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주무관청에 등록한 비영리단체인 대안교육기관이 제공하는 교육용역이 면세에 해당하는지

기준-2026-법규부가-0096[법규과-2048] (2026. 8. 12.)

종류
예규
안건번호
기준-2026-법규부가-0096[법규과-2048]
회신일
2026. 8. 12.
소관
국세청
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「대안교육기관에 관한 법률」 제5조에 따라 교육감에게 등록한 비영리단체인 대안교육기관이 학생에게 제공하는 교육용역은 부가가치세가 면제된다. ‍​​‌​‌​​‌​​​​​​부가가치세법 제26조 제1항 제6호와 같은 법 시행령 제36조 제1항 제1호는 주무관청의 허가·인가를 받거나 주무관청에 등록·신고된 학교, 학원 등 또는 그 밖의 비영리단체가 학생 등에게 지식·기술을 가르치는 교육용역을 면세 대상으로 정하고 있다. ‍​​‌‌​‌​​‌‌‌‌​‍​‌‌‌‌​‌​​‌​​​자문대상 기관은 2022년 설립되어 초·중등교육법 제4조에 따른 인가는 받지 않았으나 대안교육기관에 관한 법률 제5조에 따라 경기도 교육청에 대안교육기관으로 등록하고 관할세무서에서 고유번호증을 교부받은 비영리단체이므로, 인가 안 받은 학교라도 대안교육 등록 요건을 갖춘 이상 그 교육용역은 면세에 해당한다.

【요지】

「대안교육기관에 관한 법률」 제5조에 따라 특별시‧광역시‧특별자치시‧도‧특별자치도 교육감에게 등록한 비영리단체인 대안교육기관이 학생에게 제공하는 교육용역은 부가가치세가 면제되는 것임

【전문】

1. 사실관계

○ 자문대상학교는 ’22.x.x. 설립하여 OO도 OO시에서 교육서비스업을 제공하는 대안학교로 「초‧중등 교육법」 제4조 에 따른 인가를 받지는 않았으나,

- 「대안교육기관에 관한 법률」 제5조 에 따라 경기도 교육청에 대안교육기관으로 등록하여 대안교 육을 실시하고 있는 비영리단체이며 관할세무서에서 고유번호증을 교부받음

2. 질의요지

○ 주무관청에 등록한 비영리단체인 대안교육기관이 제공하는 교육용역이 면세에 해당하는지

3. 관련 법령

○ 부가가치세법 제26조

【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

6. 교육용역으로서 대통령령으로 정하는 것

○ 부가가치세법 시행령 제36조

【면세하는 교육용역의 범위】

① 법 제26조제1항제6호에 따른 교육 용역은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설 등에서 학생, 수강생, 훈련생, 교습생 또는 청강생에게 지식, 기술 등을 가르치는 것으로 한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록되거나 신고된 학교, 어린이집( 「영유아보육법」 제10조 에 따른 어린이집을 말하며, 같은 법 제24조제2항 및 제3항에 따라 국공립어린이집이나 직장어린이집 운영을 위탁받은 자가 제공하는 경우를 포함한다), 학원, 강습소, 훈련원, 교습소 또는 그 밖의 비영리단체

○ 초‧중등 교육법 제2조

【학교의 종류】

초‧중등교육을 실시하기 위하여 다음 각 호의 학교를 둔다.

1. 초등학교

2. 중학교‧고등공민학교

3. 고등학교‧고등기술학교

4. 특수학교

5. 각종학교

○ 초‧중등 교육법 제4조

【학교의 설립 등】

① 학교를 설립하려는 자는 시설‧설비 등 대통령령으로 정하는 설립 기준을 갖추어야 한다.

② 사립학교를 설립하려는 자는 특별시‧광역시‧특별자치시‧도‧특별자치도 교육감(이하 “교육감”이라 한다)의 인가를 받아야 한다.

③ 사립학교를 설립‧경영하는 자가 학교를 폐교하거나 대통령령으로 정하는 중요 사항을 변경하려면 교육감의 인가를 받아야 한다.

○ 대안교육기관에 관한 법률 제1조

【목적】

이 법은 국민의 교육을 받을 권리를 보장하고 대안교육기관의 등록 및 운영에 필요한 사항을 정함을 목적으로 한다.

○ 대안교육기관에 관한 법률 제2조

【정의】

이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “대안교육”이란 개인적 특성과 필요에 맞는 다양한 교육내용 및 교육방법을 통하여 개개인의 소질과 적성 개발을 목적으로 하는 학습자 중심의 교육을 말한다.

2. “대안교육기관”이란 「초‧중등 교육법」 제4조 에 따른 인가를 받지 아니하고 이 법 제5조에 따라 등록하여 대안교육을 실시하는 시설‧법인 또는 단체(이하 “시설등”이라 한다)를 말한다.

○ 대안교육기관에 관한 법률 제5조

【대안교육기관의 설립‧운영의 등록 등】

대안교육기관을 설립ㆍ운영하려는 자는 대안교육에 필요한 교사(체육장을 포함한다)와 교지 등 대통령령으로 정하는 시설 및 설비와 다음 각 호의 사항이 기재된 서류를 갖추어 특별시‧광역시‧특별자치시‧도‧특별자치도 교육감(이하 "교육감"이라 한다)에게 등록하여야 한다.

1. 목적

2. 명칭

3. 위치

4. 교육목표

5. 학칙

6. 경비와 유지방법

7. 교육과정 운영계획서

8. 교직원 배치계획서

9. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

⑤ 제1항에 따른 등록기준, 제4항에 따른 변경등록 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 대안교육기관에 관한 법률 제7조

【대안교육기관의 등록 취소】

① 교육감은 대안교육기관을 설립ㆍ운영하는 자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제9조에 따른 대안교육기관 등록운영위원회의 심의를 거쳐 그 등록을 취소할 수 있다. 다만, 제1호 및 제5호의 경우에는 그 등록을 취소하여야 한다.

1. 거짓이나 그 밖의 부정한 방법으로 등록한 경우

2. 제5조제1항제7호에 따른 교육과정 운영계획서와 다르게 운영하거나 교육한 경우

3. 제5조제4항에 따른 변경등록을 하지 아니하고 대안교육기관을 운영하거나 거짓이나 그 밖의 부정한 방법으로 변경등록한 경우

4. 학생에 대한 「아동복지법」제3조제7호에 따른 아동학대 행위가 확인된 경우. 다만, 대안교육기관을 설립ㆍ운영하는 자가 아동학대 행위를 방지하기 위하여 상당한 주의와 감독을 게을리하지 아니한 경우는 제외한다.

5. 제6조 각 호의 어느 하나의 결격사유에 해당하는 경우

6. 그 밖에 이 법 또는 이 법에 따른 명령을 위반한 경우

② 제1항에 따라 등록이 취소된 대안교육기관 설립ㆍ운영자는 지체 없이 해당 내용을 학생의 보호자에게 알리고, 교육감은 등록이 취소된 대안교육기관 학생의 학습권을 보호하기 위한 조치를 마련하여야 한다.

③ 제1항에 따른 등록취소의 절차, 방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 대안교육기관에 관한 법률 제12조

【대안교육기관의 실태조사】

① 교육부장관과 교육감은 5년마다 대안교육기관에 대한 실태조사를 실시하고, 이를 대안교육 정책 수립의 기초자료로 활용하여야 한다.

② 교육부장관과 교육감은 제1항에 따른 실태조사를 위하여 대안교육기관의 장에게 필요한 자료의 제출을 요청할 수 있다. 이 경우 요청을 받은 대안교육기관의 장은 특별한 사유가 없으면 이에 따라야 한다.

③ 제1항에 따른 실태조사의 방법과 내용 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 대안교육기관에 관한 법률 제13조

【교육의 위탁】

① 교육부장관 또는 교육감은 관할 학교 학생의 교육을 위하여 필요하다고 인정되는 경우 대안교육기관의 장에게 교육과정을 편성하고 운영하도록 할 수 있다.

② 「초ㆍ중등교육법」제2조에 따른 학교의 장은 소속 학교 학생의 교육을 위하여 필요하다고 인정 하는 때에는 교육감이 적합하다고 인정하는 대안교육기관에 교육과정의 일부를 위탁할 수 있다.

○ 대안교육기관에 관한 법률 제20조

【시정명령】

교육감은 대안교육기관이 시설ㆍ설비 및 그 밖의 사항에 관하여 관계 법령 또는 해당 대안교육기관의 학칙을 위반한 경우에는 대안교육기관의 장에게 기간을 정하여 그 시정을 명할 수 있다.

○ 대안교육기관에 관한 법률 제20조의2

【지도‧감독 등】

① 교육감 및 지방자치단체의 장은 대안교육기관 학생의 학습권 보장 및 안전 보호를 위하여 대안교육기관의 법령ㆍ학칙 준수, 제10조의2에 따른 지원 경비에 대한 관리ㆍ집행 등 운영 실태를 지도ㆍ감독할 수 있다.

② 교육감 및 지방자치단체의 장이 제1항에 따른 지도ㆍ감독을 위하여 필요하면 조례로 정하는 바에 따라 해당 대안교육기관의 설립ㆍ운영자에게 제1항과 관련된 자료의 제출을 요구하거나 관계 공무원에게 해당 시설에 출입하여 그 시설ㆍ설비, 장부 등을 검사하게 할 수 있다.

○ 대안교육기관에 관한 법률 시행령 제2조

【시설‧설비의 등록기준 등】

① 「대안교육기관에 관한 법률」(이하 "법"이라 한다) 제5조제1항에 따라 대안교육기관의 등록을 하려는 자가 갖추어야 하는 시설ㆍ설비의 등록기준은 다음 각 호와 같다.

1. 별표 1에 따른 교사(校舍)의 기준면적에 적합한 교사를 확보할 것

2. 교사 및 교지(校地)를 직접 소유하거나 임차할 것

3. 교사 및 교지 등의 안전ㆍ방음ㆍ환기ㆍ채광ㆍ소방ㆍ배수 및 위생 등이 교수(敎授)ㆍ학습에 적합하도록 할 것

4. 학습에 필요한 도서ㆍ기계ㆍ기구 등의 교구를 갖출 것

○ 대안교육기관에 관한 법률 시행령 제3조

【대안교육기관의 등록 등】

① 법 제5조제1항에 따라 대안교육기관의 등록을 하려는 자는 대안교육기관 등록 신청서에 다음 각 호의 사항이 포함된 서류를 첨부하여 교육감에게 제출해야 한다.

1. 법 제5조제1항제1호부터 제8호까지의 규정에 따른 사항

2. 개설 연월일

3. 학생 정원

4. 시설ㆍ설비 현황

5. 교사 및 교지의 소유 또는 임차 여부에 관한 사항(교사 및 교지를 임차한 경우에는 임대차계약서 사본)

② 제1항에 따른 신청을 받은 교육감은 「전자정부법」제36조제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통해 토지 등기사항증명서 및 건물 등기사항증명서를 확인(교사 및 교지를 소유한 사실을 확인하는 경우만 해당한다)해야 한다.

③ 법 제5조제4항에 따라 대안교육기관의 변경등록을 하려는 자는 대안교육기관 변경등록 신청서에 변경내용을 증명하는 서류를 첨부하여 교육감에게 제출해야 한다.

⑤ 교육감은 법 제5조제1항에 따라 등록된 대안교육기관이 운영을 시작한 경우에는 해당 대안교육기관으로부터 다음 각 호의 사항이 포함된 학생명부(이하 "학생명부"라 한다)를 제출받아 관리해야 한다.

1. 학생의 성명, 생년월일 및 주소

2. 보호자의 성명, 주소 및 연락처

【관련법령】

부가가치세법 제26조

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