고유목적사업준비금 손금산입 세무처리의 적정여부

1. 사실관계

○ 학교법인 ○○학원은 2011사업연도에 수익용 기본재산인 쟁점부동산을 양도하고,

- 2011사업연도 법인세 신고시 쟁점부동산 양도차익을 포함한 수익사업 소득금액 전액에 대해 고유목적사업준비금을 설정하여 손금산입하였음

○ ○○학원 은 2012사업연도에 쟁점부동산의 양도대금 및 임대수입 등이 입금되는 수익사업용 계좌에서 자금을 인출하여 수익사업용 부동산을 취득하고

- 이에 대해 수익사업회계에서 현금을 지급하여 유형자산을 취득하는 것으로 회계처리하였고,

- 고유목적사업준비금의 사용․환입․전출 등의 회계처리는 없었음

2. 질의내용

○ 비영리법인이 수익사업에서 발생한 소득금액에 대해 고유목적사업준비금을 설정하여 손금산입한 후,

- 그 다음 사업연도에 해당 소득금액이 입금된 계좌에서 자금을 인출하여 수익사업용 부동산을 취득하였으나, 고유목적사업준비금과 관련한 회계처리는 하지 않은 경우, 당초 준비금 손금산입의 적정여부

3. 관련법령

○ 법인세법 제29조

(14.1.1. 개정 전)

① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금(이하 이 조에서 “고유목적사업 등”이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위에서 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입한다.

1.∼4. (각호 생략)

④ 제1항에 따라 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우 그 잔액은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다.

1. 해산한 경우(제3항에 따라 고유목적사업준비금을 승계한 경우는 제외한다)

2. 고유목적사업을 전부 폐지한 경우

3. 법인으로 보는 단체가 ｢국세기본법｣ 제13조제3항 에 따라 승인취소되거나 거주자로 변경된 경우

4. 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 등에 사용하지 아니한 경우(5년 내에 사용하지 아니한 잔액으로 한정한다)

⑤ 제4항제4호에 따라 고유목적사업준비금의 잔액을 익금에 산입하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자 상당액을 해당 사업연도의 법인세에 가산하여 납부하여야 한다.

○ 법인세법 시행령 제56조

⑤ 법 제29조제1항에서 “고유목적사업”이라 함은 당해 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제2조제1항의 규정에 해당하는 수익사업 외의 사업을 말한다.

⑥ 법 제29조제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다.

1. 비영리내국법인이 당해 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 고정자산 취득비용(제31조제2항에 따른 자본적 지출을 포함한다) 및 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액

○ 조세특례제한법 제74조

(13.1.1. 개정 전)

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인에 대해서는 2012년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지 ｢법인세법｣ 제29조 를 적용하는 경우 같은 조 제1항제4호에도 불구하고 해당 법인의 수익사업(이 항 제4호 및 제5호의 경우에는 해당 사업과 해당 사업 시설에서 그 시설을 이용하는 자를 대상으로 하는 수익사업만 해당한다)에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다.

1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인

가. ｢사립학교법｣에 따른 학교법인

○ 법인세법 제113조

① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산･부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.

○ 법인세법 시행규칙 제76조

④ 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 기타의 사업에 지출한 경우 그 자산가액 중 수익사업의 소득금액(잉여금을 포함한다)을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 한다. 이 경우 ｢조세특례제한법｣ 제74조제1항제1호 의 규정을 적용하는 법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다.

○ 법인세법 기본통칙 29-56…5

① 법 제29조의 규정에 의한 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 비영리내국법인이 동조 제3항제4호의 기한이 경과되기 전에 당해 준비금을 환입계상한 경우에는 이를 환입한 사업연도의 익금으로 본다.

② 제1항에서 익금으로 보는 고유목적사업준비금 환입액에 대하여는 법 제29조제4항의 규정을 적용한다. (01.11.1. 신설)

법인세법 제24조 · 법인세법 제29조 · 법인세법 제113조 · 조세특례제한법 제74조 · 법인세법시행령 제56조 · 법인세법 시행규칙 제76조