비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례

1. 질의내용 요약

학술연구용역을 제공하는 정부출연 비영리내국법인이 이자소득외의 수익사업에 의한 소득이 발생하지 않고 있으며, 이자소득금액에 대하여 고유 목적사업준비금을 설정하여 이자소득에 대한 법인세를 환급받아 왔음

당 법인이 2003년 중 소유 토지를 매각하는 경우 법인세법 제62조 의 2 [비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례]를 적용받을 수 있는지

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 법인세법 제62조 의 2

① 비영리내국법인(제3조 제2항 제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하는 비영리내국법인을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조 제2항 제4호 및 제5호의 수입으로서 다음 각호의 1에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 󰡒자산양도소득󰡓이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제14조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다.

1. 소득세법 제94조 제1항 제3호 의 규정에 해당하는 주식 또는 출자지분과 대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분

2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)

② 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 소득세법 제92조 의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 동법 제104조 제1항 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 동법 제104조 제 4항의 규정에 의하여 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의 2를 적용하지 아니한다.

○ 법인세법 제3조

② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 󰡒수익사업󰡓이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도소매 및 소비자용품수리업, 부동산임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것

2. 소득세법 제16조 제1항 각호의 규정에 의한 이자할인액 및 이익

3. 소득세법 제17조 제1항 각호의 규정에 의한 배당 또는 분배금

4. 주식신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인하여 생기는 수입 (1998. 12. 28 개정)

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 서이46012-10683(2003.04.01)

의료법인은 법인세법 제3조 제2항 제1호 에서 규정하는 수익사업을 영위하는 비영리내국법인이므로 법인세법 제62조 의 2 규정에 의한 비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례를 적용할 수 없는 것임

○ 서이46012-10358(2003.02.18)

법인세법 제3조 제2항 제1호 에서 규정하는 수익사업을 영위하는 비영리내국법인이 보유하고 있는 비수익사업용 토지를 양도하는 경우, 당해 토지에 대하여는 같은법 제62조의 2에 의한 비영리 내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례 규정이 적용되지 아니하는 것임

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