사실과 다른 회계처리에 기인한 경정에 따른 세액공제 적용시기

1. 질의내용 요약

○ 사실관계

- 법인이 사실과 다른 회계처리로 인한 경고․주의 등의 조치를 받아 경정청구를 함으로 인하여 환급금이 발생하는 경우,

- 당해 경정일이 속하는 사업연도의 개시일로부터 5년 이내에 종료하는 사업연도의 법인세액에서 차감하고 과다납부한 법인세를 환급하도록 규정하고 있음(법법§58의3)

- 동 규정은 ’03.12.30. 신설되었으며, 적용시기를 정하고 있는 부칙에서 ‘이 법 시행후 사실과 다른 회계처리를 하여 경고 또는 주의 등의 조치를 받는 분부터 적용’ 하는 것으로 규정하고 있음

○ 질의내용

○ 신설된 사실과 다른 회계처리에 기인한 세액공제 규정의 적용시기는

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

○ 법인세법 제58조의3

→ ’03.12.30. 개정된 것

① 내국법인이 제66조제2항제4호의 규정에 의한 경정을 받은 때에는 당해 경정일이 속하는 사업연도의 개시일부터 5년 이내에 종료하는 각 사업연도의 법인세액에서 과다납부한 세액을 순차적으로 공제한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 내국법인이 당해 사실과 다른 회계처리와 관련하여 그 경정일이 속하는 사업연도 이전의 사업연도에 국세기본법 제45조 의 규정에 의한 수정신고를 하여 납부할 세액이 있는 경우에는 그 납부할 세액에서 제1항의 규정에 의한 과다납부한 세액을 먼저 공제하여야 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 세액공제와 관련한 구체적인 방법 및 절차는 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 제66조

→ ’03.12.30. 개정된 것

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다. <개정 2000.12.29 부칙, 2003.12.30 부칙>

4. 내국법인이 증권거래법 제186조의2 의 규정에 의한 사업보고서 및 주식회사의외부감사에관한법률 제8조의 규정에 의한 감사보고서를 제출함에 있어서 수익 또는 자산을 과다계상하거나 손비 또는 부채를 과소계상하는 등 사실과 다른 회계처리를 함으로 인하여 당해 내국법인·그 감사인 또는 그에 소속된 공인회계사가 대통령령이 정하는 경고·주의 등의 조치를 받은 경우로서 과세표준 및 세액을 과다하게 계상하여 국세기본법 제45조의2 의 규정에 의하여 경정을 청구한 때

○ 법인세법 부칙 <제7005호,2003.12.30>

제1조 (시행일) 이 법은 2004년 1월 1일부터 시행한다.

제2조 (일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행후 개시하는 사업연도분부터 적용한다.

제6조 (사실과 다른 회계처리에 기인한 법인세액의 경정 등에 관한 적용례) 제58조의3·제59조제1항제4호·제66조제2항제4호 및 제72조의2의 개정규정은 이 법 시행후 사실과 다른 회계처리를 하여 경고 또는 주의 등의 조치를 받는 분부터 적용한다.

○ 법인세법 시행령 제103조의2

→ ’03.12.30. 개정된 것

법 제66조제2항제4호에서 "대통령령이 정하는 경고·주의 등의 조치"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.

1. 증권거래법 제20조 ·제186조의5 및 동법시행령 제9조의3의 규정에 의한 임원해임권고, 일정기간 유가증권의 발행제한, 증권거래법 위반으로 인하여 조치를 받은 사실의 공표, 각서징구, 고발 또는 수사기관에의 통보, 경고 또는 주의

2. 증권거래법 제206조의11제4항 의 규정에 의한 과징금의 부과

3. 증권거래법 제207조의3제2호 및 제211조제2호의 규정에 의한 징역 또는 벌금형의 선고

4. 주식회사의외부감사에관한법률 제16조제1항의 규정에 의한 감사인 또는 그에 소속된 공인회계사의 등록취소 및 업무·직무의 정지건의, 특정 회사에 대한 감사업무의 제한

5. 주식회사의외부감사에관한법률 제16조제2항의 규정에 의한 주주총회에 대한 임원의 해임권고 또는 유가증권의 발행제한

6. 주식회사의외부감사에관한법률 제20조의 규정에 의한 징역 또는 벌금형의 선고

○ 법인세법 시행령 부칙 <제18174호,2003.12.30>

제1조 (시행일) 이 영은 2004년 1월 1일부터 시행한다.

제2조 (일반적 적용례) 이 영은 이 영 시행후 개시하는 사업연도분부터 적용한다.

제12조 (사실과 다른 회계처리에 기인한 경정에 따른 세액공제의 방법 등에 관한 적용례) 제95조의3 및 제110조의2의 개정규정은 이 영 시행후 사실과 다른 회계처리를 하여 제103조의2의 개정규정에 의한 경고 또는 주의 등의 조치를 받는 분부터 적용한다.

○ 국세기본법 제18조

① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(형평)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

④ 삭제 <1993.12.31 부칙>

⑤ 세법 외의 법률 중 국세의 부과ㆍ징수ㆍ감면 또는 그 절차에 관하여 규정하고 있는 조항은 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때에는 세법으로 본다.

나. 관련사례(예규, 해석사례, 심사, 심판 등)

○ 법인세과-1224, 2009.11.05

사실과 다른 회계처리에 따라 「법인세법」제66조제2항제4호에 의한 감액경정을 받은 내국법인이 그 경정일이 속하는 사업연도 이전의 사업연도 법인세 신고내용에 오류가 있어 과세관청이 법인세 과세표준과 세액을 증액경정함에 따라 추가납부할 법인세액이 발생한 경우 같은 법 제58조의3제2항의 규정이 적용되지 아니하므로 그 납부할 세액에서 사실과 다른 회계처리에 따른 과다납부 법인세액을 공제하지 아니하는 것임

○ 법인세과-1424, 2009.12.21

「법인세법」제72조의2 제2항의 규정을 적용함에 있어 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따라 파산선고된 법인이 파산재단의 환가절차 진행 중에「법인세법」제66조제2항제4호에 따른 경정으로 인하여 발생하는 환급세액은 청산소득에 대한 법인세 납부세액을 먼저 차감하고 남은 금액을 환급하는 것이나, 귀 질의의 환급금 발생사유가「법인세법」제66조제2항제4호에 의한 경정인지는 별도 판단하시기 바람

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