중 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록과 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣제5조에 따른 임대사업자 등록을 한 날, ｢영유아보육법｣제13조제1항에 따른 인 가를 받은 날 또는 같은 법 제24조제2항에 따른 위탁의 계약서상 운 영개시일 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것

2. 장기임대주택: 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장 기임대주택을 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣제5조에 따라 민간임대 주택으로 등록하여 임대하고 있으며, 임대보증금 또는 임대료(이하 이 호에서 “임대료등”이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등의 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약 정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대 사 업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣제44조제4항의 전환 규정을 준용한다.

□ 소득세법 시행령 제167조의3

① 법 제104조제7항제3호에서 “대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호 또는 제12호에 해 당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다.

2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣제5조에 따른 임대사업자 등록[이하 이 조에서 “사업자등록등”이라 하고, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 “기존사업자기준일”이라 한다) 현재 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣제5조에 따른 임대사업자등록을 했으나 법 제168조에 따른 사업자등록을 하지 않은 거주자가 2004년 6월 30일까지 같은 조에 따른 사업자등록을 한 때에는 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제5조에 따른 임대사업자등록일에 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 것으로 본다]을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 “장기임대 주택”이라 한다). 다만, 이 조, 제167조의4, 제167조의10 및 제167조의11을 적용할 때 가목 및 다목부터 마목까지의 규정에 해당하는 장기임대주택 (법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률 부칙 제5조 제1항이 적용되는 주택으로 한정한다)으로서 ｢민간임대주택에 관한 특 별법｣제6조제5항에 따라 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소되는 경우에는 임대의무기간이 종료한 날 해당 목에서 정한 임대기간요건을 갖춘 것으로 본다.

가. ｢민간임대주택에 관한 특별법｣제2조제3호에 따른 민간매입임대주택을 1호 이상 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임 대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과 하지 않고 임대보증금 또는 임대료(이하 이 조에서 “임대료등”이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않는 주택(임대료등의 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣제44조제4항의 전환 규정을 준용한다). 다만, 2018년 3월 31일까지 사업자등록등을 한 주택으로 한정한다.

소득세법 제89조 · 소득세법 시행령 제154조의2 · 소득세법 시행령 제155조 · 소득세법 시행령 제156조의2 · 소득세법 시행령 제167조의3