광역급행철도 건설용역에 대한 경정청구 및 가산세

[관련 참고자료]

1. 사실관계

가.당사는 건설업을 영위하는 법인으로 2001년 한국철도시설공단(발주처)과 수도권고속철도 건설사업과 관련한 도급공사계약을 체결하였음

나.당초 고속철도 수혜범위 확대에 따른 철도이용의 활성화라는 사업 목적에 따라 고속철도의 노반 및 궤도 등 주요시설을 시공하는 것으로 계획 및 착공

다.2012.8월 국토해양부의‘삼성-동탄 광역철도 기본계획 추진 알림’에 따라 당사의 고속철도 시공구간에 대한 광역급행철도를 포함하는 동시 시공계획으로 통지받음

라.국토해양부의 지침에 따라 당사는 2013.2월부터 광역급행철도 구간에 대한 궤도 및 역사를 설치하는 공사를 진행(영세율 적용 시공구간)하였으며 당사 시공 구간은 수서-평택 고속철도 2공구 현장 총 연장 약 8.2km 중 약 1.6km에 해당하는 구간(경기도 성남시 지역내)임

마.당사는 발주처 및 국토해양부의 사업추진계획에 따라 고속철도 및 광역급행철도 동시 시공을 진행한 2013년 1기 과세기간동안 전체 공사 시공분에 대하여 부가가치세법상 일반 과세분 세금계산서를 발주처에 교부 및 신고하였음

바.이후 2014년 6월 발주처와 변경 도급계약이 체결되었으며, 이를 통해 당사의 시공구간에 대한 명확한 공사구분 및 공급가액 확정이 가능해졌으며 변경계약에 따라 당사가 당초 교부한 일반 과세분 세금계산서 중 영세율 수정세금계산서를 교부해야할 금액이 발생함

2. 질의내용

가.전체 시공분에 대한 후속적인 공사구분 및 공급가액이 확정되었음을 근거로 2013년 1기 과세기간 중 교부한 일반 과세분 세금계산서에 대하여 영세율을 적용하여 수정세금계산서를 교부하고 경정청구 가능 여부

나.당초 영세율이 아닌 일반 과세분으로 신고한 부분에 대한 영세율과세표준 신고불성실가산세 등 부가가치세법상 가산세 적용 여부

3. 관련된 법령 및 기존 해석사례

○ 조세특례제한법 제105조

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 영(영)의 세율을 적용한다. 이 경우 제3호 및 제3호의2는 2015년 12월 31일까지 공급한 것에 대해서만 적용하고, 제5호 및 제6호는 2014년 12월 31일까지 공급한 것에 대해서만 적용한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자에게 직접 공급하는 도시철도건설용역

가. 국가 및 지방자치단체

나. 「도시철도법」의 적용을 받는 도시철도공사(지방자치단체의 조례에 따라 도시철도를 건설할 수 있는 경우로 한정한다)

다. 「한국철도시설공단법」에 따른 한국철도시설공단

라. 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제2조제7호 에 따른 사업시행자

○ 국세기본법 제47조의3

① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 「교육세법」 및 「농어촌특별세법」 에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조에서 "과소신고"라 한다)하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조에서 "초과신고"라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 "과소신고납부세액등"이라 한다)의 100분의 10에 상당하는 금액을 가산세로 한다. 다만, 「부가가치세법」에 따른 사업자가 같은 법 제48조제1항ㆍ제4항, 제49조제1항, 제66조 및 제67조에 따른 신고를 한 경우로서 영세율과세표준을 과소신고(신고하지 아니한 경우를 포함한다)한 경우에는 과소신고납부세액등의 100분의 10에 상당하는 금액과 그 과소신고된 영세율과세표준의 1천분의 5에 상당하는 금액을 합한 금액을 가산세로 한다.

○ 도시철도법 제3조

이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "도시철도"란 도시교통의 원활한 소통을 위하여 도시교통권역에서 건설·운영하는 철도·모노레일·노면전차·선형유도전동기·자기부상열차 등 궤도(軌道)에 의한 교통시설 및 교통수단을 말한다.

2. "도시교통권역"이란 「도시교통정비 촉진법」 제4조 에 따라 지정·고시된 교통권역을 말한다.

○ 도시교통정비지역 및 교통권역 변경 지정․고시(건설교통부 고시 2004-148호)

도시교통정비지역 : 서울특별시

교통권역 : 인천광역시 중 계약구, 성남시, 의정부시, 안양시, 부천시, 광명시, 고양시, 과천시, 구리시, 남양주시, 하남시, 김포시, 양주군

○ 서면법규과-972, 2014.09.04

사업자가 「도시철도법」 제3조 에 따른 도시철도와 「철도건설법」 제2조 에 따른 고속철도를 모두 이용할 수 있는 공동역사의 건설용역을 한국도시철도공단에 제공하는 경우로서 도시철도건설용역대가와 고속철도건설용역대가를 국토교통부, 한국도시철도공단, 한국토지주택공사가 합리적으로 구분・확정한 가액으로 도급계약을 체결한 경우에는 그 구분된 대가 중 도시철도건설용역대가에 대하여 「조세특례제한법」 제105조제1항제3호 에 따라 영세율 적용이 가능한 것임

조세특례제한법 제105조 · 국세기본법 제47조의3 · 도시철도법 제3조 · 도시교통정비촉진법 제4조 · 철도건설법 제2조