단독주택을 멸실하고 다세대주택을 신축한 후 다가구주택으로 용도변경하여 양도한 경우 비과세 적용여부 등

[ 문서번호 ]

사전-2025-법규재산-0020(2025.06.18.)

[ 세목 ]

양도

[ 납세자회신번호 ]

법규과-1293

[ 제 목 ]

단독주택을 멸실하고 다세대주택을 신축한 후 다가구주택으로 용도변경하여 양도한 경우 비과세 적용여부 등

[ 요 지 ]

단독주택 멸실 후 다세대주택을 신축하고 이를 다가구주택으로 용도변경하여 2년 내 양도하는 경우

- (비과세) 다세대주택에서 다가구주택으로 용도변경 당시 납세자가 선택하는 1호의 주택에 대하여만 1세대1주택 비과세 적용

- (장특공제_주택의 건물부분) 다세대주택의 취득일부터 보유기간을 기산하여 납세자가 선택하여 비과세되는 1호의 주택은 표2를, 나머지 주택은 표1을 적용

- (장특공제_주택 부수토지 부분) 단독주택, 다세대주택, 다가구 주택의 부수토지였던 기간을 통산하여 납세자가 선택하여 비과세되는 1호 주택의 부수토지는 표2를, 나머지 주택의 부수토지는 표1을 적용

[ 답변내용 ]

○ 단독주택 멸실 후 상가겸용 다세대주택을 신축하여 보유하던 중 주택부 분을 다가 구 주택으로 용도변경하여 용도변경일로부터 2년 내에 하나의 매매단위로 양도하는 경우

( 쟁점1) 「소득세법 시행령」제154조제1항을 적용함에 있어 양도하는 다가 구주택의 보유기간 산정시 단독주택의 보유기간을 통산하지 않는 것이며, 다세대주택에서 다가구주택으로 용도변경 당시 거주자가 선택하는 1호의 주택(부수토지 포함, 이하 “선택하는 1호의 주택”)에 대해서만 1세대1주택 비과세를 적용하는 것입니다.

(쟁점2) 양도하는 다가구주택이 「소득세법」 제89조제1항제3호 에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택인 경우로서 건물부분에 대한 장기보유특별공제 적용시 선택하는 1호의 주택은 다세대주택 취득 일부터 보유기간을 기산하여 「소득세법」 제95조제2항 표2(이하 “표2”)의 공제율을 적용하고 나머지 주택부분은 다세대주택 취득일부터 보유기간을 기산하여 「소득세법」 제95조제2항 표1(이하 “표1”)의 공제율을 적용하는 것이며,

양 도하는 다가구주택의 부수토지 부분에 대한 장기보유특별공제 적용시 선 택하는 1호의 주택의 부수토지는 단독주택, 다세대주택, 다가구주택의 부수토지였던 기간을 통산하여 표2의 공제율을 적용하고 나머지 주택부분의 부수토지 부분은 단독주택 , 다세대주택, 다가구주택의 부수토지였던 기간을 통산하여 표1의 공제율을 적용하는 것입니다.

[ 관련법령 ]

소득세법 제89조

소득세법 제95조

1. 사실관계

○ 1991.8.29. 단독주택 취득(건물 연면적 : 259.83㎡, 토지 면적 : 234.1㎡)

○ 2003.4.22. 상가겸용 다세대주택 신축

- 지하 1층 : 147.71㎡, 근린생활시설

- 지상 1층 : 87.02㎡, 근린생활시설

- 지상 2층 : 133.58㎡, 다세대주택 2가구

- 지상 3층 : 133.58㎡, 다세대주택 2가구

- 지상 4층 : 105.26㎡, 다세대주택 1가구

- 옥탑 : 15.84㎡, 토지면적은 234.1㎡로 변동 없음

○ 2023.1.30. 주택부분 전체를 다세대주택에서 다가구주택으로 용도변경

○ 2024.11.18. 겸용주택 일괄양도하였으며 고가주택에 해당

○ 신청인은 단독주택 취득시부터 다가구주택 양도시까지 계속 거주(4층)하였으며, 다른 주택은 보유하고 있지 않음

2. 질의내용

○ 단독주택을 취득한 후 노후 등으로 이를 멸실하고 상가겸용 다세대주택을 신축하여 보유하던 중 주택부분을 다가구주택으로 용도변경한 후 2년 내에 하나의 매매단위로 양도하는 경우

- (쟁점1) 단독주택의 보유기간과 다가구주택의 보유기간을 통산하여 1세대1주택 비과세 요건을 충족한 것으로 볼 수 있는지 여부

- (쟁점2) 양도하는 주택부분의 장기보유특별공제 적용 방법

3. 관련법령 및 관련사례

〔1〕 「소득세법」

□ 소득세법 제89조

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도 소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역 별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지 (이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

□ 소득세법 제95조

① 양도소득금액은 양도차익에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액 으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산 (제104조제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다) 으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항제2호가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익 (조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법 」 제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액 을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우 에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 같은 표에 따른 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다.

□ 소득세법 시행령 제 154조

① 법 제89조제1항제3호가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 (주택의 매매계약을 체결한 후 해당 계약에 따라 주택을 주택 외의 용도로 용도변경하여 양도하는 경우에는 해당 주택의 매매계약일을 말한다. 이하 이 항에서 같다) 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년 (제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것 [ 취득 당시에 「주택법」 제63조의2 제1항 제1호 에 따른 조정대상지역 (이하 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년 (제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. (이하 생략)

□ 소득세법 시행령 제155조

⑮ 제154조제1항을 적용할 때 「건축법 시행령」 별표 1 제1호 다목에 해당하는 다가구주택은 한 가구가 독립하여 거주할 수 있도록 구획된 부분을 각각 하나의 주택으로 본다. 다만, 해당 다가구주택을 구획된 부분별로 양도하지 아니하고 하나의 매매단위로 하여 양도하는 경우에는 그 전체를 하나의 주택으로 본다

□ 소득세법 시행령 제156조

③ 제155조제15항에 따라 단독주택으로 보는 다가구주택의 경우에는 그 전체를 하나의 주택으로 보아 법 제89조제1항제3호 각 목 외의 부분을 적용 한다.

□ 소득세법 시행령 제159조의4

법 제95조제2항 표 외의 부분 단서 및 같은 조 제5항 각 호 외의 부분 에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 각각 1세대가 양도일(주택의 매매계약을 체결한 후 해당 계약에 따라 주택을 주택 외의 용도로 용도변경하여 양도하는 경우에는 해당 주택의 매매계약일을 말한다) 현재 국내에 1주택(제155조ㆍ제155조의2ㆍ제156조의2ㆍ제156 조의3 및 그 밖의 규정에 따라 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다. 이 경우 해당 1주택이 제155조제3항 각 호 외의 부분 본문에 따른 공동상속주택인 경우 거주기간은 해당 주택에 거주한 공동상속인 중 그 거주기간이 가장 긴 사람이 거주한 기간으로 판단한다.

〔2〕 「주택법」

□ 주택법 제2조

이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "주택"이란 세대(世帶)의 구성원이 장기간 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로 된 건축물의 전부 또는 일부 및 그 부속토지를 말하며, 단독주택과 공동주택으로 구분한다.

2. " 단독주택"이란 1세대가 하나의 건축물 안에서 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로 된 주택을 말하며, 그 종류와 범위는 대통령령 으로 정한다.

3. "공동주택"이란 건축물의 벽ㆍ복도ㆍ계단이나 그 밖의 설비 등의 전부 또는 일부를 공동으로 사용하는 각 세대가 하나의 건축물 안에서 각각 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로 된 주택 을 말하며, 그 종류와 범위는 대통령령으로 정한다.

4. "준주택"이란 주택 외의 건축물과 그 부속토지로서 주거시설로 이용가능한 시설 등을 말하며, 그 범위와 종류는 대통령령으로 정한다.

□ 주택법 시행령 제2조

「주택법」(이하 "법"이라 한다) 제2조 제2호에 따른 단독주택의 종류와 범위는 다음 각 호와 같다.

1. 「건축법 시행령」 별표 1 제1호가목에 따른 단독주택

2. 「건축법 시행령」 별표 1 제1호나목에 따른 다중주택

3. 「건축법 시행령」 별표 1 제1호다목에 따른 다가구주택

□ 주택법 시행령 제3조

① 법 제2조제3호에 따른 공동주택의 종류와 범위는 다음 각 호와 같다 .

1. 「건축법 시행령」 별표 1 제2호가목에 따른 아파트(이하 "아파트"라 한다)

2. 「건축법 시행령」 별표 1 제2호나목에 따른 연립주택(이하 "연립 주택"이라 한다)

3. 「건축법 시행령」 별표 1 제2호다목에 따른 다세대주택(이하 "다세대주택"이라 한다)

소득세법 제89조 · 소득세법 제95조