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조세특례제한법 시행령 제11조의2

조세특례제한법 시행령 제11조의2(연구개발특구에 입주하는 첨단기술기업 등에 대한 법인세 등의 감면) (법률 제36338호, 2026. 6. 3. 시행)

종류
법령
공포번호
36338
시행일
2026. 6. 3.
공포일
2026. 5. 19.
소관
재정경제부,행정안전부
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조세특례제한법 제12조의2(연구개발특구 첨단기술기업 등 세액감면)의 위임사항을 정한 시행령으로, 감면대상 '생물산업·정보통신산업 등'의 범위(생명공학·정보통신산업·정보통신서비스·첨단기술제품 관련 산업), 첨단기술기업 지정·연구소기업 등록 취소 등 감면배제 사유, 투자누계액의 의미, 박사학위 소지 연구원 등 연구개발 우수 인력 상시근로자 요건을 규정한다. 또한 상시근로자·청년 상시근로자·우수인력 수의 계산식(단시간근로자 0.5명, 일정 요건 충족 시 0.75명 산입)과, 감면 후 폐업·법인해산(3년 이내)·구역 외 이전(5년 이내) 시 감면세액 추징 및 이자상당가산액 계산방법을 정한다.

①법 제12조의2제1항에서 "생물산업ㆍ정보통신산업 등 대통령령으로 정하는 사업"이란 다음 각 호의 산업을 영위하는 사업을 말한다. <개정 2008.2.29, 2009.8.18, 2010.2.18, 2012.2.2, 2013.3.23, 2016.6.21, 2020.11.20, 2025.10.1>

1. 「생명공학육성법」 제2조제1호에 따른 생명공학과 관련된 산업(종자 및 묘목생산업, 수산물부화 및 수산종자생산업을 포함한다)

2. 「정보통신산업 진흥법」 제2조제2호에 따른 정보통신산업

3. 「정보통신망 이용촉진 및 정보보호 등에 관한 법률」 제2조제1항제2호에 따른 정보통신서비스를 제공하는 산업

4. 「산업발전법」 제5조제1항에 따라 산업통상부장관이 고시한 첨단기술 및 첨단제품과 관련된 산업

② 법 제12조의2제2항 단서에서 "지정 또는 등록이 취소되는 경우 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다. <신설 2023.2.28>

1. 「연구개발특구의 육성에 관한 특별법」 제9조의2제1항에 따라 첨단기술기업의 지정이 취소된 경우

2. 「연구개발특구의 육성에 관한 특별법」 제9조의4제1항에 따라 연구소기업의 등록이 취소된 경우

3. 「연구개발특구의 육성에 관한 특별법 시행령」 제12조의4제3항에 따른 첨단기술기업 지정의 유효기간이 만료된 경우. 다만, 유효기간 만료일이 속하는 과세연도 종료일 현재 첨단기술기업으로 재지정된 경우는 제외한다.

③ 법 제12조의2제3항제1호에서 "대통령령으로 정하는 투자누계액"이란 법 제12조의2제2항에 따라 법인세 또는 소득세를 감면받는 해당 과세연도까지의 재정경제부령으로 정하는 사업용자산에 대한 투자 합계액을 말한다. <신설 2010.12.30, 2023.2.28, 2025.12.30>

④ 법 제12조의2제3항제2호에서 "대통령령으로 정하는 연구개발 우수 인력 상시근로자"란 제26조의8제2항에 따른 상시근로자 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 사람을 말한다. <신설 2026.2.27>

1. 자연계ㆍ이공계ㆍ의학계 분야의 박사학위를 소지한 사람일 것

2. 법 제12조의2제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업에서 연구원(행정 사무만을 담당하는 사람은 제외한다)으로 근무하는 사람일 것

⑤ 법 제12조의2제3항제2호에서 "대통령령으로 정하는 서비스업"이란 제23조제4항에 따른 서비스업을 말한다. <신설 2017.2.7, 2019.2.12, 2023.2.28, 2026.2.27>

⑦ 법 제12조의2제3항 및 제5항을 적용할 때 상시근로자 및 청년 상시근로자의 범위는 다음 각 호의 구분에 따른다. <개정 2019.2.12, 2023.2.28, 2026.2.27>

1. 상시근로자의 범위: 제26조의8제2항에 따른 상시근로자

2. 청년 상시근로자의 범위: 제26조의8제3항제1호에 해당하는 사람

⑧ 법 제12조의2제3항 및 제5항을 적용할 때 상시근로자 수, 청년 상시근로자 수 및 연구개발 우수 인력 상시근로자 수는 제1호 각 목의 구분에 따른 계산식에 따라 계산한 수로 한다. 이 경우 제26조의8제2항제2호 단서에 따른 근로자 1명은 0.5명으로 하여 계산하되, 제2호 각 목의 요건을 모두 충족하는 경우에는 0.75명으로 하여 계산하며, 해당 과세연도의 근무개월 수를 계산할 때 매월 말 현재 근무하고 있는 경우 해당 월을 근무개월 수에 산입한다. <개정 2026.2.27>

1. 계산식

2. 단시간근로자 수의 계산에 관한 요건

가. 해당 과세연도의 상시근로자 수(제26조의8제2항제2호 단서에 따른 근로자는 제외한다. 이하 이 호에서 같다)가 직전 과세연도의 상시근로자 수보다 감소하지 않았을 것

나. 기간의 정함이 없는 근로계약을 체결하였을 것

다. 상시근로자와 시간당 임금(「근로기준법」 제2조제1항제5호에 따른 임금, 정기상여금ㆍ명절상여금 등 정기적으로 지급되는 상여금 및 경영성과에 따른 성과금을 포함한다), 그 밖에 근로조건과 복리후생 등에 관한 사항에서 「기간제 및 단시간근로자 보호 등에 관한 법률」 제2조제3호에 따른 차별적 처우가 없을 것

라. 시간당 임금이 「최저임금법」 제5조에 따른 최저임금액의 100분의 130(중소기업의 경우에는 100분의 120) 이상일 것

⑨ 법 제12조의2제7항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액"이란 다음 각 호의 구분에 따른 세액을 말한다. <신설 2022.2.15, 2026.2.27>

1. 법 제12조의2제7항제1호에 해당하는 경우: 폐업일 또는 법인해산일부터 소급하여 3년 이내에 감면된 세액

2. 법 제12조의2제7항제2호에 해당하는 경우: 이전일부터 소급하여 5년 이내에 감면된 세액

⑩ 법 제12조의2제8항에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액"이란 제8항 각 호의 구분에 따른 세액에 상당하는 금액에 제1호에 따른 기간과 제2호에 따른 율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. <신설 2022.2.15, 2026.2.27>

1. 감면을 받은 과세연도의 종료일 다음 날부터 법 제12조의2제7항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도의 종료일까지의 기간

2. 1일 10만분의 22

⑪ 법 제12조의2제9항에 따라 법인세 또는 소득세를 감면받으려는 자는 과세표준신고를 할 때 재정경제부령으로 정하는 세액감면신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출해야 한다. <개정 2022.2.15, 2025.12.30, 2026.2.27>

제11조의2(연구개발특구에 입주하는 첨단기술기업 등에 대한 법인세 등의 감면)

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