혁신도시밖 공장이전시 양도시기가 다른 경우 등의 과세이연

1. 질의내용 요약

○ 사실관계

- 내국법인 A는 혁신도시개발예정지구내 공장 건물(100㎡) 및 공 장부속토지(200㎡)(이하 “기존공장”)를 소유하면서 사업을 영 위하다가 2007.4.1 기존공장부속토지 200㎡를 공공용지로 수 용 양도하였고,

- 2008.10.1 기존공장건물 100㎡를 수용 양도하였음. 또한, 공장건물 양도전인 2008.5.1 혁신도시 개발예정지구 밖인 지방에서 공장건물 150㎡와 공장부속토지 500㎡(이하 “지방공장”)를 취득함

○ 질의요지

조특법 제85조의2 및 시행령 제79조의3 제2항 제3호 규정에 의 한 지방공장의 면적비율을 계산함에 있어

- 상기와 같이 토지와 건물의 양도시기가 사업연도를 달리할 경우 각 사업연도별 토지와 건물 면적표시방법은 구분하여 각각 계 산 여부

- 현재의 조특법 시행령 제79조의3 제2항 제3호에서 신규 취득하는 지방공장의 면적이 기존공장 면적의 240%이상일 경우 기존공장의 양도차익과 관련하여 과 세특례를 전혀 적용받을 수 없는 지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

○ 조세특례제한법 제85조 의2

① 「신행정수도 후속대책을 위한 연기ㆍ공주지역 행정중심복합도시 건설을 위한 특별법」에 따른 행정중심복합도시 예정지역 또는 「공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법」에 따른 혁신도시 개발예정지구(이하 이 조에서 "행정중심복합도시등"이라 한다) 안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 내국인이 대통령령이 정하는 행정중심복합도시등 밖(이하 이 조에서 "지방"이라 한다)으로 이전하기 위하여 해당공장의 대지와 건물을 2009년 12월 31일 이전까지 동법에 따른 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 양도차익에 상당하는 금액에 대하여는 다음 각 호에 해당하는 방법에 따라 익금에 산입하지 아니하거나 과세이연을 받을 수 있다 . <개정 2007.12.31>

1. 내국법인 : 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 해당사업연도의 소득금액계산의 경우 익금에 산입하지 아니하는 방법 . 이 경우 해당금액은 양도일이 속하는 사업연도종료일 이후 5년이 되는 날이 속하는 사업연도부터 5개 사업연도의 기간 동안 균등액 이상을 익금에 산입하여야 한다.

2. 거주자 : 대통령령이 정하는 바에 따라 과세이연을 받는 방법

② 제1항의 규정을 적용받은 내국인이 대통령령이 정하는 바에 따라 지방으로 이전하지 아니하거나 해당공장 양도일부터 3년 이내에 해당사업을 폐지 또는 해산한 경우에는 해당사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산의 경우 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 익금에 산입하거나 과세이연받은 세액을 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 익금에 산입하거나 양도소득세로 납부하여야 할 금액에 대하여는 제33조제3항 후단의 규정을 준용한다.

③ 행정중심복합도시등에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하던 내국인이 지방으로 이전하여 사업을 개시하는 경우 이전사업에서 발생하는 소득에 대하여는 이전일 이후 최초로 소득이 발생한 날이 속하는 과세연도(이전일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지 이전사업에서 발생하는 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. <신설 2008.12.26>

④ 제1항 및 제2항의 규정을 적용하는 경우 양도차익명세서의 제출 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <개정 2008.12.26>

⑤ 제3항을 적용받으려는 내국인은 해당 과세연도의 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액감면신청서를 제출하여야 한다. <신설 2008.12.26>

○ 조세특례제한법 시행령 제79조 의3

① 법 제85조의2제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령이 정하는 행정중심복합도시등 밖"이란 「신행정수도 후속대책을 위한 연기ㆍ공주지역 행정중심복합도시 건설을 위한 특별법」 제2조 에 따른 행정중심복합도시 예정지역 또는 「공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법」에 따른 혁신도시 개발예정지구(이하 이 조 및 제79조의8에서 "행정중심복합도시등"이라 한다) 밖으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 지역(이하 이 조에서 "지방"이라 한다)을 말한다. <개정 2008.2.22>

1. 수도권과밀억제권역

2. 부산광역시(기장군을 제외한다)ㆍ대구광역시(달성군을 제외한다)ㆍ광주광역시ㆍ대전광역시 및 울산광역시의 관할구역. 다만, 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지를 제외한다.

② 법 제85조의2 제1항 제1호 전단에서 "대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액"이라 함은 제1호의 금액에 제2호 및 제3호의 율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. <개정 2008.2.22>

1. 행정중심복합도시등에 소재하는 공장(이하 이 조에서 "기존공장"이라 한다)의 양도가액에서 장부가액과 직전 사업연도종료일 현재 「법인세법」 제13조 제1호 에 따른 이월결손금의 합계액을 차감한 금액

2. 기존공장의 양도가액 중 지방에 소재하는 공장(이하 이 조에서 "지방공장"이라 한다)의 취득(지방에서 공장을 준공하여 취득하는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)가액이 차지하는 비율(100분의 100을 한도로 한다)

3. 지방공장의 면적비율 : 다음 산식에 따른 비율(100분의 100을 한도로 한다)

지방공장의 면적 - 기존공장 면적의 100분의 120에 상당하는 면적

1 - ────────────────────────────────

기존공장 면적의 100분의 120에 상당하는 면적

③ 법 제85조의2 제1항 제2호에 따른 과세이연을 적용받는 금액은 제1호의 금액에 제2호 및 제3호의 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.

1. 「소득세법」 제95조제1항 에 따른 양도차익

2. 기존공장 양도가액 중 지방공장의 취득가액이 차지하는 비율(100분의 100을 한도로 한다)

3. 지방공장의 면적비율 : 다음 산식에 따른 비율(100분의 100을 한도로 한다)

지방공장의 면적 - 기존공장 면적의 100분의 120에 상당하는 면적

1 - ────────────────────────────────

기존공장 면적의 100분의 120에 상당하는 면적

④ 제2항 및 제3항을 적용하는 경우 기존공장의 양도일이 속하는 과세연도종료일까지 지방공장을 취득하지 아니한 경우 지방공장의 취득가액 및 면적은 이전(예정)명세서상의 예정가액 및 취득예정면적에 따른다.

⑤ 법 제85조의2제2항에 따라 지방으로 이전하는 방법은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 한다. <개정 2008.2.29>

1. 지방공장을 취득하여 사업을 개시하는 경우 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 기존 공장을 양도하는 방법

2. 기존공장을 양도한 날부터 3년(공사의 허가 또는 인가의 지연 등 기획재정부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 6년) 이내에 지방공장을 취득하여 사업을 개시하는 방법

⑥ 법 제85조의2제2항 전단에서 "대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액"이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액을 말한다.

1. 법 제85조의2제1항제1호에 따라 양도차익을 익금에 산입하지 아니한 경우에는 익금에 산입하지 아니한 금액 전액

2. 법 제85조의2제1항제2호에 따라 과세이연을 받은 경우에는 과세이연금액에 상당하는 세액(과세이연금액에 「소득세법」 제104조 에 따른 세율을 곱하여 계산한 세액을 말한다) 전액

⑦ 법 제85조의2제1항을 적용하는 경우 제4항에 따른 취득예정가액 및 취득예정면적에 따라 익금에 산입하지 아니하거나 과세이연을 받은 때에는 실제 취득가액 및 취득면적을 기준으로 제2항 및 제3항에 따라 계산한 금액을 초과하여 적용받은 금액을 지방공장을 취득하여 사업을 개시한 날이 속하는 과세연도의 소득금액의 계산의 경우 익금에 산입하거나 양도소득세로 납부하여야 한다 . 이 경우 익금에 산입하거나 양도소득세로 납부하여야 할 금액에 대하여는 법 제33조제3항 후단을 준용한다. ~ ~

나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)

○ 기재부 조세특례제도과 -243, 2009.3.16

조세특례제한법 시행령 제79조의3 제2항 제3호 및 같은 조 제3항 제3호에 따른 “지방공장의 면적비율”을 적용함에 있어(지방 또는 기존) 공장의 면적은 (지방 또는 기존)공장 건물의 연면적과 그 부속토지 면적의 합계를 말하는 것 입니다

○ 재법인-1130, 2007.12.20

조세특례제한법 제85조 의 2 및 같은 법 시행령 제79조의 3을 적용함에 있어 첫째, 기존공장의 대지와 건물의 양도시기가 다른 경우에는 각각의 양도시기를 기준으로 개별적으로 과세특례를 적용하는 것이고, 둘째, 이 경우 지방공장의 취득시한의 시기는 대지와 건물의 양도가 모두 이루어진 날을 기준으로 하는 것이며, 셋째, 2007.1.1. 전에 기존공장을 양도하였더라도 2007.1.1. 이후 지방공장으로 이전하는 경우에는 과세특례가 적용되고, 넷째, 공장의 기계장치의 양도차익에 대해서는 과세특례가 적용되지 않는 것임.