창업벤처중소기업 실질적 독립성기준 부적합시 감면적용 여부

○ 사실관계

- 2001.4월 설립한 A법인은 정보처리 및 기타컴퓨터운영관련업을 주된 사업으로 영위하고, 창업후 2년이내의 기간에 해당하는 2002년6월 최초로 벤처기업확인을 받아, 2002사업연도부터 2007사업연도까지 조특법 제6조 제2항에 따라 창업벤처중소기업에 대한 세액감면 규정을 적용받아 오고 있음(2006년 6월에 벤처기업확인을 추가로 받았으며 유효기간은 2008년 6월까지임)

- 2006년 4월 회사의 최대주주는 개인주주에서 법인주주(이하B법인)로 변경되었으며 B법인의 지분율은 60%이었으나, B법인의 직전(2005)사업연도 말 대차대조표상 자산총액이 5,000억원 미만이었기 때문에 조특법 및 중소기업기본법상 중소기업에 해당하여 세액감면규정 적용(A,B법인 모두 12월말 결산법인)

- 2006년 말 시점에 B법인의 대차대조표상 자산총액이 5,000억원을 초과하게 되었으며, B법인의 A법인의 지분율은 40%임

- 따라서 2007사업연도 말 시점까지 B법인의 A법인에 대한 지분율이 30%이상을 유지한다면 2007사업연도에 A법인은 조특법 시행령 제2조 제1항 제3호의 실질적인 독립성 규정을 충족하지 못하여 조특법 및 중소기업기본법상 중소기업의 범위에서 벗어나게 됨(직전사업연도 말일현재 대차대조표에 표시된 자산총액 5,000억원이상인 B법인이 A법인 발행주식총수의 30%이상을 소유)

- 한편 B법인의 경우 2002년까지 중소기업에 해당되었으나, 2003년도에 매출액 1,000억원을 초과함으로 중소기업범위에서 벗어나게 되었으나, 조특법상 유예규정에 의하여 중소기업규정을 적용받았음(2005년도에 B법인이 A법인의 지분을 30%이상 취득하고 B법인의 대차대조표상 자산총액이 5,000억원을 초과하게 되었다면, 2006년도에는 모법인인 B법인은 중소기업이나 자회사인 A법인은 대기업이 되는 결과 초래)

○ 질의요지

질의1) 조특법상 창업벤처중소기업 특별세액감면을 적용받는 기업이 감면기간 중 조특법상 중소기업의 범위에서 일시적 으로 벗어나는 경우 동 세액감면은 적용받을 수 있는지 여 부

질의2) 질의1에서 적용받을 수 있다면, 중소기업기본법 제2조 에 따른 중소기업에 해당하지 않을 경우 이는 벤처기업확인을 취소할 수 있는 사유에는 해당하나 일반적으로 벤처기업확인서 유효기간(2년)동안에는 벤처기업확인취소 강제사유가 발생하지 않는 한 실제 벤처기업 취소를 재판단하지 않아 실제취소는 발생하지 않은 경우, 벤처기업 유효기간(2008년6월)내인 2007년 말에도 조특법 제6조 제2항에 따른 창업벤처중소기업특별세액 감면을 적용받을 수 있는지 여부

조세특례제한법 제6조 · 중소기업기본법 제2조