농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 해당 여부

1. 질의내용 요약

○ 사실관계

- 甲은 2009.12월 3년간 거주하던 소유의 수원시 소재 A아파트(32평형)를 전세 임대한 후 충남 홍성군 소재 생태․전원마을(정부지원사업, “★★마을”)로 이 사하였음

- ★★마을은 10,752㎡의 토지(대지 8,989㎡, 전 1,289㎡, 도로 474㎡)에 총 20 가구가 입주하여 거주하고 있으며, 정부지원금은 토목공사 및 기반시설비용으로 사 용하였다고 함

- 甲은 乙로부터 ★★마을의 B다세대주택 55.574㎡(전용면적)를 취득(’10.1.12. 등기접수, 가액 90,750,000원) 하였으나, 토지부분은 계약 및 등기사항 없음

입 주 계 약 서

1. 부동산의 표시

- 소재지 : 충남 홍성군 00면 00리 000번지 외 5필지

- 토 지 : 대지, 기타 - 토지 면적 : 495㎡(150평)

- 대지권의 표시 및 비율 : 공동지분(389/9,463㎡)

- 건 물 : 목조일반 / 주거용 - 건물 면적 : 55.574㎡(17평)

2. 계약내용

제1조(목적) 위 입주 계약에 있어 매수인은 매매대금을 아래와 같이 매도인에 게 지불하기로 한다.

- 매매대금 : 금 구천칠십오만원정(\90,750,000 중 토지매입대금 ￦59,500,000 )

- 계 약 금 : 금 삼천칠백오십만원정(\37,500,000)

- 중 도 금 : 1차 총 건축비의 30%를 건축 착공일까지 지불하고,

2차 총 건축비의 40%를 건축공정 60% 완료일까지 지불하며,

- 잔 금 : 총 건축비의 30%를 완공 후 입주 전에 지불하여야 한다.

제2조(소유권 이전 등) ~ 제8조(대상물 확인 및 설명서 교부) 생략

※ 특약사항

① ‘ ★★마을’ 입주자의 토지 등기는 공동지분등기로 한다.

② 본 입주 계약서는 ‘★★마을’의 일원임을 증명하며 그에 따라 ‘★★마 을’이 추진하는 사업에 대하여 권리와 의무를 이행해야 한다.

(이하 생략)

2009년 12월 10일

매도인 : ★★마을 주민회 대표자 이○○

매수인 : 甲

시행사 : (주)◆◆

- 甲은 입주 당시 < ★★마을 주민회>와 입주계약을 체결 하였는 바, 세부내용은 아 래와 같음

- ★★마을 입주자들은 <★★마을 주민회>의 명의로 등기되어 있던 위 6필지의 토지에 대해서 소유권의 귀속이 입주민에게 있음을 분명히 하여 주택 매매시 불편을 해소하기 위해 주민회의를 거쳐 ’12.11.27. 매매를 원인(원인일 ’11.12.24.) 으로 하는 각 입주자 명의의 대 지권 공유지분등기

- 공유지분 등기에 따른 甲의 대지권 지분면적은 495㎡ 로 확인되나, 甲의 B다세 대주택 및 그 부수토지 취득과 관련한 잔금청산일은 불명

○ 질의내용

A아파트를 양도하는 경우 B다세대주택을 「조세특례제한법」제99조의 4에 따른 농어촌주택으로 보아 과세특례를 적용받을 수 있는 지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

○ 조세특례제한법 제99조의 4

① 거주자 및 그 배우자가 구성하는 대통령령으로 정하는 1세대(이하 이 조에서 “1세대”라 한다)가 2003년 8월 1일(고향주택은 2009년 1월 1일)부터 2014년 12 월 31일까지의 기간(이하 이 조에서 “농어촌주택등취득기간”이라 한다) 중에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 1채의 주택(이하 이 조에서 “농어촌주택등”이라 한다) 을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)하여 3년 이상 보유하고 그 농어촌 주택등 취득 전에 보유하던 다른 주택(이하 이 조에서 “일반주택”이라 한다)을 양 도하는 경우에는 그 농어촌주택등을 해당 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 「소득세법」 제89조 제1항 제3호 를 적용한다.

1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택(이 조에서 “농어촌주택”이라 한다)

가. 취득 당시 다음의 어느 하나에 해당하는 지역을 제외한 지역으로서 「지방자 치법」 제3조 제3항 및 제4항에 따른 읍 또는 면에 소재할 것

1) 수도권지역. 다만, 「접경지역 지원 특별법」 제2조 에 따른 접경지역 중 부동 산가격동향 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 지역은 제외한다.

2) 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제6조 및 같은 법 제117조에 따른 도시지역 및 허가구역

3) 「소득세법」 제104조 의 2 제1항에 따른 지정지역

4) 그 밖에 관광단지 등 부동산가격안정이 필요하다고 인정되어 대통령령으로 정하는 지역

나. 대지면적이 660 제곱미터 이내이고, 주택의 면적이 대통령령으로 정하는 기준 이내일 것

다. 주택 및 이에 딸린 토지의 가액( 「소득세법」 제99조 에 따른 기준시가를 말한 다)의 합계액이 해당 주택의 취득 당시 2억원을 초과하지 아니할 것

2. 생략

② (삭제, 2007. 12. 31.)

③ 1세대가 취득한 농어촌주택등과 보유하고 있던 일반주택이 행정구역상 같은 읍ㆍ면ㆍ시 또는 연접한 읍ㆍ면ㆍ시에 있는 경우에는 제1항을 적용하지 아니한다.

④ 1세대가 제1항에 따른 농어촌주택등의 3년 이상 보유 요건을 충족하기 전에 일반주택을 양도하는 경우에도 제1항을 적용한다.

(이하 생략)

○ 조세특례제한법 시행령 제99조의 4

① 법 제99조의 4 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 1세대”란 「소득세법 시행령」 제154조 제1항 에 따른 1세대를 말한다.

②․③ 생략

④ 법 제99조의 4 제1항 제1호 나목 및 같은 항 제2호 다목에서 “대통령령으로 정하는 기준 이내”란 주택의 연면적이 150제곱미터(공동주택의 경우에는 전용면 적 116제곱미터)이내를 말한다.

⑤ ~ ⑦ 생략

⑧ 법 제99조의 4 제5항 단서에서 “대통령령으로 정하는 부득이한 사유”란 「공 익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 및 그 밖의 법률에 의한 수용 (협의매수를 포함한다), 사망으로 인한 상속 또는 멸실의 사유로 인하여 당해 농 어촌주택 또는 고향주택(이하 이 조에서 “농어촌주택 등”이라 한다)을 3년 이상 보유하지 아니하게 되는 경우의 당해 사유를 말한다.

⑨ 생략

⑩ 법 제99조의 4 제1항 제1호 나목ㆍ다목 및 같은 항 제2호 다목ㆍ라목에 따라 농어촌주택등의 면적 및 가액을 산정함에 있어서 일반주택의 양도일까지 농어촌주 택등의 증축 또는 그 부수토지의 추가 취득이 있는 경우에는 당해 증가된 건물ㆍ 토지의 면적 및 가액을 포함하여 계산한다.

⑪ 농어촌주택등의 증축 또는 그 부수토지의 추가 취득이 있는 경우에 있어서 법 제99조의 4 제1항 및 같은 조 제4항에 따른 농어촌주택등의 보유기간은 당초 농 어촌주택등의 취득일부터 기산하여 계산한다.

⑫ 농어촌주택등의 증축 또는 그 부수토지의 추가 취득이 있는 경우에 있어서 법 제99조의 4 제1항 각 호 외의 부분에 따른 농어촌주택등취득기간 이내의 취득 또 는 같은 항 제1호 가목 및 제2호 가목ㆍ나목에 따른 지역에 해당하는 여부의 판정은 당초 농어촌주택등의 취득일을 기준으로 한다.

소득세법시행령 제154조 · 소득세법 제104조의2 · 소득세법 제89조 · 조세특례제한법 시행령 제99조의4 · 조세특례제한법 제99조의4