인수법인이 피인수법인을 합병한 경우 피인수법인 주식을 계속 보유한 것에 해당하는지 여부

1. 사실관계

○ ’21.4.22. A법인은 기술혁신형 중소기업인 B법인 발행주식 100%를 취득하고

- ’ 21.11.1. B법인을 무증자 방식으로 1:0의 합병비율에 따라 합병함

2. 질의내용

○ 내국법인(인수법인)이 기술혁신형 중소기업(피인수법인)의 발행주식 1 00%를 취득하고 같은 사업연도 중 피인수법인을 흡수합병한 경우

- ｢조 세특례제한법｣ 제12조의4제1항제2호의 “인수법인이 해당 주식 등을 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것”이라는 요건을 충족한 것으로 볼 수 있는 지 여 부

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제12조의3

① 내 국법인이 2024년 12월 31일까지 대통령령으로 정하는 기술혁신 형 중소기업을 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 합병(대통령령으로 정하는 특수관계인과의 합병은 제외한다)하는 경우 합병법인이 피합병법인에게 지급한 양도가액(이하 이 조에서 "양도가액"이라 한다) 중 대통령령으로 정하는 기술가치 금액의 100분의 10에 상당 하는 금액을 해당 사업연도의 법인세에서 공제한다.

1. 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 합병일 것

2. 양도가액이 합병등기일 현재의 피합병법인의 순자산시가의 100분의 130 이상일 것

3. 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주 또는 출자자(이하 이 조에서 "주주등"이라 한다)가 합병등기일부터 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 합병법인의 지배주주등에 해당하지 아니할 것

4. 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속할 것

○ 조세특례제한법 제12조의4

① 내국법인(이하 이 조에서 "인수법인"이라 한다)이 2024년 12월 31 일까지 대통령령으로 정하는 기술혁신형 중소기업(이하 이 조에서 "피인수법인"이라 한다)의 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 "주 식등"이라 한다)을 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 취득(대통 령령으로 정하는 특수관계인으로부터 취득한 경우는 제외 한다)하는 경우 매입가액 중 대통령령으로 정하는 기술가치 금액의 1 00분의 10에 상당하는 금액을 해당 사업연도의 법인세에서 공제한다 .

1. 인수법인이 피인수법인의 주식등을 최초 취득한 날(이하 이 조에서 "취득일"이라 한다) 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 취득일 것

2. 인수법인이 취득일이 속하는 사업연도 내에 취득한 주식등이 해당 사업연도의 종료일 현재 피인수법인의 발행주식총수 또는 출자 총액의 100분의 50(인수법인이 피인수법인의 최대출자자로서 피 인 수법인의 경영권을 실질적으로 지배하는 경우는 100분의 30 으로 하고, 이하 이 조에서 "기준지분비율"이라 한다)을 초과하고 , 인수법인이 해당 주식등을 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것

3. 인수법인이 취득일이 속하는 사업연도 내에 취득한 주식등의 매입 가액이 가목의 금액에 나목의 비율을 곱한 금액 이상일 것

가. 취득일이 속하는 사업연도의 피인수법인의 순자산시가의 100분의 130

나. 취득일이 속하는 사업연도 내에 취득한 주식등이 해당 사업연도의 종료일 현재 피인수법인의 발행주식총수 또는 출자총액에서 차지하는 비율(이하 이 조에서 "당초지분비율"이라 한다)

4. 대통령령으로 정하는 피인수법인의 주주 또는 출자자(이하 이 조에서 "주주등"이라 한다)가 해당 주식등을 양도한 날부터 그 날이 속하는 사업연도의 종료일까지 인수법인 또는 피인수법인의 지배주주등에 해당하지 아니할 것

5. 피인수법인이 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 종전에 영위하던 사업을 계속할 것

② 제1항에 따라 법인세를 공제받은 내국법인이 5년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업 연도의 과세표준신고를 할 때 제1항에 따라 공제받은 세액[제3호에 해당하는 경우로서 각 사업연도 종료일 현재 인수법인의 피인수법인 지분비율(이하 이 항에서 "현재지분비율"이라 한다)이 기준 지분비율을 초과하는 경우에는 당초지분비율에서 현재지분비율을 차감한 값을 당초지분비율로 나눈 비율과 제1항에 따른 공제 세액 을 곱한 금액(지분비율 감소로 이미 납부한 공제세액은 제외 한다)]에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 더한 금액을 법인세로 납부하여야 한다.

1 . 대통령령으로 정하는 피인수법인의 주주등이 인수법인 또는 피인 수법인의 지배주주등에 해당하는 경우

2. 피인수법인이 종전에 영위하던 사업을 폐지하는 경우

3. 현재지분비율이 당초지분비율보다 낮아지는 경우. (단서 생략)

○ 조세특례제한법 시행령 제11조의3

① 법 제12조의3제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기술혁신형 중소기업"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 중소기업을 말한다.

2. 합병등기일까지 ｢중소기업 기술혁신 촉진법｣ 제15조 와 같은 법 시행령 제13조에 따라 기술혁신형 중소기업으로 선정된 기업

③ 법 제12조의3제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기술가치 금액"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액 중에서 합병법인이 선택한 금액을 말한다.

1. ｢벤처기업육성에 관한 특별조치법 시행령｣ 제4조 각 호의 어느 하나에 해당하는 기관이 합병등기일 전후 3개월 이내에 피합병법인이 보유한 특허권, 실용신안권 및 기획재정부령으로 정하는 기술비법 또는 기술(이하 이 조 및 제11조의4에서 "특허권등"이라 한다)을 평가한 금액의 합계액. 이 경우 그 합계액은 합병법인 이 피합병법인에 지급한 양도가액에서 합병등기일 현재의 피합병 법인의 순자산시가를 뺀 금액[음수(陰數)인 경우에는 영으로 본다] 을 한도로 한다.

2. 합병법인이 피합병법인에 지급한 양도가액에서 합병등기일 현재의 피합병법인의 순자산시가의 100분의 130을 뺀 금액

⑤ 법 제12조의3제1항제2호와 이 영 제3항에 따른 피합병법인의 순 자 산시가는 합병등기일 현재의 피합병법인의 자산총액(특허권등의 가액을 제외한다)에서 부채총액을 뺀 금액으로 한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제11조의4

② 법 제12조의4제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기술혁신형 중소기업"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 중소기업을 말한다.

2. 취 득일까지 ｢중소기업 기술혁신 촉진법｣ 제15조 와 같은 법 시행령 제13조에 따라 기술혁신형 중소기업으로 선정된 기업

④ 법 제12조의4제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기술가치 금액"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액 중에서 인수법인이 선택한 금액을 말한다.

1. ｢벤처기업육성에 관한 특별조치법 시행령｣ 제4조 각 호의 어느 하나에 해당하는 기관이 취득일 전후 3개월 이내에 피인수법인이 보유한 특허권등을 평가한 금액의 합계액에 취득일이 속하는 사업 연도 종료일 현재의 지분비율을 곱하여 계산한 금액. 이 경우 그 계산한 금액은 인수법인이 피인수법인에 지급한 매입가액에서 취득일이 속하는 사업연도의 피인수법인의 순자산시가에 해당 지분비율을 곱하여 계산한 금액을 뺀 금액[음수(陰數)인 경우에는 영으로 본다]을 한도로 한다.

2. 인수법인이 피인수법인에 지급한 매입가액에서 가목의 금액에 나목의 비율을 곱한 금액을 뺀 금액

가. 취득일이 속하는 사업연도의 피인수법인의 순자산시가의 100분의 130에 해당하는 금액

나. 취득일이 속하는 사업연도 종료일 현재의 지분비율

⑤ 법 제12조의4제1항제3호가목, 이 조 제4항제1호 및 제2호가목에 따른 취득일이 속하는 사업연도의 피인수법인의 순자산시가는 취득일 현재의 피인수법인의 자산총액(특허권등의 가액은 제외 한다)에서 부채총액을 뺀 금액으로 하되, 인수법인이 피인수법인의 주식등을 2회 이상 취득한 경우에는 취득시점 각각의 피인수법인의 순자산시가에 취득한 주식등의 수를 곱한 금액의 합계액을 해당 사업연도에 취득한 주식등의 총수로 나눈 금액으로 한다.

⑨ 법 제12조의4제2항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 취득일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 2년을 말한다. 다만, 법 제12조의4제2항제3호의 경우는 취득일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 4년으로 한다.

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