기타자산 중 특정주식 판단 시 과점주주 해당 여부

1. 사실관계

○ ㈜AAA리조트는 부동산 보유 비율이 50% 이상인 법인으로 주주는 BB교회(46.67%), ▲▲▲(47.62%, BB 교회 담임목사), 개인 C * (5.71%)

* BB 교회 교인이며, 담임목사 ▲▲▲과 친족관계 없음

○ 대한예수교장로회BB교회(이하 “BB교회”라 함) 최종 의사 결정 기관은 당회이며, 당회원은 총 46명으로 각각 1표씩 행사 하여 의사 결정함

○ ㈜AAA리조트 주식을 일괄매도하려고 함

2. 질의내용

○ 소득세법 §94①4다목의 기타자산(특정주식) 여부 판단을 위해 BB 교회와 담임목사 ▲▲▲ 이 과점 주주인지 여부

3. 관련법령

○ □ ｢소득세법｣ 제94조

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식등의 양도로 발생하는 소득

나. 주권비상장법인의 주식등 . 다만, 소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주권비상장법인의 대주주에 해당하지 아니하는 자가 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제283조 에 따라 설립된 한국금융투자협회가 행하는 같은 법 제286조제1항제5호에 따른 장외매매거래에 의하여 양도하는 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 "중소기업"이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 중견기업의 주식등은 제외한다.

4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산(이하 이 장에서 "기타자산" 이라 한다)의 양도로 발생하는 소득

다. 법인의 자산총액 중 다음의 합계액이 차지하는 비율이 100분 의 50 이상인 법인의 과점주주 ( 소유 주식등의 비율을 고려하여 대통령령으로 정하는 주주 를 말하며, 이하 이 장에서 "과점주주"라 한다) 가 그 법인의 주식등의 100분의 50 이상 을 해당 과점 주주 외의 자에게 양도 하는 경우(과점주주가 다른 과점주주에게 양도한 후 양수한 과점주주가 과점주주 외의 자에게 다시 양도하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우를 포함한다) 에 해당 주식등

1) 제1호 및 제2호에 따른 자산(이하 이 조에서 "부동산등"이라 한다)의 가액

2) 해당 법인이 직접 또는 간접으로 보유한 다른 법인의 주식 가액에 그 다른 법인의 부동산등 보유비율을 곱하여 산출한 가액. 이 경우 다른 법인의 범위 및 부동산등 보유비율의 계산방법 등은 대통령령으로 정한다.

□ ｢소득세법｣ 시행령 제158조

① 법 제94조제1항제4호다목1)ㆍ2) 외의 부분에서 "소유 주식등의 비율을 고려하여 대통령령으로 정하는 주주" 란 법인의 주주 1인과 주권상장법인기타주주 또는 주권비상장법인기타주주가 소유하고 있는 주식등의 합계액 이 해당 법인의 주식등의 합계액의 100분의 50을 초과 하는 경우 그 주주 1인과 주권상장법인기타주주 또는 주권비상장법인기타주주 (이하 " 과점주주 "라 한다)를 말한다.

□ ｢소득세법｣ 시행령 제157조

① 법 제94조제1항제3호가목1)에서 "대통령령으로 정하는 주권상장 법인의 대주주"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자 (이하 이 장 및 제225조의2에서 "주권상장법인대주주"라 한다)를 말한다. <개정 2025.2.28>

1. (중략)

가. 「국세기본법 시행령」제1조의2제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사람

나. 「국세기본법 시행령」제1조의2제3항제1호에 해당하는 자

③ 법 제94조제1항제3호나목 단서에서 "대통령령으로 정하는 주권 비상장법인의 대주주"란 제167조의8제1항제2호에도 불구하고 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 그와 다음 각 호의 구분에 따른 관계에 있는 자(이하 이 장에서 " 주권비상장법인기타주주 "라 한다)의 소유 주식의 비율 합계 또는 주주 1인 및 주권비상장법인기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식등의 시가총액이 제2항제2호의 기준에 해당하는 경우의 해당 주주 1인 및 주권비상장법인기타 주주를 말한다.

1. 주주 1인등의 소유주식의 비율 합계가 해당 법인의 주주 1인등 중 에서 최대인 경우: 제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 자

2. 주주 1인등의 소유주식의 비율 합계가 해당 법인의 주주 1인등 중에서 최대가 아닌 경우: 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자

가. 직계존비속

나. 배우자(사실상의 혼인관계에 있는 사람을 포함한다)

다. 「국세기본법 시행령」 제1조의2제3항제1호 에 해당하는 자

□ ｢ 국세기본법 ｣ 시행령 제1조의2

③ 법 제2조제20호다목에서 "주주ㆍ출자자 등 대통령령으로 정하는 경영지배관계"란 다음 각 호의 구분에 따른 관계(이하 "경영지배 관계"라 한다)를 말한다.

1. 본인이 개인인 경우

가. 본인이 직접 또는 그와 친족관계 또는 경제적 연관관계에 있는 자를 통하여 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인

나. 본인이 직접 또는 그와 친족관계, 경제적 연관관계 또는 가목의 관계에 있는 자를 통하여 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인

④ 제3항제1호 각 목 , 같은 항 제2호가목부터 다목까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 구분에 따른 요건에 해당하는 경우 해당 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 것으로 본다.

1. 영리법인인 경우

(생략)

2. 비영리법인인 경우

가. 법인의 이사의 과반수를 차지하는 경우

나. 법인의 출연재산(설립을 위한 출연재산만 해당한다)의 100분의 30 이상을 출연하고 그 중 1인이 설립자인 경우

｢소득세법｣ 제94조