2026년 8월 22일

재건축 입주권 청산금 환급, 양도세 계산과 신고 방법

원래 질문: 재건축 조합원입주권을 보유 중인 원조합원인데 관리처분계획인가 후 청산금 6천만원을 환급받았습니다. 종전 아파트는 15년 보유·거주했고 입주권을 12억에 양도할 예정인데, 환급받은 청산금이 양도차익에 어떻게 반영되는지, 청산금 수령분에 대한 양도소득세는 별도로 신고해야 하는지 궁금합니다.

핵심 답변

재건축 조합원입주권 원조합원이 관리처분계획인가 이후 청산금을 환급받은 경우, 그 청산금은 종전 부동산의 일부를 양도한 것으로 봅니다. 따라서 청산금 수령분에 대한 양도소득세는 이후 입주권을 양도할 때 한꺼번에 정산되는 것이 아니라, 관리처분계획인가일이 속한 달의 말일부터 2개월 이내에 예정신고로 별도 신고해야 합니다.

자세한 설명

청산금 환급분의 양도차익은 종전 부동산의 취득가액과 필요경비를 청산금이 종전 평가액에서 차지하는 비율만큼 안분해 계산합니다. 6천만원을 환급받으셨다면 그 금액이 청산금 양도가액이 되고, 종전 아파트를 취득할 때 지출한 매입가·취득세·중개수수료 등을 같은 비율로 안분해 취득가액으로 공제받는 구조입니다. 15년간 보유하고 실제 거주하셨다면 1세대 1주택 비과세 요건을 충족하실 가능성이 큽니다. 이 경우 청산금 환급분에도 비과세가 적용될 수 있고, 종전 부동산 전체 양도가액이 고가주택 기준을 넘는 부분에 대해서만 과세됩니다. 고가주택 기준금액은 2026년 기준 12억원입니다. 이후 입주권을 12억원에 양도하실 때는 이미 청산금으로 정산된 부분을 제외한 나머지에 대한 양도차익을 계산합니다. 원조합원의 입주권 양도는 종전 주택 취득일부터 보유·거주 기간이 통산되므로 장기보유특별공제와 1세대 1주택 비과세 판단이 유리하게 적용될 수 있고, 다른 주택이 없다면 양도가액 12억원 이하 부분은 비과세 대상이 됩니다. 가장 흔한 실수는 청산금 환급분 예정신고를 놓친 채 몇 년 뒤 입주권을 양도할 때 뒤늦게 발견되는 경우입니다. 이때는 무신고 가산세와 납부지연 가산세가 함께 부과될 수 있으므로 환급받은 시점에 신고 여부를 즉시 챙기는 것이 안전합니다. 구체적인 청산금 안분 비율, 고가주택 초과분 계산, 비과세 요건의 세부 판정은 종전 부동산 평가서와 관리처분계획서를 실제로 확인해야 정확히 산출되므로, 관련 서류를 갖추어 세무 전문가와 상담하시기를 권해 드립니다.
백승택 세무사

세무사 검토 전 답변(AI 초안)

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작성일
2026.08.22