선박폐유수용시설의 관리운영수탁업무를 국가로부터 수탁 받아 업무를 수행하면서 시설사용자로부터 폐유 수거 수수료를 징수하는 경우 수익사업 해당 여부

1. 질의내용 요약

○ 사실관계

당해 조합은 해양오염방지법 제52조 의 2에 의해 설립된 비영리법인으로서 주요사업은 해양에 배출된 기름 등을 방제하는 것이며 별도로 국가로부터 위탁받은 사업을 수행하고 있음

위탁받은 사업의 주요내용

위탁수수료없이 국유재산인 선박폐유 수용시설의 관리운영 수탁업무로서 위탁자는 해양수산부장관이며 마산, 진해등 13개 무역항내에 설치한 선박폐유수용시설의 관리 및 운영업무 일체임

위탁업무 수행에 따른 제비용은 매 회계연도마다 정부예산에 반영되어 국고보조금을 교부받고 있음

최저운용 비용의 수준에서 해양수산부장관이 승인한 폐유수거수수료를 시설이용자로부터 징수함

국고보조금, 폐유수거수수료, 재활용 폐유매각수입은 시설운영인건비, 시설관리비 등으로 사용하며 매년 수입과 지출을 정산하여 잔액은 전액 정부에 반납하는 것임

○ 질의내용

상기 내용과 같이 당해 조합이 시설사용자로부터 최저운영비에도 못미치는 수준으로 징수하는 『폐유수거수수료』가 법인세법상 수익사업에 해당되어 세금계산서(계산서)를 발행하여야 하는지 아니면 비수익사업에 해당하여 법인세법 제116조 제2항 및 같은법시행령 제158조 제1항 제1호 가목에 의한 적격증빙 수취대상에서 제외되는지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 법인세법 제3조

① 법인세는 다음 각호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호의 소득에 대하여만 이를 부과한다. (1998. 12. 28 개정)

1. 각 사업연도의 소득 (1998. 12. 28 개정)

2. 청산소득 (1998. 12. 28 개정)

② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 󰡒수익사업󰡓이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도소매 및 소비자용품수리업, 부동산임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것

(중 략)

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

6. 제1호 내지 제5호외에 대가를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령이 정하는 것 (1998. 12. 28 개정)

○ 법인세법시행령 제2조

① 법인세법(이하 󰡒법󰡓이라 한다) 제3조 제2항 제1호에서 󰡒대통령령이 정하는 것󰡓이라 함은 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 󰡒한국표준산업분류󰡓라 한다)에 의한 각 사업 중 수익이 발생하는 것을 말한다. 다만, 다음 각호의 사업을 제외한다. (1998. 12. 31 개정)

1. 축산업(축산관련 서비스업을 포함한다)조경 및 관련 서비스업외의 농업 (1998. 12. 31 개정)

2. 사업서비스업 중 연구 및 개발업(계약 등에 의하여 그 대가를 받고 연구 및 개발용역을 제공하는 사업을 제외한다) (1999. 12. 31 개정)

2의 2. 비영리내국법인이 외국에서 영위하는 선급검사용역에 대하여 당해 외국이 법인세를 부과하지 아니하는 경우로서 당해 외국에 본점 또는 주사무소가 있는 비영리외국법인이 국내에서 영위하는 선급검사용역 (2001. 12. 31 신설)

(이하생략)

2. 질의내용에 대한 자료

나. 관련 예규 (예규, 심사, 심판, 행정소송)

○ 서이 46012-10800, 2001. 12. 24

공업배치및공장설립에관한법률 제31조 제2항 및 같은법시행령 제39조의 규정에 의하여 설립된 지방산업단지공단이 지방자치단체로부터 공단내 하수종말처리장, 폐수종말처리장 등 시설의 운영을 위탁받아 당해 용역을 제공하고 그 대가를 입주업체 및 지원기관으로부터 받는 경우 법인세법 제3조 제2항 및 같은법시행령 제2조 제1항의 규정에 의한 수익사업에 해당하는 것임

○ 법인46012-89, 2001.01.09

환경관리공단이 환경부로부터 환경오염방지 등에 대한 사업을 위탁받아 당해 용역을 제공하고 그 대가를 받는 경우 법인세법 제3조 제2항 및 같은법 시행령 제2조 제1항의 규정에 의한 수익사업에 해당하는 것이며,

환경관리공단이 환경부로부터 위탁받아 운영하는 사업에 대한 수수료 등 수입금액을 환경부에 귀속시키지 아니하고 당해 공단의 운영비로 사용하는 경우에는 위 수익사업에 해당하는 것으로 법인세법 제2조 제3항 의 규정이 적용되지 아니하는 것임

○ 법인46012-1741,2000.08.10

지방공기업법에 의하여 설립된 양천구시설관리공단이 양천구와 시설물 관리에 대한 위․수탁계약을 체결하여 동 시설물을 관리․운영함에 있어서 시설물 사용료에 대한 수입금액 전액이 양천구에 귀속되고 공단은 양천구로부터 시설물의 관리․운영에 대한 수수료를 별도로 지급하는 경우 지방자치단체에 귀속되는 수입금액에 대하여는 법인세법 제2조 제3항 의 규정에 의하여 납세의무가 없는 것이나, 공단에 직접 귀속되는 시설물 사용료에 대한 수입금액 및 공단이 양천구로부터 관리․운영의 대가로 받는 수입금액에 대하여는 법인세가 과세되는 것임

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