벤처기업확인서 유효기간 만료된 경우 감면적용 여부

1. 사실관계

○ 신청법인은 소프트웨어 및 시스템개발하는 중소기업으로서 창업일 로부터 2년 이내에 기술신용보증기금으로부터 벤처기업으로 확인을 받았음

- 설립일 : 2006.2.10.

- 1차 벤처확인 유효기간 : 2007.4.26.～2007.12.31.

- 2차 벤처확인 유효기간 : 2008.4.26.～2009.4.25.

○ 2차 벤처확인 인증서의 유효기간이 만료되었으나 재인증 신청을 하지 못함으로 인하여 2009.12.31. 현재는 벤처기업 인증이 없는 상태임

○ 신청법인은 2010.3.16.에 벤처기업 재인증 신청

2. 신청내용

○“ 창업벤처중소기업에 대한 세액감면”을 적용함에 있어 벤처기업을 확인하는 인증서의 유효기간이 만료되고 재인증 신청기한이 경과하여 사업연도 종료일까지 재인증 받지 아니한 경우

- 해당 사업연도의 소득에 대한 창업중소기업 세액감면의 배제 여부

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제6조

① (생략)

② ｢ 벤처기업육성에 관한 특별조치법｣ 제2조 제1항에 따른 벤처기업(이하 “벤처기업”이라 한다) 중 대통령령이 정하는 기업으로서 창업후 3년 이내에 같은 법 제25조 에 따라 2012년 12월 31일까지 벤처기업으로 확인받은 기업 (이하 “창업벤처중소기업”이라 한다)의 경우에는 그 확인받은 날 이후 최초로 소득이 발생한 과세연도(벤처기업으로 확인받은 날 부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 당해 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제1항을 적용받는 경우는 제외하며, 감면기간 중 벤처기업의 확인이 취소된 경우에는 취소일이 속하는 과세연도부터 감면을 적용하지 아니한다. (2010. 1. 1. 개정)

③ ～ ⑦ (생략)

○ 조세특례제한법 시행령 제5조

① ～ ③ (생략)

④ 법 제6조 제2항에서 “대통령령이 정하는 기업”이란 다음 각호의 1에 해당하는 기업을 말한다. (2009. 2. 4. 개정)

1. 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조의 2의 요건을 갖춘 중소기업(같은 조 제1항 제2호 나목에 해당하는 중소기업을 제외한다) (2009. 2. 4. 개정)

2. 연구 및 인력개발을 위하여 지출하는 비용 중 기획재정부령이 정하는 비용(이하 이 조에서 “연구개발비”라 한다)이 당해 과세 연도의 수입금액의 100분의 5 이상인 중소기업 (2008. 2. 29. 직제 개정 ; 기획재정부와 그 소속기관 직제 부칙)

⑤ ～ ⑬ (생략)

○ 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제25조

① 벤처기업으로서 이 법에 따른 지원을 받으려는 기업은 벤처기업 해당 여부에 관하여 기술신용보증기금 등 대통령령으로 정하는 기관이나 단체(이하 “벤처기업확인기관”이라 한다)의 장에게 확인을 요청할 수 있다. (2007. 8. 3. 개정)

＊ 벤처기업확인기관 : 기술신용보증기금, 중소기업진흥공단, 중소기업청장의 허가를 받아 설립된 한국벤처캐피탈협회(같은 법 시행령§ 18의3)

② 벤처기업확인기관의 장은 제1항에 따라 확인 요청을 받으면 지식 경제부령으로 정하는 기간 내에 확인하여 그 결과를 요청인에게 알려야 한다. 이 경우 그 기업이 벤처기업에 해당될 때에는 대통령령 으로 정하는 바에 따라 유효기간을 정하여 벤처기업확인서를 발급 하여야 한다. (2008. 2. 29. 직제개정 ; 정부조직법 부칙)

③ ～ ④ (생략)

[관련사례]

○ 서면2팀-1160, 2006.6.20.

내국법인이 조세특례제한법 제6조 규정을 적용함에 있어 벤처기업 육성에 관한 특별조치법 제25조의 규정에 의하여 벤처기업으로 확인 받은 기업(이하 “벤처기업”이라 함)이 같은 법 제6조 제2항의 창업벤처중소기업에 대한 세액감면을 적용받는 감면기간 중에 벤처기업확인서의 유효기간이 만료되어 벤처기업에 해당하지 않는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도부터 같은 법에 의한 세액감면을 적용받을 수 없는 것 임

○ 법규과-235, 2009.10.1.

｢조세특례제한법｣ 제6조제2항 에 따른 세액감면을 적용 받아 온 창업 벤처중소기업이 벤처기업확인서(이하 “확인서”라 함)의 유효기간이 만료되었으나 해당 감면대상 기간 동안 ｢벤처기업육성에 관한 특별조치법｣ 제2조의2의 요건에 해당하여 확인서를 다시 발급받은 경우,

다시 발급받은 확인서의 확인일이 속하는 사업연도부터 잔존감면기간 동안 해당 세액감면을 적용받을 수 있는 것임

○ 서이46012-11723, 2003.10.1. ; 서면2팀-103, 2005.1.14. 외

벤처기업육성에 관한 특별조치법 제25조의 규정에 의하여 벤처기업으로 확인받은 기업이 조세특례제한법 제6조 제2항 의 규정에 의한 세액감면을 적용받는 감면기간 중에 벤처기업확인서의 유효기간이 만료되어 벤처기업에 해당하지 않는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도부터 같은법에 의한 세액감면을 적용받을 수 없는 것 이나,

잔존감면기간 중에 벤처기업확인서를 재발급받은 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도부터 잔존감면기간동안 창업벤처중소기업에 대한 세액감면을 적용받을 수 있는 것 으로,

이 경우 잔존감면기간은 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 날이 속하는 사업연도부터 기산하여 적용하는 것 임

○ 국심2006중3453, 2007.3.30.

청구법인이 2002사업연도가 종료되기 전인 2002.12.5. ○○○에게 벤처 기업 갱신신청을 하여 2003.1.17.벤처기업임을 통보받았다는 점에서 청구법인이 벤처기업 갱신신청을 늦게함에 따라 발생된 절차적 문제로 벤처기업의 요건을 갖추지 못함에 따라 발생된 실체적 문제는 아니 었으며 , ○○○이 2003.1.17. 이후 심리일현재까지 벤처기업임을 확인하고 있다는 점에서 청구법인에 대한 벤처기업 확인은 2002사업연도 종료일 현재 취소되지 아니하고 계속 유지된 것으로 보아야 할 것 이다. 또한, 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제25조의 2에서는 벤처 기업유효기간에 대한 기간만료 사유를 벤처기업 확인의 취소사유로 규정하고 있지 않으며, 조세특례제한법 제6조 제2항 에서도 창업벤처기업이 감면기간 중에 벤처기업의 확인이 취소된 경우에 한해 그 취소일이 속하는 과세연도부터 법인세 감면을 적용하지 아니한다고 규정하고 있으므로 처분청이 2002사업연도 종료일 현재 벤처기업 확인이 취소되지 아니한 청구법인에게 벤처기업에 해당되지 않는다 하여 법인세 감면세액을 추징한 처분은 잘못이라고 판단 된다

○ 조심2008서4180, 2009.6.23.

‘벤처기업육성에 관한 특별조치법’에서 유효기간에 대한 기간만료 사유를 벤처기업 확인의 취소 사유로 규정하고 있지 않으므로 2005.11.22. 벤처기업 확인서의유효기간이 만료된 것은 갱신신청이 지연된 것에 불과하고 2006년 6월에 재인증을 받았음에 비추어 볼 때 2005.12.31. 현재 청구인은 벤처기업에 해당하는 것임.

벤처기업육성에관한특별조치법 제25조 · 조세특례제한법 시행령 제5조 · 조세특례제한법 제6조