신공항건설관련 매입세액의 공제대상에 해당 여부와 해당시 공제되는 매입세액의 범위

1. 질의내용 요약

인천국제공항공사법(1999. 2. 1 시행)에 의거 설립된 인천국제공항공사가 종전 수도권신공항건설공단의 재산·권리 및 의무를 포괄승계받아 인천국제공항(수도권공항) 건설사업 및 동 공항의 관리·운영 사업 등을 수행하는 경우 동 공사의 사업이 부가가치세 과세사업으로서 동 공항 건설 관련 매입세액이 공제되는지 여부에 대하여 다음과 같이 이견이 있어 질의함.

- 다 음 -

(질의 1) 인천국제공항공사의 인천국제공항 건설관련 매입세액의 공제여부

〈갑설〉 인천국제공항공사의 인천국제공항 건설 관련 매입세액은 공제됨.

ｏ 인천국제공항공사의 경우에는 건설한 시설물 등은 공사에 귀속되고, 건설사업외에 건설한 신공항시설의 관리·운영사업도 수행하도록 사업범위가 변경되었는 바

동 공사는 신공항을 건설한 후 동 시설을 이용하는 항공사, 여행객 및 시설임차인 등에게 재화 또는 용역을 제공하고 대가를 받는 사업을 하게 되므로 부가가치세 과세사업에 해당하고, 신공항건설사업은 자기의 과세사업에 사용할 자산을 취득하는 것이기 때문임.

〈을설〉 인천국제공항공사의 인천국제공항 건설 관련 매입세액은 공제되지 아니함.

ｏ 인천국제공항공사는 수도권신공항건설공단의 재산과 권리·의무를 포괄승계받아 수도권신공항건설공단이 수행하던 신공항건설사업을 수행하는 것으로

수도권신공항건설공단의 신공항건설사업은 부가가치세 과세사업에 해당하지 않으므로 관련 매입세액은 공제되지 않는 것으로 해석한 바 있기 때문임.

(질의 2) 질의 1의 갑설이 타당할 경우 공제되는 매입세액의 범위

〈갑설〉 인천국제공항공사가 부가가치세법 제5조 의 규정에 의하여 사업자등록을 신청한 날 이후 공급받는 분부터 공제함.

ｏ 인천국제공항공사법 시행으로 인천국제공항공사가 부가가치세 과세사업을 영위하게 되었다 하더라도 부가가치세법 제17조 제2항 제5호 의 규정에 의하여 등록전 매입세액은 공제되지 않기 때문임.

〈을설〉수도권신공항건설공단이 공급받는 분부터 소급하여 공제됨.

ｏ 인천국제공항공사법 부칙 제5조에 의하여 수도권신공항건설공단이 수도권신공항건설사업과 관련하여 행한 행위 또는 수도권신공항건설공단에 대하여 행하여진 행위는 이를 인천국제공항공사가 행하거나 인천국제공항공사에 대하여 행하여진 행위로 본다고 규정하고 있고

ｏ 한국고속철도건설공단의경우 관련법령의 개정으로 상황이 변경됨에 따라 관련매입세액은 처음부터 소급하여 공제되지 않는다고 한 사례가 있기 때문임.

부가가치세법 시행령 제60조 · 부가가치세법 제17조 · 부가가치세법 제5조