부가가치세 환급세액의 익금귀속시기 등

1. 사실관계

○ 질의법인은 2009년에 설립된 프로젝트 금융투자 회사로 오피스텔과 상업시설 그리고 아파트 (국민주택규모 이하) 를 공급하는 겸영사업자임

○ 질의법인의 경우 시공사인 **건설 (주) 및 설계사무소 *** (주) 로부터 예정아파트(면세) 면적비율을 근거로 과세공급(약 50%)은 세금계산 면세공급(약 50%)은 계산서를 수취하였으나

- 질의법인 담당자의 착오로 공급가액 비율에 따라 과세사업(약 30%)과 면세사업(약 70%)을 안분계산하여 부가가치세를 신고하고, 그 외 관리비 부분에 대한 공통매입세액도 착오계산하여 과다하게 매입세액을 불공제 받은 사실이 있었음

○ 이에 질의법인은 시공용역 및 설계용역의 제공과 관련하여 과세사업에 직접 대응되는 세금계산서 교부분은 전액 매입세액 공제하고, 그 외 관리비 부분도 공통매입세액을 적정하게 안분계산하여 2019년 1기 부터 2022년 2기까지 부가가치세 경정청구를 하였으며

- 동 경정청구에 대하여 관할 세무서로부터 부가가치세 환급액 *,***백만원과 환급가산금 ***백만원 합계 *,***백만원을 2024년 11월 27일 환급받았음

2. 질의요지

○ 2016 사업연도에 대손요건을 총족하지 못하여 손금불산입한 국외특수관계법인의 매출채권에 대하여 2024 사업연도에 채무법인의 청산으로 인하여 분배받을 재산이 없는 것으로 확인된 경우 세무조정으로 대손금 손금산입이 가능한지 여부

3. 관련 법령

○ 법인세법 시행령 제11조

법 제15조제1항에 따른 이익 또는 수입[이하 "수익"(收益)이라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다.

(중략)

7. 손금에 산입한 금액 중 환입된 금액

(이하생략)

○ 법인세법 제21조

다음 각 호의 세금과 공과금은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 각 사업연도에 납부하였거나 납부할 법인세(제18조의4에 따른 익금불산입의 적용 대상이 되는 수입배당금액에 대하여 외국에 납부한 세액과 제57조에 따라 세액공제를 적용하는 경우의 외국법인세액을 포함한다) 또는 법인지방소득세와 각 세법에 규정된 의무 불이행으로 인하여 납부하였거나 납부할 세액(가산세를 포함한다) 및 부가가치세의 매입세액(부가가치세가 면제되거나 그 밖에 대통령령 으로 정하는 경우의 세액은 제외한다)

(이하생략)

○ 법인세법 제40조

① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 시행령 제71조

(중략)

⑦ 법 제40조제1항 및 제2항을 적용할 때 법(제43조를 제외한다)ㆍ 「조세특례제한법」 및 이 영에서 규정한 것외의 익금과 손금의 귀속사업연도에 관하여는 기획재정부령으로 정한다

○ 법인세법 시행규칙 제36조

영 제71조제7항을 적용할 때 이 규칙에서 별도로 규정한 것외의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

○ 법인세법 제18조

다음 각 호의 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니한다.

(중략)

4. 국세 또는 지방세의 과오납금(過誤納金)의 환급금에 대한 이자

(이하생략)

○ 법인세법 시행령 제22조

① 법 제21조제1호에서 "대통령령으로 정하는 경우의 세액"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 「부가가치세법」 제39조제1항제5호 에 따른 매입세액

2. 「부가가치세법」 제39조제1항제6호 에 따른 매입세액

3. 그 밖에 해당 법인이 부담한 사실이 확인되는 매입세액으로서 기획 재정부령으로 정하는 것

② 「부가가치세법」 제42조 (→ 면세농산물등 의제매입세액 공제특례)에 따라 공제받는 의제매입세액과 「조세특례제한법」 제108조 에 따라 공제받는 매입세액은 해당 법인의 각 사업연도의 소득금액계산을 할 때 해당 원재료의 매입가액에서 이를 공제한다

○ 국세기본법 제52조

① 세무서장은 국세환급금을 제51조에 따라 충당하거나 지급할 때에는 대통령령으로 정하는 국세환급가산금 기산일부터 충당하는 날 또는 지급결정을 하는 날까지의 기간과 금융회사 등의 예금이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율에 따라 계산한 금액(이하 “국세 환급가산금”이라 한다)을 국세환급금에 가산하여야 한다.

(이하생략)

○ 부가가치세법 제40조

사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분기준"이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다.

○ 부가가치세법 시행령 제81조

① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액" 이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정 신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(면세사업등에 대한 공급가액과 사업자가 해당 면세사업등과 관련하여 받았으나 법 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액을 말한다. 이하 이 조부터 제83조까지의 규정에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다. <개정 2016.2.17, 2018.2.13., 2019.2.12.>

면세사업등에 관련된 매입세액

=

공통매입세액

×

면세공급가액

총공급가액

(중략)

④ 제1항을 적용할 때 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업등의 공급 가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당 과세기간에 대한 안분 계산은 다음 각 호의 순서에 따른다. 다만, 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액은 제외한다)에 대한 면세사업등에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업등에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업등에 관련된 예정사용면적의 비율

(이하생략)

법인세법 시행령 제11조