물류센터 신축?임대사업을 영위하기 위해 사업권을 매입하는 경우 매입세액 공제 여부

1. 사실관계

○ 신청법인은 자본시장법에 따라 설립된 집합투자업자로 토지(이하 “본건 사업부지”)를 매입하여 그 지상에 물류센터 등을 신축‧임대하는 사업(이하 “본건 사업”)을 진행할 예정이며

- 이와 관련하여 신청법인은 2020.8.4. ㈜AAA, ㈜BBB(이하 “양도자”)와 사업양수도 계약을 체결하였고(사업의 포괄양수도에 해당하지 아니함) 9월 중 본건 사업부지 소유권 이전을 완료하여 착공할 예정임

○ 양도자는 2019.9월 본건 사업부지 소유자 00인(이하 “토지소유자들”)으로부터 본건 사업부지를 매수하기로 하는 매매계약을 체결한 후

- 본건 사업을 위한 각종 용역계약 및 인허가 업무를 수행하였으며 2020.7월 주무관청으로부터 개발행위허가 및 건축허가를 득하였음

○ 본건 사업권의 양수도대금은 양도자가 토지소유자들과 체결한 매매계약에 따른 사업부지 매매대금 000원과 기타 각종 사업권 관련 대금 000원으로

- 사업부지 매매대금 중 양도자가 토지소유자들에게 기 지급한 금액은 양도자에게, 나머지 미지급금은 토지소유자들에게 지급하며 사업권 대금은 토지 소유권이전등기 접수일에 일부 선지급 하였고 잔금은 인허가 명의변경 등 후속업무 완료시 지급할 예정임

2. 질의내용

○ 사업자가 물류센터를 신축‧임대하는 사업을 영위하기 위하여 사업권을 매입하는 경우 사업권 관련 매입세액이 공제대상인지

3. 관련법령 및 관련사례

○ 부가가치세법 제2조

이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "재화"란 재산 가치가 있는 물건 및 권리를 말한다. 물건과 권리의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 부가가치세법 시행령 제2조

② 법 제2조제1호의 권리는 광업권, 특허권, 저작권 등 제1항에 따른 물건 외에 재산적 가치가 있는 모든 것으로 한다.

○ 부가가치세법 제9조

① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것으로 한다.

○ 부가가치세법 제10조

⑨ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.

2. 사업을 양도하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것. 다만, 제52조제4항에 따라 그 사업을 양수받는 자가 대가를 지급하는 때에 그 대가를 받은 자로부터 부가가치세를 징수하여 납부한 경우는 제외한다.

○ 부가가치세법 제26조

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

14. 토지

○ 부가가치세법 제38조

① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

○ 부가가치세법 제39조

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

○ 부가가치세법 시행령 제80조

법 제39조제1항제7호에서 "대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액"이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액

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