기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제 적용여부

1. 질의내용

○ 「조세특례제한법」 제12조의4제1항2호 에 따른 기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제 요건 판단 시 주식을 최초 취득한 날 현재 지분율이 50%에 미달하더라도

- 최초 취득일이 속하는 사업연도 말 현재 지분율이 50%를 초과하 는 경우 세액공제 요건을 충족하는 것으로 볼 수 있는지 여부

2. 사실관계

○ A법인은 2015년에 B법 인과 C법 인 주식을 다음과 같이 취득하였음

< 일자별 주식취득 집계표 >

B법인

C법인

취득일

취득

주식수

총 발행

주식수

지분율

(누계)

취득일

취득

주식수

총 발행

주식수

지분율

(누계)

15.10.08

13,750

38,250

35.9%

15.07.14

11,070

79.070

14.0%

15.10.23

6,374

44,624

45.1%

15.07.30

15,815

94,885

28.3%

15.10.29

4,000

44,624

54.1%

15.08.17

24,700

94,885

54.4%

15.09.04

8,157

94,885

62.9%

합 계

24,124

59,742

○ A법인은 당초 주식 취득 사업연도에 「조세특례제한법」 제12조의4 에 따른 기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제를 적용하지 않았으나, 이 후 해당 세액공제 누락분에 대하여 경정청구를 하였음

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제12조의4

① 내국법인(이하 이 조에서 "인수법인"이라 한다)이 2021년 12월 31 일까지 대통령령으로 정하는 기술혁신형 중소기업(이하 이 조에서 " 피인수법인"이라 한다)의 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 " 주 식등"이라 한다)을 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 취득 (대 통령령으로 정하는 특수관계인으로부터 취득한 경우는 제외한 다)하는 경우 매입가액 중 대통령령으로 정하는 기술가치 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 해당 사업연도의 법인세에서 공제 한다.

1. 인수법인이 피인수법인의 주식등을 최초 취득한 날 (이하 이 조에 서 " 취득일 "이라 한다) 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간 의 취득일 것

2. 인수법인이 취득일에 취득한 주식등이 취득일 현재 피인수법인 의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50 (인수법인이 피인수법 인 의 최대출자자로서 피인수법인의 경영권을 실질적으로 지배하는 경 우는 100분의 30으로 하고 이하 이 조에서 “기준지분비율) 을 초과 하 고, 인수법인이 해당 주식등을 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까 지 보유할 것

3. 인수법인이 취득일에 취득한 주식등의 매입가액이 가목의 금액 에 나목의 비율을 곱한 금액 이상일 것

가. 취득일 현재 피인수법인의 순자산시가의 100분의 130

나. 취득일에 취득한 주식등이 취득일 현재 피인수법인의 발행주식 총수 또는 출자총액에서 차지하는 비율(이하 이 조에서 "당초지분비 율"이라 한다)

4. 대통령령으로 정하는 피인수법인의 주주 또는 출자자(이하 이 조에서 "주주등"이라 한 다) 가 해당 주식등을 양도한 날부터 그 날이 속하 는 사업연도의 종료일까지 인수법인 또 는 피인수법인의 지배주주등에 해당하지 아니할 것

5. 피인수법인이 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 종전에 영위하던 사업을 계속할 것

○ 조세특례제한법 시행령 제11조의4

① 법 제12조의4제1항제1호에 따른 최초 취득한 날(이하 이 조에서 " 취득일"이라 한다)은 인수법인이 피인수법인의 주식 또는 출자지 분(이하 이 조에서 "주식등"이라 한다)을 취득한 날부터 직전 2년 이내의 기간 동안 그 주식등을 보유한 사실이 없는 경우로 한다. 다만, 인수법인이 「법인세법 시행령」 제50조제2항 에 따른 소액 주주등에 해당하는 기간은 주식등을 보유한 것으로 보지 아니한 다.

② 법 제12조의4제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기술혁신형 중소기업"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 중소기업을 말한다.

1. 취득일까지 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제25조에 따라 벤처기업으로 확인받은 기업

2. 취득일까지 「중소기업 기술혁신 촉진법」 제15조 와 같은 법 시 행령 제13조에 따라 기술혁신형 중소기업으로 선정된 기업

3. 취득일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 법 제10조제1항에 따른 연구ㆍ인력개발비가 매출액의 100분의 5 이상인 중소기업

4. 취득일까지 다음 각 목 중 어느 하나에 해당하는 인증 등을 받 은 중소기업

가. 「산업기술혁신 촉진법」 제15조의2제1항 에 따른 신기술 인증

나. 「보건의료기술 진흥법」 제8조제1항 에 따른 보건신기술 인증

다. 「산업기술혁신 촉진법」 제16조제1항 에 따른 신제품 인증

라. 「제약산업 육성 및 지원에 관한 법률」 제7조제2항에 따른 혁 신형 제약기업 인증

마. 「중견기업 성장촉진 및 경쟁력 강화에 관한 특별법」 제18조제1항 에 따른 선정

바. 그 밖에 가목부터 마목까지와 유사한 경우로서 기획재정부령으로 정하는 인증 등

④ 법 제12조의4제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기술가치 금액"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액 중에서 인수법인이 선택한 금액을 말한다

1. 「벤처기업육성에 관한 특별조치법 시행령」 제2조의3제5항 각 호의 어느 하나에 해당하는 기관이 취득일 전후 3개월 이내에 피인 수 법인이 보유한 특허권등을 평가한 금액의 합계액에 취득일 현 재의 지분비율을 곱하여 계산한 금액. 이 경우 그 계산한 금 액은 인수법인이 피인수법인에 지급한 매입가액에서 취득일 현재의 피인수법인의 순자산시가에 지분비율을 곱하여 계산한 금액을 뺀 금액[음수(陰數)인 경우에는 영으로 본다]을 한도로 한다.

2. 인수법인이 피인수법인에 지급한 매입가액에서 가목의 금액에 나목의 비율을 곱한 금액을 뺀 금액

가. 취득일 현재의 피인수법인의 순자산시가의 100분의 130에 해당하는 금액

나. 취득일 현재의 지분비율

⑤ 법 제12조의4제1항제3호와 이 영 제4항제1호에 따른 피인수법인의 순자산시가는 취득일 현재의 피인수법인의 자산총액(특허권등의 가액은 제외한다)에서 부채총액을 뺀 금액으로 한다.

조세특례제한법 시행령 제11조의4 · 법인세법시행령 제50조 · 조세특례제한법 제12조의4