면세사업 관련 매입세액의 환급여부 등

1. 질의내용 요약

밀양시 산림조합은 비영리 법인임에도 국가 및 지방자치단체에서 발주하는 산림사업에 대하여 산림토목공사 및 조경식재 공사를 수주받아 공사를 실행하고 있음. 공사를 수주받는 과정에서 발주처에서는 원가계산서 작성시 공사자재대, 재료비, 운반비, 기계장비 등에 대하여 거래징수당한 부가세액을 공제받지 못하고 도급계약을 체결하고 있음. 이에 대하여 지방자치단체는 본 조합에 공제받지 못한 부가세 상당액을 도급계약시 공사대가에 포함하여 지급하여야 하는지 여부와 못하였을 경우 환급받을 수 있는지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법률,시행령,시행규칙)

○ 부가가치세법 제17조

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 󰡒납부세액󰡓이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 󰡒매출세액󰡓이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 󰡒매입세액󰡓이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 󰡒환급세액󰡓이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액

나. 관련․유사 사례 (기본통칙, 판례, 심사․심판례, 예규)

○ 부가46015-2647,1993.11.10

면세사업자라도 자기의 사업을 위하여 부가가치세가 과세되는 재화 용역을 공급받는 경우에는 과세사업자나 일반소비자와 마찬가지로 그 공급자에게 부가가치세를 거래징수 당하는 것이며, 면세사업자인 경우에는 거래징수 당한 부가가치세를 공제(환급)받는 것이 아니고 구입한 재화 용역의 원가에 산입하는 것임

○ 부가46015-2028,2000.08.21

산림조합법에 의한 산림조합이 그 고유의 사업목적으로서 동법 제46조에 규정된 사업을 영위하여 공급하는 재화 또는 용역에 대하여는 조세특례제한법 제106조 제1항 제6호 , 동법시행령 제106조 제6항 제15호 및 제7항의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 것이나, 사업자가 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 산림조합에 공급하는 경우에는 부가가치세법 제1조 제1항 제1호 의 규정에 의하여 부가가치세가 과세되는 것임

○ 부가46015-1773,1997.07.30

귀 질의의 부가가치세가 면제되는 교과용도서 판매가격 산정을 위한 제조원가를 계산함에 있어서 매입세액이 불공제되어 당해 제조원가에 포함되는 부가가치세의 원가부문별 배분방법 및 판매가격 산정방법에 대하여는 부가가치세법에 관한 질의대상이 아니므로 회신하기 곤란하나, 이 경우 일반적으로 공정하고 타당한 회계처리(원가계산) 방법과 관련 당사자간의 약정내용에 따라 처리할 사항임을 알림

부가가치세법 제17조 · 부가가치세법 제1조 · 조세특례제한법 제106조