승계사업부 매각에 따른 소득금액에서 승계한 결손금을 공제할 수 있는지 여부

1. 사실관계

○ 질의법인 (“합병법인”) 는 20**.**.*. 유리제조업을 영위하는 완전자회사인 ㈜******** (이하 “피합병법인”) 을 흡수 합병함

○ 동 합병은 ｢법인세법｣에 따른 적격합병으로서 피합병법인의 이월결손금 **,777백만원은 합병법인인 질의법인에 모두 승계되었으며

- 질의법인은 법인세 신고시 합병과세특례신청서를 제출한 바 있음

○ 합병 이후 승계결손금 **,777백만원 중 *,700백만원은 2017년 및 2018년 사업연도 법인세 신고시 구분경리에 따라 피합병법인의 사업인 유리사업부에서 발생한 소득 한도 내에서 이월결손금 공제를 신고하였고, 2022.12.31. 기준으로 그 잔액은 **,074백만원이 남아 있음

○ 20**.*.*. 질의법인은 ㈜****공업 (이하 “양수인”) 과 당사 유리사업부에 대한 영업양도계약을 체결하였으며, 유형자산, 재고자산 등은 감정 평가 등의 시가평가를 통하여 매각금액을 아래와 같이 산정함

* 매각금액 : **,***백만원(거래종결일까지의 변동분 조정 필요)

* 매각자산 구성 : 유형자산(**,066백만원), 재고자산(*,235백만원)

○ 20**.*.30. 질의법인과 양수인은 정산기준일로부터 거래종결일까지의 이전 대상자산 조정 등 변동분을 반영하여 양수도 대금을 최종 **,223백만원으로 조정하고 거래종결일에 일시금으로 매각대금을 수취하기로 협의하였음

○ 질의법인은 이와 관련하여 사업부매각이익 *,937백만원(유형자산처분이익 *,129백만원, 재고자산 처분손실 △***백만원)을 인식함

○ 한편, 질의법인은 ERP 상으로 합병 이후 피합병법인 승계사업과 기존 사업에서 발생한 손익을 각각 별도의 손익센터로 구분하여 기록하고 있음

* 질의법인이 매각한 승계사업부문의 유형자산은 대부분이 합병등기일 전부터 피합병법인의 승계사업부문에서 소유한 유형자산이나, 일부는 합병등기일 이후 새로 취득하여 승계사업부문에서 사용되는 자산임

2. 질의요지

○ 피합병법인으로부터 승계받은 사업부 전체를 매각함에 따라 발생한 소득금액에서 피합병법인으로부터 승계한 결손금을 공제할 수 있는지 여부

3. 관련 법령

○ 법인세법 제44조의3

(중략)

② 적격합병을 한 합병법인은 피합병법인의 합병등기일 현재의 제13조 제1항제1호의 결손금과 피합병법인이 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산ㆍ부채 및 제59조에 따른 감면ㆍ세액공제 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 승계한다. <개정 2018.12.24>

③ 적격합병(제44조제3항에 따라 적격합병으로 보는 경우는 제외한다)을 한 합병법인은 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 양도 받은 자산의 장부가액과 제44조의2제1항에 따른 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다. 이하 제4항에서 같다), 승계받은 결손금 중 공제한 금액 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입하고, 제2항에 따라 피합병법인으로부터 승계받아 공제한 감면 ㆍ세액공제액 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 사업연도의 법인세에 더하여 납부한 후 해당 사업연도부터 감면 또는 세액공제를 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2017.12.19, 2018.12.24>

1. 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우

2. 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병법인으로부터 받은 주식등을 처분하는 경우

3. 각 사업연도 종료일 현재 합병법인에 종사하는 대통령령으로 정하는 근로자(이하 이 호에서 "근로자"라 한다) 수가 합병등기일 1개월 전 당시 피합병법인과 합병법인에 각각 종사하는 근로자 수의 합의 100분의 80 미만으로 하락하는 경우

○ 법인세법 제45조

① 합병법인의 합병등기일 현재 제13조제1항제1호에 따른 결손금 중 제44조의3제2항에 따라 합병법인이 승계한 결손금을 제외한 금액은 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 피합병법인으로 부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액[제113조제3항 단서에 해당 되어 회계를 구분하여 기록하지 아니한 경우에는 그 소득금액을 대통령령으로 정하는 자산가액 비율로 안분계산(按分計算)한 금액으로 한다. 이하 이 조에서 같다]의 범위에서는 공제하지 아니한다.

② 제44조의3제2항에 따라 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제한다.

(중략)

⑤ 제1항과 제2항에 따른 합병법인의 합병등기일 현재 결손금과 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금에 대한 공제는 제13조제1항 각 호 외의 부분 단서에도 불구하고 다음 각 호의 구분에 따른 소득 금액의 100분의 80(중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통 령령으로 정하는 법인의 경우는 100분의 100)을 한도로 한다. <신설 2019.12.31, 2022.12.31>

1. 합병법인의 합병등기일 현재 결손금의 경우: 합병법인의 소득금액에서 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액을 차감한 금액

2. 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금의 경우: 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액

○ 법인세법 제113조

③ 다른 내국법인을 합병하는 법인은 다음 각 호의 구분에 따른 기간 동안 자산ㆍ부채 및 손익을 피합병법인으로부터 승계받은 사업에 속하는 것과 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다. 다만, 중소기업 간 또는 동일사업을 하는 법인 간에 합병하는 경우에는 회계를 구분하여 기록하지 아니할 수 있다. <개정 2011.12.31, 2013.1.1, 2018.12.24>

1. 합병등기일 현재 제13조제1항제1호의 결손금이 있는 경우 또는 제45조 제2항에 따라 피합병법인의 이월결손금을 공제받으려는 경우 : 그 결손금 또는 이월결손금을 공제받는 기간

2. 그 밖의 경우: 합병 후 5년간

○ 법인세법 시행규칙 제77조

① 법 제113조제3항에 따라 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 사업과 그 밖의 사업을 구분경리함에 있어서 자산ㆍ부채 및 손익의 구분계산은 다음 각 호에 따른다. <개정 2014.3.14., 2019.3.20.>

1. 유형자산 및 무형자산과 부채는 용도에 따라 각 사업별로 구분하되 , 용도가 분명하지 아니한 차입금은 총수입금액에서 각 사업의 당해 사업연도의 수입금액이 차지하는 비율에 따라 안분계산

(중략)

4. 각 사업에 속하는 익금과 손금은 각 각 독립된 계정과목에 의하여 구분하여 기록하되, 각 사업에 공통되는 익금과 손금은 제76조제6항 및 제7항을 준용하여 구분계산. 다만, 합병등기일 전부터 소유 하던 유형자산 및 무형자산의 양도손익은 합병등기일 전에 유형자산 및 무형자산을 소유하던 사업부문에 속하는 익금과 손금으로 본다.

(중략)

② 합병법인은 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 방법으로 구분경리할 수 있다. 이 경우 합병법인은 피합병법인의 이월결손금을 공제받고자 하는 사업연도가 종료할 때(연결모법인의 경우에는 합병 후 5년간을 말한다)까지 계속 적용하여야 한다. <개정 2009.3.30, 2014.3.14, 2019.3.20>

1. 피합병법인으로부터 승계받은 사업장과 기타의 사업장별로 자산ㆍ 부채 및 손익을 각각 독립된 회계처리에 의하여 구분계산. 이 경우 피합병법인으로부터 승계받은 사업장의 자산ㆍ부채 및 손익은 이를 피합병법인으로부터 승계받은 사업에 속하는 것으로 한다.

2. 본점등에서 발생한 익금과 손금등 각 사업장에 공통되는 익금과 손금은 제76조제6항 및 제7항을 준용하여 안분계산. 다만, 합병등기일 전부터 소유하던 유형자산 및 무형자산의 양도손익은 합병등기일 전에 유형자산 및 무형자산을 소유하던 사업부문에 속하는 익금과 손금으로 본다.

(이하 생략)

법인세법 제44조의3