창업벤처중소기업에 대한 세액감면 대상 여부

1. 사실관계

○ 중소기업인 갑법인은 창업 후 3년 이내에 「벤처기업 육성에 관한 특별 조치법 」(이하“벤처기업법”) 제25조에 따라 벤처기업 유형을‘연구개발기업 ’으로 확인(유효기간 15.6.19. ~ 17.6.18.) 받았으며,

- 당해 벤처기업 확인 유효기간이 만료되고 창업 후 3년 경과하여 17.6.19. 벤처기업 유형을 기술평가보증기업으로 다시 확인(유효기간 17.6.19. ~ 19.6.18.)을 받았음

○ 한편, 갑법인은 법인세 신고 시 창업벤처중소기업에 대한 세액감면(이하 “창업벤처세액감면”)을 신청하였으나, 17.11월 관할세무서로부터 창업벤처세액감면 대상에 해당하지 않는 것으로 확인되어 세액감면액을 수정신고 및 납부함

2. 질의내용

○ 창업벤처중소기업에 대한 세액감면 대상에 해당하지 않는‘연구개발기업’의 벤처기업 유형을 창업 후 3년 이내 확인받은 후, 당해 벤처기업 확인의 유효기간이 만료되고 창업 후 3년 경과하여‘기술평가보증기업’으로 벤처기업 유형을 다시 확인받은 경우 잔여 감면기간 중 창업벤처중소기업에 대한 세액감면을 적용받을 수 있는지 여부

3. 관련법령 및 관련사례

○ 조세특례제한법 제6조

① (생략)

② 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제2조제1항에 따른 벤처기업(이하 “벤처기업”) 중 대통령령으로 정하는 기업으로서 창업 후 3년 이내에 같은 법 제25조에 따라 2018년 12월 31일까지 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 “창업벤처중소기업”)의 경우에는 그 확인받은 날 이후 최초로 소득이 발생한 과세연도(벤처기업으로 확인받은 날부터 5년이 되는 날이 속하는 과세 연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세 연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

다만, 제1항을 적용받는 경우는 제외하며, 감면기간 중 다음 각 호의 사유가 있는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 날이 속하는 과세연도부터 감면을 적용하지 아니한다.

1. 벤처기업의 확인이 취소된 경우 : 취소일(16.12.20. 신설)

2.「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제25조제2항에 따른 벤처기업확인서의 유효기간이 만료된 경우(해당 과세연도 종료일 현재 벤처기업으로 재확인받은 경우는 제외한다) : 유효기간 만료일(16.12.20. 신설)

○ 조세특례제한법 시행령 제5조

① ~ ③ (생략)

④ 법 제6조제2항에서 “대통령령으로 정하는 기업”이란 다음 각 호의 1에 해당 하는 기업을 말한다.

1. 「 벤처기업육성에 관한 특별조치법」제2조의 2의 요건을 갖춘 중소기업(같은 조 제1항제2호나목에 해당하는 중소기업을 제외한다)

2. 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로 별표 6의 비용(이하 이조에서 “연구개발비”)이 당해 과세연도의 수입금액의 100분의 5이상인 중소기업

⑤ 제4항제2호의 규정은「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제25조의 규정에 의한 벤처기업 해당 여부의 확인을 받은 날이 속하는 과세연도부터 연구개발비가 동호의 규정에 의한 비율을 계속 유지하는 경우에 한하여 적용한다.

○ 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조

① “벤처기업”이란 제2조의2의 요건을 갖춘 기업을 말한다.

② (생략)

○ 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조의2

① 벤처기업은 다음 각 호의 요건을 갖추어야 한다.

1.「중소기업기본법」제2조에 따른 중소기업(이하 “중소기업”)일 것

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당할 것

가. 벤처투자기업 (중략)

나. 기업(「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」제14조의2제1항에 따라 인정받은 기업부설연구소를 보유한 기업만을 말한다)의 연간 연구개발비와 연간 총매출액에 대한 연구개발비의 합계가 차지하는 비율이 각각 대통령령으로 정하는 기준 이상이고, 대통령령으로 정하는 기관으로 부터 사업성이 우수한 것으로 평가받은 기업

다. 다음 각각의 요건을 모두 갖춘 기업[창업하는 기업에 대하여는 (3)의 요건만 적용한다]

(1) 「기술보증기금법」에 따른 기술보증기금(이하 “기술보증기금”)이 보증 (보증가능금액의 결정을 포함한다)을 하거나,「중소기업진흥에 관한 법률」 제68조에 따른 중소기업진흥공단(이하“중소기업진흥공단”)등 대통령령 으로 정하는 기관이 개발기술의 사업화나 창업을 촉진하기 위하여 무담보 로 자금을 대출(대출가능금액의 결정을 포함한다)할 것

(2) (1)의 보증 또는 대출금액과 그 보증 또는 대출금액이 기업의 총자산에서 차지하는 비율이 각각 대통령령으로 정하는 기준 이상일 것

(3) (1)의 보증 또는 대출기관으로부터 기술성이 우수한 것으로 평가를 받을 것

○ 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제25조

① 벤처기업으로서 이 법에 따른 지원을 받으려는 기업은 벤처기업 해당 여부에 관하여 기술보증기금 등 대통령령으로 정하는 기관이나 단체(이하 “벤처기업확인기관”)의 장에게 확인을 요청할 수 있다.

② 벤처기업확인기관의 장은 제1항에 따라 확인 요청을 받으면 산업통상자원부령 으로 정하는 기간 내에 확인하여 그 결과를 요청인에게 알려야 한다.

이 경우 그 기업이 벤처기업에 해당될 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 유효기간을 정하여 벤처기업확인서를 발급하여야 한다.

조세특례제한법 시행령 제5조 · 법인세법시행령 제2조 · 조세특례제한법 제6조