2013년 이전 지방자치단체에서 구입한 농기계의 영세율 적용 여부

1. 사실관계

○ 질의자는 2012년〜2013년 농기계(관리기외 3종)를 계약하면서 영세율을 적용하지 않고 직접 구매하여 마을회에 보급하였음

- 지방자치단체에서 직접 구입하여 보급한 농기계에 대하여 부가가치세를 환급받을 수 있는지 질의

2. 질의내용

○「 농․축산․임어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세적용 등에 관한 특례규정」개정으로 2014. 1. 1. 이후 지방 자치단체가 농민에게 공급하는 분부터 영세율이 적용되는데

- 2013년 이전 지방자치단체가 구입한 농기계 등에 대해서 부가가치세 환급을 받을 수 있는 지 여부

3. 관련법령

○ 부가가치세법 제39조

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조제1항제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

3. 삭제 <2014.1.1>

4. 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액

5. 「개별소비세법」 제1조제2항제3호 에 따른 자동차(운수업, 자동차판매업 등 대통령령으로 정하는 업종에 직접 영업으로 사용되는 것은 제외한다)의 구입과 임차 및 유지에 관한 매입세액

6. 접대비 및 이와 유사한 비용으로서 대통령령으로 정하는 비용의 지출에 관련된 매입세액

7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

8. 제8조에 따른 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액. 다만, 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록을 신청한 경우 등록신청일부터 공급시기가 속하는 과세기간 기산일까지 역산한 기간 내의 것은 제외한다.

② 제1항에 따라 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 조세특례제한법 제105조

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 영(零)의 세율을 적용한다. 이 경우 제3호 및 제3호의2는 2015년 12월 31 일까지 공급한 것에 대해서만 적용하고, 제5호 및 제6호는 2014년 12월 31일까지 공급한 것에 대해서만 적용한다. <개정 2014.1.1>

5. 대통령령으로 정하는 농민 또는 임업에 종사하는 자에게 공급(국가 및 지방자치단체와 「농업협동조합법」, 「엽연초생산협동조합법 」 또는 「산림조합법」에 따라 설립된 각 조합 및 이들의 중앙회를 통하여 공급하는 것을 포함한다)하는 농업용・축산업용 또는 임업용 기자재로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

다. 농촌 인력의 부족을 보완하고 농업의 생산성 향상에 기여할 수 있는 농업용 기계로서 대통령령으로 정하는 것

○ 조세특례제한법 부칙 <제12173호,2014.1.1>

제1조(시행일) 이 법은 2014년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제107조의2의 개정규정은 2014년 4월 1일부터, 제121조의2제1항ㆍ제2항ㆍ제4항ㆍ제5항ㆍ제14항 및 제121조의3제2항의 개정규정은 2014년 7월 1일부터, 제66조제1항ㆍ제2항, 제68조제1항ㆍ제4항, 제132조제1항제4호(작물재배업의 개정부분만 해당한다) 및 제142조의 개정규정은 2015년 1월 1일부터 시행한다.

○ 농ㆍ축산ㆍ임ㆍ어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례규정 제3조

③ 법 제105조제1항제5호 다목에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 별표 1의 농업기계를 말한다.

○ 농ㆍ축산ㆍ임ㆍ어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례규정 제4조

법 제105조제1항제5호 및 제6호에 따라 부가가치세 영세율이 적용되는 경우에 「부가가치세법」에 따라 예정신고・확정신고 또는 영세율등 조기환급신고를 함에 있어서는 해당 신고서에 다음 각 호의 구분에 따른 서류를 첨부하여 제출하여야 한다. <2014.2.21>

2. 농・축산・임・어업용 기자재를 국가기관 및 지방자치단체와 「농업 협동조합법」・「엽연초생산협동조합법」・「산림조합법」에 따라 설립된 조합 및 중앙회 또는 「수산업협동조합법」에 따라 설립된 수산업협동조합과 어촌계를 통하여 공급하는 경우에는 기획재정부령으로 정하는 해당 기관의 장 또는 지방자치단체의 장의 납품확인서

○ 농ㆍ축산ㆍ임ㆍ어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례규정 부칙 <제25202호, 2014.2.21>

제3조(납품확인서 제출에 관한 적용례) 제4조제2호의 개정규정은 2014년 1월 1일 이후 국가 또는 지방자치단체를 통하여 농ㆍ축산ㆍ임ㆍ어업용 기자재를 공급하는 분부터 적용한다.

부가가치세법 제39조 · 특별소비세법 제1조 · 조세특례제한법 제105조