국가 등의 과세사업 관련 매입세액 공제 여부

〔붙임 : 참고자료〕

1. 질의내용

지방자치단체가 지방공기업법 제76조 에 의해 설립된 지방공단에 위탁하여 ‘기타운동시설운영업 및 부동산임대업’을 운영하는 경우, 지방자치단체가 지방공단으로 교부하여 공단에서 지출하도록 하고 있는 과세사업관련 경비에 대하여 매입세액공제 여부

(* 매입세액공제가 가능 한 경우 비용 집행의 주체인 지방공단이 자치단체로부터 교부받은 대행사업비를 집행함에 있어, 비용 집행의 주체인 공단이 과세대상 사업의 실질적 사업주체인 지방자치단체의 명의로 세금계산서 수취 여부)

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 부가가치세법 제12조

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

17. 국가ㆍ지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것

○ 부가가치세법 시행령 제38조

법 제12조 제1항 제17호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각호의 용역을 제외한 것을 말한다.

3. 부동산 임대업, 도ㆍ소매업, 음식ㆍ숙박업, 골프장ㆍ스키장운영업, 기타 운동시설 운영업. 다만, 국방부 또는 「국군조직법」에 따른 국군이 「군인사법」 제2조 의 규정에 따른 군인, 「군무원인사법」 제2조 의 규정에 따른 군무원 그 밖에 이들의 직계존비속 등 재정경제부령이 정하는 자에게 제공하는 용역을 제외한다. (2006. 2. 9. 신설)

○ 부가가치세법 시행령 제63조

① 사업자가 법 제17조 제6항에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 감가상각자산을 과세사업에 사용하거나 소비하는 때에 공제하는 세액은 다음 각 호의 산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 이 경우 경과된 과세기간의 수에 관하여는 제49조 제1항 각 호 외의 부분 후단을 준용한다. (2007. 2. 28. 신설)

1. 건물 또는 구축물 (2007. 2. 28. 신설)

공제되는 세액 = 취득 당시 해당 재화의 면세사업과 관련하여 공제되지 아니한 매입세액 × (1 － 5/100 × 경과된 과세기간의 수)

2. 기타의 감가상각자산 (2007. 2. 28. 신설)

공제되는 세액 = 취득 당시 해당 재화의 면세사업과 관련하여 공제되지 아니한 매입세액 × (1 － 25/100 × 경과된 과세기간의 수)

② 사업자가 법 제17조 제6항에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 감가상각자산을 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용하거나 소비하는 때에 공제하는 세액은 다음 각 호의 산식에 따라 계산한 금액으로 하되, 그 과세사업에 의한 과세공급가액이 총공급가액 중 100분의 5 미만인 경우에는 공제세액이 없는 것으로 본다. 이 경우 경과된 과세기간의 수에 관하여는 제49조 제1항 각 호 외의 부분 후단을 준용한다. (2007. 2. 28. 신설)

1. 건물 또는 구축물 (2007. 2. 28. 신설)

공제되는 세액 = 취득 당시 해당 재화의 면세사업과 관련하여 공제되지 아니한 매입세액 × (1 － 5/100 × 경과된 과세기간의 수) × (과세사업에 사용ㆍ소비한 날이 속하는 과세기간의 과세공급가액/과세사업에 사용ㆍ소비한 날이 속하는 과세기간의 총공급가액)

2. 기타의 감가상각자산 (2007. 2. 28. 신설)

공제되는 세액 = 취득 당시 해당 재화의 면세사업과 관련하여 공제되지 아니한 매입세액 × (1 － 25/100 × 경과된 과세기간의 수)×(과세사업에 사용ㆍ소비한 날이 속하는 과세기간의 과세공급가액/과세사업에 사용ㆍ소비한 날이 속하는 과세기간의 총공급가액)

③ 제2항을 적용함에 있어서 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 그 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각 호의 순서에 의한다. 다만, 취득시 면세사업과 관련하여 매입세액이 공제되지 아니한 건물을 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다. (2007. 2. 28. 신설)

1. 총매입가액에 대한 과세사업에 관련된 매입가액의 비율 (2007. 2. 28. 신설)

2. 총예정공급가액에 대한 과세사업에 관련된 예정공급가액의 비율 (2007. 2. 28. 신설)

3. 총예정사용면적에 대한 과세사업에 관련된 예정사용면적의 비율 (2007. 2. 28. 신설)

④ 제3항에 따라 안분계산한 매입세액을 공제한 경우에는 면세사업용 감가상각자산의 과세사업용 사용ㆍ소비로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 다음 각 호의 산식에 따라 정산한다. (2007. 2. 28. 신설)

1. 제3항 제1호 및 제2호에 따라 공제매입세액을 안분계산한 경우 (2007. 2. 28. 신설)

가. 건물 또는 구축물 (2007. 2. 28. 신설)

가산 또는 공제되는 세액 = 취득 당시 해당 재화의 면세사업과 관련하여 공제되지 아니한 매입세액 × (1 － 5/100 × 경과된 과세기간의 수) × (과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 과세공급가액/과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 총공급가액) － 기공제 매입세액

나. 기타의 감가상각자산 (2007. 2. 28. 신설)

가산 또는 공제되는 세액 = 취득 당시 해당 재화의 면세사업과 관련하여 공제되지 아니한 매입세액 × (1 － 25/100 × 경과된 과세기간의 수) × (과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 과세공급가액/과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 총공급가액) － 기공제 매입세액

2. 제3항 제3호에 따라 공제매입세액을 안분계산한 경우 (2007. 2. 28. 신설)

가산 또는 공제되는 세액 = 취득 당시 해당 재화의 면세사업과 관련하여 공제되지 아니한 매입세액 × (1 － 5/100 × 경과된 과세기간의 수) × (과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간의 과세사용면적/과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 총사용면적) － 기공제 매입세액

⑤ 사업자가 법 제17조 제6항에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 감가상각자산을 과세사업에 사용ㆍ소비하는 때에는 동 과세사업에 사용ㆍ소비하는 날이 속하는 과세기간에 대한 확정신고와 함께 재정경제부령이 정하는 과세사업전환 감가상각자산신고서에 의하여 각 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 한다. (2007. 2. 28. 신설)

⑥ 제1항 내지 제4항에 따라 경과된 과세기간의 수를 계산함에 있어서 과세기간 개시일 후에 감가상각자산을 취득하는 경우에는 그 과세기간 개시일에 그 재화를 취득한 것으로 본다. (2007. 2. 28. 신설)

나. 유사 사례(예규, 심사, 판례)

[질의]

○ 국가 가 부가가치세가 과세되는 부동산임대업, 기타운동시설운영업 등을 영 위하는 경우로

① 당해 사업을 위한 자산의 건설․매매취득과 관련하여 수취한 세금계산서상의 매입세액의 공제 여부

② 당초 국가가 직접 공공용으로 사용하기 위하여 취득(매입세액 불공제)한 자 산을 「부 가가치세법 시행령」 제38조 제3호에 규정하는 과세사업으로 전환하는 경우 신설된 같은 법 시행령 제63조의 규정을 적용받을 수 있 는지 여부

③ 당해 부동산 및 시설을 운영하는 과정에서 자본적지출, 수익적지출, 유지관리비에 대한 매입세금계산서를 수취한 경우 매입세액공제 여부

④ 국가가 과세사업에 사용하던 자산을 매각하는 경우 부가가치세가 과세되는 지의 여부

[회신]

○ 국가, 지방자치단체 등이 「부가가치세법 시행령」 제38조 제3호 에 규정하 는 부가가치세가 과세되는 사업을 영위하는 경우 당해 사업과 관련된 매입세 액 공제, 사업용자산의 매각, 같은 법 시행령 제63조의 규정에 따른 매입 세 액공제에 있 어서는 일반사업자와 동일하게 부가가치세법이 적용되는 것 임

※ 지방자치단체 등이 과세사업관련 사업용자산의 취득, 유지․수선관련 매입세액은 자신의 매출세액에서 공제가능하며, 동 자산의 매각에 대하여는 부가가치세가 과세 됨. 또한 면세사업(공공행정서비스용)용 감가상각자산을 과세사업에 전용하는 경우 부 가가치세법 제17조 제6항의 규정이 적용되는 것임

부가가치세법 시행령 제63조 · 부가가치세법 시행령 제38조 · 지방공기업법 제76조 · 부가가치세법 제17조 · 부가가치세법 제12조