외국투자가 전액출자한 외국인투자기업이 다른외국인 투자기업을 합병한 경우 감면비율의계산

1. 질의내용 요약

1. 사실관계

내국법인 갑은 외국투자가 A가 그 자본금(80억원) 전부를 출자한 외국인투자기업 (이하 “외투기업”)으로서, 외국인투자촉진법(1998. 11. 17 법률5559호로 개정된 것. 이하 “외촉법”) 제9조 제1항 제1호에 따라 법인세 등이 면제되는 고도기술수반사업 (이하 “면제사업”)만을 영위하고 있고, 사업개시전에 재정경제부장관으로부터 조세감면을 승인받은 바 있음. 이에 따라 갑은 최초로 소득이 발생한 1998사업연도로부터 10년 이내에 종료하는 각 사업연도 중에 발생된 소득에 대한 법인세를 외촉법 제9조 제2항에 따라 감면받고 있음.

한편, 갑의 주주인 외국투자가 A는 다른 외투기업 을에 그 자본금(20억원) 전부를 출자하고 있음. 을은 기계장치의 수입판매업을 영위하고 있고 따라서 그에 대하여는 외촉법 소정의 법인세 감면혜택은 부여되지 아니하였음(이하 편의상 을의 수입판매업을 “과세사업”이라 칭함).

100％ 면제기간 중인 1999. 6. 26 갑은 을을 흡수합병한다는 취지의 합병계약을 을과 체결하였고, 같은 해 9. 1 합병등기를 경료하였음. 갑과 을의 합병은 을의 구주 1주당 갑의 신주 1주의 비율에 따라 이루어졌기 때문에, 당해 합병으로 인하여 합병후 존속법인(이하 “존속법인”) 갑의 자본금은 80억원에서 100억원으로 증가되었음. 한편, 피합병법인 을의 주주는 외국투자가 A(합병전 갑의 외국투자가)였기 때문에, 존속법인 갑에 대한 A의 투자비율은 합병전과 마찬가지로 100％임.

2. 질의요지

이 건 합병등기일인 1999. 9. 1 현재 적용되었던 조세특례제한법(1999. 5. 24 법률 제5982호로 개정된 것. 이하 “조특법”) 제121조의 2 제2항(외촉법 제9조 제2항과 실체적 내용은 동일)에 의하면, 외투기업의 면제사업에 대한 법인세 감면세액은 아래 산식에 따라 계산됨.

감면세액 ＝ (법인세 산출세액×면제사업에서 발생된 소득/과세표준)×외국인투자비율×당해 사업연도의 감면비율

이와 관련, 존속법인 갑이 합병후에 면제사업으로부터 발생시킨 소득에 위 산식을 적용함에 있어서 “외국인투자비율”에 관하여 아래와 같은 양설이 대립하고 있어 질의함.

(갑설 : 국세청 국업 46522-150, 2001. 3. 27)

존속법인 갑의 감면세액 계산시 적용할 외국인투자비율은 외국투자가 A가 합병 전에 영위하던 면제사업에 투자한 금액 80억원이 갑의 합병후 총자본금 100억원에서 차지하는 비율인 80％임.

(을설 : 질의자 의견)

존속법인 갑의 감면세액 계산시 적용할 외국인투자비율은 합병후 발행주식 총수에서 외국투자가 A가 합병후에 소유하고 있는 주식의 수가 차지하는 비율인 100％임.

조세특례제한법 제121조