경영회생 지원제도에 따라 환매권을 행사하여 다시 취득한 농지가 수용된 경우 「조세특례제한법」제77조의 양도소득세 감면 해당 여부

※ 관련참고자료

1. 질의내용 요약

○ 사실관계

- 1987.00. 갑, A농지 취득 및 재촌자경

- 2009.03. 갑, 경영회생지원제도에 따라 농어촌공사에 환매조건부로 A농지 양도

- 2011.08. A농지 도로 신설을 위한 사업인정고시

- 2012.02. 갑, 환매권을 행사하여 농어촌공사로부터 A농지를 다시 취득

※ 사유 : A농지가 도로로 편입된다는 정보를 입수

- 2012.02. 갑, A농지 수용

○ 질의내용

경영회생지원제도에 따라 재촌자경하던 A농지를 환매조건부로 양도한 후 환매권 을 행사하여 다시 취득한 다음 해당 토지가 수용된 경우 「조세특례제한법」제77조의 양도소득세 감면 규정을 적용받을 수 있는지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

○ 조세특례제한법 제77조

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 해당 토지등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2012년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소 득 에 대해서는 양도소득세의 100분의 20[토지등의 양도대금을 대통령령으로 정하 는 채권으로 받는 부분에 대해서는 100분의 25로 하되, 「보금자리주택 건설 등에 관 한 특별법」 등 대통령령으로 정하는 법률에 따라 협의매수 또는 수용됨으로써 발생하 는 소득으로서 대통령령으로 정하는 방법으로 해당 채권을 3년 이상의 만기까지 보유하 기로 특약을 체결하는 경우에는 100분의 40(만기가 5년 이상인 경우에는 100분의 50)]에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이 적용되는 공익사업 에 필요한 토지등을 그 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

2. 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비구역(정비기반시설을 수반하지 아니하는 정비구역은 제외한다)의 토지등을 같은 법에 따른 사업시행자에게 양도함으로써 발 생하는 소득

3. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따른 토지 등의 수용으로 인하여 발생하는 소득

(이하 생략)

○ 소득세법 시행령 제162조

① 법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일

3. 기획재정부령이 정하는 장기할부조건의 경우에는 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다) 접수일ㆍ인도일 또는 사용수익일중 빠른 날

4. 자기가 건설한 건축물에 있어서는 사용검사필증교부일. 다만, 사용검사전에 사 실상 사용하거나 사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 사용승인일로 하고 건축 허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용일로 한다.

5. 상속 또는 증여에 의하여 취득한 자산에 대하여는 그 상속이 개시된 날 또는 증여를 받은 날

6. 「민법」 제245조 제1항 의 규정에 의하여 부동산의 소유권을 취득하는 경우에 는 당해 부동산의 점유를 개시한 날

7. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따라 공익사업을 위하여 수용되는 경우에는 대금을 청산한 날, 수용의 개시일 또 는 소유권이전등기접수일 중 빠른 날

8. 완성 또는 확정되지 아니한 자산을 양도 또는 취득한 경우로서 해당 자산의 대 금을 청산한 날까지 그 목적물이 완성 또는 확정되지 아니한 경우에는 그 목적물이 완성 또는 확정된 날. 이 경우 건설 중인 건물의 완성된 날에 관하여는 제4호를 준용한다.

9. 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따른 환지처분으로 인하여 취득한 토지의 취득시기는 환지 전의 토지의 취득일. 다만, 교부받은 토지의 면적이 환지처분에 의한 권리면적보다 증가 또는 감소된 경우에는 그 증가 또는 감소된 면적의 토지 에 대한 취득시기 또는 양도시기는 환지처분의 공고가 있은 날의 다음날로 한다.

10. 제158조 제2항의 경우 자산의 양도시기는 주주 1인과 기타주주가 주식등을 양도함으로써 해당 법인의 주식등의 합계액의 100분의 50 이상이 양도되는 날. 이 경우 양도가액은 그들이 사실상 주식등을 양도한 날의 양도가액에 의한다.

(이하 생략)

○ 한국농어촌공사 및 농지관리기금법 제24조 의 3

① 공사는 자연재해, 병충해, 부채의 증가 또는 그 밖의 사유로 일시적으로 경영위 기에 처한 농업인 또는 농업법인의 경영회생을 지원하기 위하여 그 농업인 또는 농업법인이 소유한 농지 및 농지에 딸린 농업용시설(이하 이 조에서 "농지등"이라 한 다)을 매입하여 그 농업인 또는 농업법인에게 임대할 수 있다.

② 공사는 제1항에 따라 매입한 농지등을 임대하는 경우 임대기간 중에는 그 농지등을 제3자에게 매도하여서는 아니 된다.

③ 제1항에 따라 농지등을 공사에 매도하고 다시 임차한 그 농지등의 전 소유자 또 는 포괄승계인은 임차기간이 끝나기 전에 대통령령으로 정하는 바에 따라 공사에 대하 여 그 농지등의 환매(환매)를 요구할 수 있고, 공사는 그 농지등이 공익사업에 필요하여 수용되는 등 특별한 사유가 없으면 요구에 따라야 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 농지등의 매입가격ㆍ환매가격 및 지급방법, 임대기간ㆍ임대료 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 한국농어촌공사 및 농지관리기금법 시행령 제19조의 4

① 법 제24조의3제1항에 따라 자기 소유의 농지 및 농지에 딸린 농업용시설(이하 " 농지등"이라 한다)을 공사에 매도하고 이를 임차하려는 농업인 또는 농업법인은 공 사에 농지등의 매도 및 임차를 신청하여야 한다.

② 공사는 제1항에 따른 신청을 받은 경우에는 해당 농업인 또는 농업법인에 대하여 경영위기의 정도, 경영회생 가능성 및 경영능력 등 농림수산식품부령으로 정하는 평 가 기준에 적합한지를 종합적으로 검토한 후, 적합한 경우에는 신청 대상 농지등을 매 입할 수 있다.

③ 공사가 법 제24조의3제1항에 따라 농지등을 매입하는 경우 그 매입가격은 다음 각 호의 구분에 따른 금액으로 한다.

1. 농지: 「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따른 감정평가업자가 평 가한 금액

2. 농지에 딸린 농업용시설: 「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따른 감정평가업자가 임대기간 만료 시점을 기준으로 평가한 금액

○ 한국농어촌공사 및 농지관리기금법 시행령 제19조의5

① 공사가 법 제24조의3 제1항에 따라 매입한 농지등을 해당 농업인 또는 농업법인 에 임대하는 경우 그 임대기간은 7년으로 한다.

② 공사는 법 제24조의3제1항에 따라 농지등을 매도한 농업인 또는 농업법인이 제1 항에 따른 임대기간에 경영회생을 하기 어려운 사유가 있다고 인정되는 경우에는 농림수산식품부령으로 정하는 바에 따라 3년을 초과하지 아니하는 범위에서 임대기 간을 연장할 수 있다.

③ 공사가 제1항에 따라 매입한 농지등을 해당 농업인 또는 농업법인에 임대하는 경 우 연간 임대료는 그 농지등의 매입가격에 1천분의 10의 범위에서 농림수산식품부장관 이 정하는 비율을 곱하여 산정한 금액으로 하며, 월할(月割) 또는 일할(日割)로 계산할 수 있다.

○ 한국농어촌공사 및 농지관리기금법 시행령 제19조의6

① 법 제24조의3제3항에 따라 농지등의 매도 당시 소유자 또는 그 포괄승계인(이하 "환매권자"라 한다)이 그 농지등에 대하여 환매(還買)를 요구하려는 경우에는 농림수산식품부령으로 정하는 바에 따라 공사에 환매를 신청하여야 한다.

② 환매권자가 제1항에 따라 환매신청을 하는 경우에는 매도한 농지등의 전부에 대하 여 환매를 신청하여야 한다. 다만, 공익사업에 필요하여 수용되는 등 특별한 사유가 있는 농지등은 제외하고 환매를 신청할 수 있다.

③ 공사가 법 제24조의3제3항에 따라 매입한 농지등을 환매하는 경우 그 환매가격은 다음 각 호의 구분에 따른 금액으로 한다.

1. 농지: 다음 각 목의 금액 중 낮은 금액

가. 「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따른 감정평가업자가 평가한 금 액

나. 농지 매입가격과 농지 매입가격에 환매일까지 농림수산식품부장관이 농업 정책자 금의 이자율 등을 고려하여 정하는 이자율을 적용하여 산출한 금액을 합산한 금액

2. 농지에 딸린 농업용시설: 해당 농업용시설의 매입가격

④ 공사는 환매권자가 임대기간을 연장하지 아니하고 제19조의5제1항에 따른 임대기 간 중에 환매를 요청하는 경우로서 환매대금을 한꺼번에 납입하기 어려운 사유가 있다고 인정되는 경우에는 농림수산식품부령으로 정하는 바에 따라 환매대금을 분할하여 납 입하게 할 수 있다.

⑤ 공사는 환매권자가 법 제24조의3제3항에 따른 농지등의 임대기간 만료일까지 공사 에 환매를 요구하지 아니하는 경우에는 임대기간이 끝난 후 그 농지등을 제3자에게 매도 하거나 임대할 수 있다. 이 경우 그 농지등의 매도 또는 임대에 관하여는 제19조의3 을 적용한다.

○ 재정경제부 재산세제과-94, 2005.08.18.

공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제91조 의 규정에 의하여 협 의매수 또는 수용된 토지를 당해 사업의 폐지ㆍ변경 등으로 협의 매수일 또는 수용의 개시일 당시의 토지소유자가 환매권 행사로 취득한 후 이를 양도하는 경우 당해 토 지의 취득시기는 소득세법 시행령 제162조 의 규정에 의하여 환매대금을 청산한 날(대금을 청산한 날이 분명하지 아니하거나 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기 를 한 경우에는 등기접수일)임

○ 서면인터넷방문상담4팀-1893, 2007.06.14.

[ 회 신 ]

소유 부동산을 민법 규정에 의한 “환매”조건부로 유상 양도하고 환매권을 보유한 상태 에서 소유권 이전등기를 하는 경우에는「소득세법」제88조 규정에 의한 “양도” 에 해당하여 양도소득세가 과세되는 것입니다.

[질의내용]

- ○○○○공사에서 농가의 경영회생 지원을 돕기위해 농민으로부터 환매조건부로 농지를 매입하는 경우 농민에게 양도소득세가 과세되는지 여부

○ 조심2009광0179, 2009.02.26, 기각

가. 청구인 주장

청구인은 농협으로부터의 대출금을 변제하기가 어려워 ○○○○공사로부터「○○○○공사 및 농지관리법」에 의한 경영회생지원자금을 지원받으면서 쟁점농지 및 감면농지를 환매조건부로 양도하였으나, 이와 같이 양도소득세가 부과된다는 사실을 알았다면 양도하지 아니하였을 것이고, 양도당시 ○○○○공사 직원들도 이러한 설명을 해주지 아니하였던바, 이 건 양도소득세 감면을 배제한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

환매조건부로 유상양도하고 환매권을 보유한 상태에서 소유권 이전등기를 하는 경 우에도 「소득세법」 제88조 소정의 ‘양도’에 해당하므로, 청구인이 8년 이상 보유하지 아니한 쟁점농지에 대하여 양도소득세 감면을 배제한 이 건 과세처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

(1) ~ (2) 생략

(3) 살피건대, 소득세법 제88조 에 의하면 양도소득세의 대상이 되는 ‘양도’라 함은 ‘자산이 유상으로 사실상 이전되는 것’을 의미한다 할 것이고, 청구인이 제출한 농 지 등매매계약서, 쟁점농지에 대한 등기부등본에 의하면 청구인은 2007.6.4. ○○○ ○공사에게 쟁점농지를 314,080,000원에 매도한다는 내용의 계약을 체결한 사실, ○○○○공사는 같은 날 위 매매를 원인으로 하여 쟁점농지에 대한 소유권이전 등 기를 경료한 사실이 확인되는바, 양수인인 ○○○○공사는 쟁점농지에 대한 소 유권을 유상으로 유효하게 취득하였다 할 것이므로, 비록 청구인이 ○○○○공 사 로부터 경영회생지원자금을 지원받기 위하여 쟁점농지를 매도함과 동시에 쟁점 농 지를 임차하면서 임차기간내에 환매권을 행사할 수 있다 하더라도, 이 건 양도 는 소득세법 제88조 소정의 ‘양도’에 해당한다고 봄이 타당하다.

(4) 따라서, 청구인의 쟁점농지에 대한 양도소득세 감면 신청을 받아들이지 아니 한 이 건 과세처분은 정당하다고 판단된다.

소득세법시행령 제162조 · 소득세법 제88조 · 조세특례제한법 제77조