영농조합법인이 농업회사법인으로 조직변경하는 경우 청산소득에 대한 과세특례 적용여부

1. 사실관계

○ ***영농조합법인(이하 “질의법인”이라함)은 ’11.**월「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 의해 영농조합법인으로 설립되었음

○ 질의법인은 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따라 영농조합법인에서 주식회사 농업회사법인으로 ’24.*월 조직변경 하였음

❙질의법인의 조직변경 비교❙

구분

<舊법인>영농조합법인

<新법인>농업회사법인

근거

▪ 농어업경영체법 제16조

▪ 농어업경영체법 제19조

설립일

▪ 2011.**.**. ~ 2024.*.**.

▪ 2024.*.**.~

법인명

▪ ***영농조합법인

▪ 농업회사법인 ***** 주식회사

법인번호

▪ ****71-*****07

▪ ****11-*****98

사업자

등록번호

▪ 2**-81-***** (사업자 등록번호 유지)

2. 질의내용

○ ｢농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률｣에 따라 설립된 영농조합법인인 질의법인이 동법에 따라 상법상의 회사(농업회사법인)로 조직변경하는 경우 ｢법인세법｣ 제78조 에서 규정하는 청산소득에 대한 과세특례 적용 여부

3. 관련법령

○ 법인세법 제4조

① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.

1. 각 사업연도의 소득

2. 청산소득(淸算所得)

3. 제55조의 2 및 제95조의 2에 따른 토지등 양도소득

(이하 생략)

○ 법인세법 제8조

① 내국법인이 사업연도 중에 해산(합병 또는 분할에 따른 해산과 제78조 각 호에 따른 조직변경은 제외한다)한 경우에는 다음 각 호의 기간을 각각 1사업연도로 본다.

1. 그 사업연도 개시일부터 해산등기일(파산으로 인하여 해산한 경우에는 파산등기일을 말하며, 법인으로 보는 단체의 경우에는 해산일을 말한다. 이하 같다)까지의 기간

2. 해산등기일 다음 날부터 그 사업연도 종료일까지의 기간

(이하 생략)

○ 법인세법 제78조

내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 청산소득에 대한 법인세를 과세하지 아니한다.

1. 「상법」의 규정에 따라 조직변경하는 경우

2. 특별법에 따라 설립된 법인이 그 특별법의 개정이나 폐지로 인하여 「상법」에 따른 회사로 조직변경하는 경우

3. 그 밖의 법률에 따라 내국법인이 조직변경하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

○ 법인세법 시행령 제121조

법 제78조제3호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호에 해당하는 경우를 말한다.

1. 「변호사법」에 따라 법무법인이 법무법인(유한)으로 조직변경하는 경우

2. 「관세사법」에 따라 관세사법인이 관세법인으로 조직변경하는 경우

3. 「변리사법」에 따라 특허법인이 특허법인(유한)으로 조직변경하는 경우

4. 「협동조합 기본법」 제60조의2제1항 에 따라 법인등이 협동조합으로 조직변경하는 경우

5. 「지방공기업법」 제80조 에 따라 지방공사가 지방공단으로 조직변경하거나 지방공단이 지방공사로 조직변경하는 경우

○ 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제16조

① 협업적 농업경영을 통하여 생산성을 높이고 농산물의 출하ㆍ유통ㆍ가공ㆍ수출 및 농어촌 관광휴양사업 등을 공동으로 하려는 농업인 또는 「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법」 제3조제4호 에 따른 농업 관련 생산자단체(이하 "농업생산자단체"라 한다)는 5인 이상을 조합원으로 하여 영농조합법인(營農組合法人)을 설립할 수 있다.

② 협업적 수산업경영을 통하여 생산성을 높이고 수산물의 출하ㆍ유통ㆍ가공ㆍ수출 및 농어촌 관광휴양사업 등을 공동으로 하려는 어업인 또는 「수산업ㆍ어촌 발전 기본법」 제3조제5호 에 따른 어업 관련 생산자단체(이하 "어업생산자단체"라 한다)는 5인 이상을 조합원으로 하여 영어조합법인(營漁組合法人)을 설립할 수 있다.

③ 영농조합법인 및 영어조합법인을 설립하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 주된 사무소의 소재지를 관할하는 시장(특별자치도의 경우에는 특별자치도지사를, 특별자치시의 경우 특별자치시장을 말한다. 이하 같다)ㆍ군수ㆍ구청장(자치구의 구청장을 말한다. 이하 같다)에게 신고하여야 한다. 신고한 사항 중 대통령령으로 정하는 중요한 사항이 변경되는 경우 또는 해산하는 경우에도 같은 방법으로 변경신고 또는 해산신고를 하여야 한다.

④∼⑦ (생략)

⑧ 영농조합법인 및 영어조합법인에 관하여 이 법에서 규정한 사항 외에는 「민법」 중 조합에 관한 규정을 준용한다.

○ 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제18조

① 영농조합법인 또는 영어조합법인은 총조합원의 일치로 총회의 결의를 거쳐 다음 각 호의 어느 하나의 형태인 농업회사법인 또는 어업회사법인으로 조직을 변경할 수 있다.

1. 합명회사

2. 합자회사

2의2. 유한책임회사

3. 유한회사

4. 주식회사

(이하 생략)

○ 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제19조

① 농업의 경영이나 농산물의 유통ㆍ가공ㆍ판매를 기업적으로 하려는 자나 농업인의 농작업을 대행하거나 농어촌 관광휴양사업을 하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 농업회사법인(農業會社法人)을 설립할 수 있다.

② 농업회사법인을 설립할 수 있는 자는 농업인과 농업생산자단체로 하되, 농업인이나 농업생산자단체가 아닌 자도 대통령령으로 정하는 비율 또는 금액의 범위에서 농업회사법인에 출자할 수 있다.

③~⑩ (중략)

⑪ 농업회사법인 및 어업회사법인에 관하여 이 법에서 규정한 사항 외에는 「상법」 중 회사에 관한 규정을 준용한다

법인세법 제78조