신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례규정 적용 여부

1. 질의내용 요약

○ 질의사항

지역조합아파트 일반 분양분의 최초 계약체결 및 계약금 납입기간은 신축주택취득기간(2001. 5.23.~2003. 6.30.)내에 이루어진 경우에 있어 지역조합 조합원의 조합원 분양분 사용승인일이 신축주택취득기간 경과 후(2003. 7. 1일 이후)에 난 경우 조세특례제한법시행령 제99조의3 제3항 제2호 의 규정을 적용하여 양도소득세 감면혜택을 받을 수 있는지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 조세특례제한법 제99조 의 3

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 「소득세법」 제89조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2005.12.31. 개정)

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 (2003. 5.29. 개정; 주택건설촉진법 부칙) 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 (2003. 5.29. 개정; 주택건설촉진법 부칙) 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

② 「소득세법」 제89조 제1항 제3호 의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택은 이를 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다. (2005.12.31. 개정)

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. (2000.12.29. 신설)

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2000.12.29. 신설)

○ 조세특례제한법시행령 제99조 의 3

(2001. 8.14. 제목개정)

① 법 제99조의 3 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 지역”이라 함은 서울특별시, 과천시 및 「택지개발촉진법」 제3조 의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역을 말한다. (2005. 2.19. 개정)

② 법 제99조의 3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다. (2000.12.29. 신설)

③ 법 제99조의 3 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 주택”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다. (2000.12.29. 신설)

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

1. 「주택법」에 의한 주택조합 또는 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 정비사업조합(이하 이 조에서 “주택조합 등”이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 “잔여주택”이라 한다)으로서 법 제99조의 3 제1항 제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 이내에 주택조합 등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택 (2005. 2.19. 개정)

2. 조합원( 「도시 및 주거환경정비법」 제48조 의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일(주택재건축사업의 경우에는 제28조의 규정에 의한 사업시행인가일을 말한다. 이하 이조에서 같다) 또는 「주택법」 제16조 의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합 등이 조합원 외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다. (2005. 2.19. 개정)

④ 법 제99조의 3 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택”이라 함은 2001년 5월 23일전에 주택건설업자와 주택분양계약을 체결한 분양계약자가 당해 계약을 해제하고 분양계약자 또는 그 배우자(분양계약자 또는 그 배우자의 직계존비속 및 형제자매를 포함한다)가 당초 분양계약을 체결하였던 주택을 다시 분양받아 취득한 주택 또는 당해 주택건설업자로부터 당초 분양계약을 체결하였던 주택에 대체하여 다른 주택을 분양받아 취득한 주택을 말한다. 다만, 재정경제부령이 정하는 사유에 해당하는 주택을 제외한다. (2001. 8.14. 개정)

⑤ 법 제99조의 3 제1항 제2호에서 “대통령령이 정하는 조합원”이라 함은 「도시 및 주거환경정비법」 제48조 의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 「주택법」 제16조 의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. (2005. 2.19. 개정)

⑥ 제99조 제4항의 규정은 법 제99조의 3 제3항의 규정에 의한 양도소득세의 감면신청에 관하여 이를 준용한다. (2001.12.31. 항번개정)

나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 재재산-189, 2004.02.12.

□ 조합의 현황

항목

세대수

모집시기

(일반분양)

사업계획승인

사용승인(예정)

조합주택

1,064세대

1997.10월

2001.11.21.

2004. 7월 말

일반주택

(잔여주택)

402세대

2002. 2. 4.

□ 질문내용

당조합에서 국세청에 질의한 바 서면질의 회신내용과 전화상담(0000-0000) 내용이 상이하여 업무에 혼동을 초래하고 있는 바

- 귀 부에서 조세특례제한법 제99조 의 3 및 동법시행령 제99조의 3에 관한 정확한 법령해석을 하여 주시기 바람.

조세특례제한법 제99조 의 3의 규정에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정을 적용함에 있어서 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함)의 경우 당해 거주자가 신축주택취득기간(2001. 5.23.)부터 2003. 6.30.까지 중에 당해 신축주택의 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함)를 받은 경우에 동조의 규정에 의한 양도소득세과세특례 적용을 받을 수 있음.

나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 서면4팀-255, 2006.02.10.

「조세특례제한법」 제99조 의 3의 규정에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정을 적용함에 있어서 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함)의 경우 당해 거주자가 신축주택취득기간(2001. 5.23.부터 2003. 6.30.까지)중에 당해 신축주택의 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함)를 받은 경우에 동조의 규정에 의한 양도소득세 과세특례 적용을 받을 수 있는 것임.

소득세법 제89조 · 조세특례제한법 제99조의3 · 조세특례제한법 시행령 제99조의3