면세사업자가 건물 등을 기부채납하고 면세사업을 영위하는 경우

[ 질 의 ]

부가가치세가 면제되는 의료업을 영위하는 국립대학교 부속병원이 응급병동을 신축하여 준공과 동시에 국가에 귀속(기부채납)시키고 동 시설에 대한 무상사용․수익권을 얻어 면세사업에 계속하여 사용하는 경우

당해 신축건물의 기부채납행위에 대하여 부가가치세 과세 여부와 관련매입세액의 공제 가능 여부에 대하여 아래와 같이 질의함

- 아 래 -

○ 당해 기부채납행위의 부가가치세 과세여부 및 관련매입세액 공제여부

[갑설] 부가가치세가 과세되며, 관련 매입세액은 공제됨

(이유）

- 당해 시설의 사용․수익에 따른 대가가 부가가치세가 면제된다 하더라도 이는 기부채납 후 사용․수익 내용이 면세일 뿐 기부채납 행위는 별도의 거래로서 국가로부터 대가를 받고 과세되는 재화 또는 용역을 공급한 것으로 보아야 하기 때문임.

- 따라서 관련매입세액도 과세사업에 관련된 매입세액으로 공제되어야 함.

- 재경부 예규(재경부 소비 46015-267, 1998. 10. 13)의 해석사례에 따라 우리청에서는 사업자가 지방자치단체 소유의 토지에 시설물을 건설․준공한 후 지방자치단체에 귀속시키고 그 대가로 일정기간 사용수익권을 취득하여 부가가치세가 면제되는 사업에 사용하는 경우에 당해 시설물의 기부채납(지방자치단체에 귀속시키고 사용수익권의 취득)은 부가가치세가 과세되는 것으로 해석한 바 있음.

[을설] 부가가치세가 면제되며, 관련 매입세액은 불공제함.

(이유）

- 면세사업자가 자기의 면세사업과 직접 관련하여 당해 시설을 국가에 기부채납하고 무상사용․수익권을 얻어 자기의 면세사업에 계속 사용하는 경우는 면세사업의 계속으로 보아야 하며,

- 기부채납하고 무상사용․수익권을 받은 것이 비록 대가관계가 성립된다 하더라도 이는 면세사업과 직접 관련하여 일시․우발적으로 또는 필수적으로 부수하여 발생된 대가관계로 보아야 하기 때문임

[ 질 의 ]

- 재경부 예규(재경부 소비 46015-267, 1998. 10. 13)의 해석사례는 사회간접자본시설 중 제1종시설등(관련규정의 개정에 따라 개정된 범위의 시설포함)에 대한 기부채납에 한정적으로 해석하여야 하며

- 또한 재경부의 해석시 관련 규정이었던 면세규정(사회간접자본시설중 제1종시설 등을 기부채납하고 당해 시설을 이용하여 제공하는 재화나 용역의 부가가치세 면세규정)이 개정 삭제되었으므로 위 해석을 근거로 과세라고 할 수는 없는 것임

- 따라서 동 시설물 신축과 관련한 매입세액은 면세사업과 관련된 매입세액으로 불공제하여야 함.

부가가치세법 제12조