산업단지조성과 관련된 부가가치세 과세 여부 및 과세표준

[ 질 의 ]

[질의배경]

당사는 정부의 구조조정정책에 따라 ○○중공업(주), (주)○○중공업, ○○정공(주)이 과잉투자사업인 철도차량사업을 통합하여 신설된 회사이며 상기 회사들은 철도차량 사업용 자산을 당사에 현물출자하였으며,

(주)○○중공업이 건설중인 󰡐○○청 지방산업단지 조성사업󰡑의 자산을 현물출자하는 과정에서 부가가치세법 적용상 문제점이 발생하였음.

장시간에 걸쳐 지방자치단체가 사업시행자로 추진하는 사업으로써 관련되는 부가가치세에 대해 다음과 같이 질의함

(질의 1)

공사대행자이며 입주업체로 된 (주)○○중공업［변경후 : ○○철도차량(주)］은 이 건 공사가 준공되어 분양 받는 경우 부가가치세를 징수하여야 하는지의 여부. 만약, 징수하여야 한다면 공급가액은 다음중의 어느 의견이 타당한지

(1안) 대행계약서 제1조(조성부지의 분양 및 입주) 제2항 및 협약서 제10조 제2항에서 정하고 있는 분양가격 전체를 공급가액으로 하여 부가가치세를 징수하여야 함

­ 이유 : 계약에 의하여 실시하는 사업으로서 총사업비에는 협약서 제5조 제1호에서 용지매입비 및 지상물 보상비를 포함하고 있기 때문에 설사 수용절차 등은 ○○시가 한다 하더라도 총사업비를 공급가액으로 보아야 함

※ 회계전문기관인 3개 회계법인의 자산․부채 평가보고서에서 580억원 전액을 건설중인 자산으로 평가하고 있음

(2안) 대행계약서 제7조(조성부지의 분양 및 입주) 제2항 및 협약서 제10조 제2항에서 정하고 있는 분양가격에서 협약서 제7조(용지매입 및 지상물의 보상) 제1항 제5조 제1호에 규정하고 있는 보상금(공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법에 의한 보상금)을 차감한 금액에 대하여 부가가치세를 징수하여야 함

­ 이유 : 용지매입 및 지상물의 보상은 󰡒공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법󰡓에 의한 보상금으로써 ○○시가 부담할 비용이나 단지 협약서 제4조 제2항 1호의 규정에 의하여 대행자가 부담한 것으로써 분양대금의 선급으로 보아야 함

[ 질 의 ]

(질의 2)

사업대행자［(주)○○중공업 또는 ○○철도차량(주)］는 사업의 진행중에 과세기간별로 ○○시로부터 부가가치세를 징수하여야 하는지

(1안) 부가가치세를 징수할 수 없음

­ 이유 : 계약서상 공급시기가 도래하지 아니하였기 때문임. 이 건의 경우 공급시기는 공사가 준공되어 분양되는 시점임

(2안) 부가가치세를 징수하여야 함

이 경우 공급가액은 어떻게 계산하여야 하는지

(질의 3)

(상황) ○○중공업(주), (주)○○중공업, ○○정공(주) 3사는 정부의 기업구조조정정책에 의거 과잉투자사업인 철도차량사업을 통합하여 현물출자방식으로 새로운 단일법인인 ○○철도차량(주)를 설립하였음

(1) 이중 본 질의와 관련된 내용은 ○○중공업의 현물출자 자산중 경북 ○○시에 건설중인자산 가액 580억원임

(2) 현물출자와 관련한 ○○중공업의 회계처리○○

(차변) 양도자산 58,000,000,000(한국감정원 평가액)

특별손실 8,444,816,591(7,975,916,591로 정정)

(대변) 건설가계정 66,444,816,591(65,975,916,591로 정정)

(질의)

(1) (주)○○중공업은 현물출자금액 580억원중 어느 부분에 대하여 부가가치세를 징수하여야 하는지

(1안) 580억원 전액을 공급가액으로 보아 부가가치세를 징수하여야 함

[ 질 의 ]

­ 이유

㉠ 토지매입 및 지상물의 보상금도 대행업자인 (주)○○중공업이 부담하였으며 협약서 제5조에서 총사업비로 규정하고 있을 뿐만 아니라 사실상 총사업비의 일부이기 때문임

㉡ (주)○○중공업은 진행중인 건설공사의 총사업비를 양도한 것이며 이는 ○○시에 대한 토지 분양권리를 양도한 것으로 보아야 함

­ 이는 「부가 46015-255(1994. 2. 4)호」 󰡒공유수면매립지의 준공인가 전에 양도는 권리의 양도이므로 부가가치세가 과세된다󰡓는 예규와 유사한 사례임

(2안) 순수 토지매입비로 협약서 7조에 의거 ○○시가 지정한 시 금고에 납입한 금액을(15,576,820,420원)제외한 나머지 금액 전액을 공급가액으로 하여 부가가치세 징수하여야 함

­ 이유 : 토지는 ○○시에서 수용에 의하여 취득한 ○○시의 자산으로써 자금을 (주)○○중공업이 부담한 것으로 보아야 함. 따라서 이는 토지대금의 대신납부에 해당하므로 이 부분을 제외하여야 함. 즉, 수용금액중 순수한 토지매입비를 제외한 나머지 금액은 부가가치세 대상금액으로 보아야 함

※ 회계전문기관인 3개 회계법인이 작성한 󰡐자산․부채평가보고서󰡑에서도 580억원 전액을 건설중인 자산으로 분류하고 있음

(3안) ○○시가 지정한 금고에 예치한 협약서 제5조 제1호 및 제7조에서 정하고 있는 용지매입 및 지상물의 보상금 전액을(19,396,738,500원) 제외한 금액을 공급가액으로 보아 부가가치세를 징수하여야 함

­ 이유: 용지매입 및 지상물의 보상금 전액은 공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법에 의하여 ○○시가 수용한 대가로써 ○○시가 지불하여야 할 것을 단지 (주)○○중공업이 대신 부담한 것에 불과하기 때문임

(2) ○○철도차량(주)는 위 ①항 관련 매입세액은 적법하게 부담한 매입세액인 경우 전액 공제받을 수 있다고 생각되는 바 이에 대한 회신을 바람

[ 질 의 ]

(질의 4)

협약서 제9조(공단개발사업의 대행) 제1항 및 대행계약서 제6조(대행공사비) 제1항의 규정에 의하여 (주)○○중공업은 부지조성공사의 대행을 ○○건설(주)에 위임하였음

(주)○○중공업은 동 부지조성공사비의 매입세액을 공제받을 수 있는지

(1안) 토지는 ○○시의 소유이며 (주)○○중공업은 공사대행업자이므로 부지조성비에 상당하는 매입세액은 공제되어야 함

(2안) 토지가 수용에 의하여 공부상 ○○시 명의로 되어 있으나 (주)○○중공업이 토지의 매입비용을 부담하였으므로 토지의 실소유자는 (주)○○중공업이라 할 것이고 자신의 토지관련 매입세액으로 보아 전액 공제할 수 없음

부가가치세법 제7조