물적분할시 유보금액의 세무조정 방법

1. 사실관계

○ A법인은 2014년에 백신사업부에서 발생한 폐렴개발비와 대상포진개발비를 국제회계기준(IFRS)에 따라 자산성이 없는 것으로 보아 비용으로 계상하였으나,

- 과세관청은 20 19년 세무조사 시 상기 비용들이 자산성이 있는 것으로 보아 폐렴개발비와 대상포진개발비에 대해 손금불산입 유보 처분 하였음

○ A법인은 2017.12월 자회사 관리 및 신규사업 투자를 영위하는 분할존속회사와 화학사업과 백신 및 제약사업을 영위하는 분할신설 법인인 B법인으로 적격인적분할하고

- 폐렴개발비와 대상포진개발비에 대한 세무조정사항은 백신사업을 영위하는 B법인에게 승계하였으며

- B 법인은 2018.7월 적격물적분할을 통해 백신사업을 영위하는 분할 신설법인 C법인을 설립함

○ 폐렴개발비와 대상포진개발비는 적격물적분할시 장부상 계상되지 않은 부외자산으로 폐렴개발비는 2018.12월 특허패소 되었으며, 대상포진개발비는 2017.12월 임상 성공 후 제품판매를 개시함

[사실관계 정리]

2. 질의내용

○ 내국법인이 손금불산입 된 유보금액이 있는 사업부문을 적격물적분할 한 경우 분할법인과 분할신설법인이 해야 할 세무조정

3. 관련법령 및 관련사례

○ 법인세법 제46조의3

② 적격분할을 한 분할신설법인등은 분할법인등의 분할등기일 현재 제13조제1항제1호의 결손금과 분할법인등이 각 사업연도의 소득 금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입 하지 아니한 금액, 그 밖의 자산ㆍ부채 및 제59조에 따른 감면ㆍ세액공제 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 승계한다.

○ 법인세법 제47조

① 분할법인이 물적분할에 의하여 분할신설법인의 주식등을 취득한 경우로서 제46조제2항 각 호의 요건(같은 항 제2호의 경우 전액이 주식등이어야 한다)을 갖춘 경우 그 주식등의 가액 중 물적분할로 인하여 발생한 자산의 양도차익에 상당하는 금액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 분할등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제46조제2항제2호ㆍ제3호 또는 제4호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 자산의 양도차익에 상당하는 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 손금에 산입할 수 있다.

④ 분할법인은 제1항에 따라 양도차익에 상당하는 금액을 손금에 산입한 경우 분할법인이 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산ㆍ부채 및 제59조에 따른 감면ㆍ세액공제 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 분할신설법인에 승계한다.

○ 법인세법 시행령 제82조의4

② 분할신설법인등은 제1항에 따라 분할법인등의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우 분할법인등이 분할 전에 적용받던 법 제59조에 따른 감면 또는 세액공제를 승계하여 감면 또는 세액공제의 적용을 받을 수 있다. 이 경우 법 또는 다른 법률에 해당 감면 또는 세액공제의 요건 등에 관한 규정이 있는 경우에는 분할신설법인등이 그 요건 등을 갖춘 경우에만 이를 적용하며, 분할신설법인등은 다음 각 호의 구분에 따라 승계받은 사업에 속하는 감면 또는 세액공제에 한정하여 적용받을 수 있다.

1. 이월된 감면·세액공제가 특정 사업·자산과 관련된 경우 : 특정 사업․자산을 승계한 분할신설법인등이 공제

2. 제1호 외의 이월된 감면·세액공제의 경우 : 분할법인등의 사업용 자산가액 중 분할신설법인등이 각각 승계한 사업용 자산가액 비율로 안분하여 분할신설법인등이 각각 공제

○ 법인세법 시행령 제84조

⑫ 분할신설법인은 분할법인이 제1항 및 제2항에 따라 압축기장충당금을 계상한 경우 분할법인이 분할 전에 적용받던 법 제59조에 따른 감면 또는 세액공제를 승계하여 감면 또는 세액공제의 적용을 받을 수 있다. 이 경우 법 또는 다른 법률에 해당 감면 또는 세액공제의 요건 등에 관한 규정이 있는 경우에는 분할신설법인이 그 요건 등을 갖춘 경우에만 이를 적용하며, 분할신설법인은 다음 각 호의 구분에 따라 승계받은 사업에 속하는 감면 또는 세액공제에 한정하여 적용받을 수 있다.

1. 이월된 감면·세액공제가 특정 사업·자산과 관련된 경우 : 특정 사업․자산을 승계한 분할신설법인이 공제

2. 제1호 외의 이월된 감면·세액공제의 경우 : 분할법인의 사업용 고정자산가액 중 분할신설법인이 각각 승계한 사업용 고정자산가액 비율로 안분하여 분할신설법인이 각각 공제

○ 법인세법 시행령 제85조

내국법인이 합병 또는 분할하는 경우 법 또는 다른 법률에 다른 규정이 있는 경우 외에는 법 제44조의2제1항 후단, 제44조의3제2항, 제46조의2 제1항 후단, 제46조의3제2항 또는 물적분할에 따라 피합병법인등의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액(이하 이 조에서 "세무조정사항"이라 한다)의 승계는 다음 각 호의 구분에 따른다.

1. 적격합병 또는 적격분할의 경우: 세무조정사항(분할의 경우에는 분할하는 사업부문의 세무조정사항에 한정한다)은 모두 합병법인 등에 승계

2. 제1호 외의 경우: 법 제33조제3항·제4항 및 제34조제4항에 따라 퇴직급여충당금 또는 대손충당금을 합병법인등이 승계한 경우에는 그와 관련된 세무조정사항을 승계하고 그 밖의 세무조정사항은 모두 합병법인등에 미승계

○ 법인세법 시행령 제72조

② 법 제41조제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

3. 합병·분할 또는 현물출자에 따라 취득한 자산의 경우 다음 각 목의 구분에 따른 금액

가. 적격합병 또는 적격분할의 경우: 제80조의4제1항 또는 제82조의4 제1항에 따른 장부가액

나. 그 밖의 경우: 해당 자산의 시가

3의2. 물적분할에 따라 분할법인이 취득하는 주식등의 경우 : 물적분할한 순자산의 시가

법인세법 제46조 · 법인세법 제47조 · 법인세법시행령 제72조 · 법인세법시행령 제82조의4 · 법인세법시행령 제84조 · 법인세법시행령 제85조 · 법인세법 제46조의3