국고보조금의 창업중소기업에 대한 세액감면 대상소득 해당 여부

1. 사실관계

○ 질의법인은 2023.8.16. 개업하여 건설업을 영위하고 있는 법인으로, 청년 창업중소기업 세액감면을 적용(100%)받고 있음

○ 질의법인은 건설업 관련 소득은 감면대상소득으로, 이자･배당소득 , 국고 보조금은 감면 외 소득으로 구분하여 감면 외 소득에 대해서는 법인세를 납부함

2. 질의요지

○ ｢산업안전보건법｣ 등에 따라 지급받은 국고보조금 이 창업중소기업 세액감면 대상소득 에 해당 하는 지 여부

3. 관련법령

□ 조세특례제한법 6조

① 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 "중소기업"이라 한다) 중 2027년 12월 31일 이전에 제3항 각 호에 따른 업종으로 창업한 중소기업(이하 이 조에서 "창업중소기업"이라 한다)과 「중소기업 창업 지원법」 제53조제1항에 따라 창업보육센터사업자로 지정 받은 내국인(이하 이 조에서 " 창업보육센터사업자"라 한다)에 대해서는 해당 사업에서 최초로 소득이 발 생한 과세연도(사업 개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도를 말한다. 이하 제6항에서 같다)와 그 다음 과세연도의 개시일 부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 곱한 금액에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 창업중소기업의 경우: 다음 각 목의 구분에 따른 비율

가. 2025년 12월 31일 이전에 창업한 경우

1) 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 대통령령으로 정하는 청년 창업중소기업(이하 "청년창업중소기업"이라 한다)의 경우: 100분의 100

2) 수도권과밀억제권역에서 창업한 청년창업중소기업과 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 창업중소기업의 경우: 100분의 50

② (생략)

③ 창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위는 다음 각 호의 업종을 경영하는 중소기업으로 한다.

4. 건설업

④∼ ⑩ (생략)

□ 조세특례제한법 제143조

① 내국인은 이 법에 따라 세액감면을 적용받는 사업(감면비율이 2개 이상인 경우 각각의 사업을 말하며, 이하 이 조에서 "감면대상사 업"이라 한다)과 그 밖의 사업을 겸영하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 구 분하여 경리하여야 한다.

② 소비성서비스업과 그 밖의 사업을 함께 하는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 자산ㆍ부채 및 손익을 각각의 사업별로 구분하여 경리하여야 한다.

③ 감면대상사업의 소득금액을 계산할 때 제1항 및 제2항에 따라 구분 하여 경리한 사업 중 결손금이 발생한 경우에는 해당 결손금의 합계액에서 소득금액이 발생한 사업의 소득금액에 비례하여 안분계산한 금액을 공 제한 금액으로 한다.

□ 조세특례제한법 시행령 제136조

① 법 제143조의 규정에 의한 구분경리에 관하여는 「법인세법」 제113조 의 규정을 준용한다.

② 법 제143조의 규정에 의한 감면사업의 사업별 소득금액은 「소득세법」 제19조의 규정을 준용하여 계산한다.

□ 조세특례제한법 기본통칙 6-0…2

법 제6조 제1항 및 제2항・제7조 제1항・제63조 제1항・제64조 제1항・ 제66조 제1항・제67조 제1항・제68조 제1항에 따라 감면대상 소득계산시 이자수익ㆍ유가증권처분이익ㆍ유가증권처분손실 등은 포함하지 아니한다.

□ 법인세법 제36조

① 내국법인이 「보조금 관리에 관한 법률」, 「지방재정법」, 그 밖에 대통령 령으로 정하는 법률에 따라 보조금 등(이하 이 조에서 "국 고보조금등" 이라 한다)을 지급받아 그 지급받은 날이 속하는 사업연도의 종료일까지 대통령령으로 정하는 사업용자산(이하 이 조 에서 "사업용자산"이라 한다)을 취득하거나 개량하는 데에 사용한 경우 또는 사업용자산을 취득 하거나 개량하고 이에 대한 국고보조금등을 사후에 지급받은 경우에는 해당 사업용자산의 가액 중 그 사업용자산의 취득 또는 개량에 사용된 국고보조금등 상당액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입할 수 있다.

□ 법인세법 시행령 제64조

① 법 제36조제1항에서 "대통령령으로 정하는 사업용자산"이란 사업용 유형자산 및 무형자산과 석유류를 말한다.

② 법 제36조제1항에 따라 손금에 산입하는 금액은 개별사업용자산별로 해당 사업용자산의 가액중 그 취득 또는 개량에 사용된 「보조금 관리에 관한 법률」, 「지방자치단체 보조금 관리에 관한 법률」 또는 제6항 각 호의 어느 하나에 해당하는 법률에 따른 보조금 등 (이하 이 조에서 "국고보조금 등"이라 한다)에 상당하는 금액으로 한다. 이 경우 사업용자산을 취득하 거 나 개량한 후 국고보조금등을 지급 받았을 때에는 지급일이 속한 사업연 도 이전 사업연도에 이미 손금에 산입한 감가상각비에 상당하는 금액은 손금에 산입하는 금액에서 제외한다.

③ 제2항의 규정에 의하여 손금에 산입하는 금액은 당해 사업용자산별로 다음 각호의 구분에 따라 일시상각충당금 또는 압축기장충당금으로 계상하여야 한다.

1. 감가상각자산：일시상각충당금

2. 제1호외의 자산：압축기장충당금

□ 산업안전보건법 제4조

① 정부는 이 법의 목적을 달성하기 위하여 다음 각 호의 사항을 성실히 이행할 책무를 진다.

1. 산업 안전 및 보건 정책의 수립 및 집행

2. 산업재해 예방 지원 및 지도

3. ｢근로기준법｣제76조의2에 따른 직장 내 괴롭힘 예방을 위한 조치기준 마련, 지도 및 지원

4. 사업주의 자율적인 산업 안전 및 보건 경영체제 확립을 위한 지원

5. 산업 안전 및 보건에 관한 의식을 북돋우기 위한 홍보ㆍ교육 등 안전문화 확산 추진

6. 산업 안전 및 보건에 관한 기술의 연구ㆍ개발 및 시설의 설치ㆍ운영

7. 산업재해에 관한 조사 및 통계의 유지ㆍ관리

8. 산업 안전 및 보건 관련 단체 등에 대한 지원 및 지도ㆍ감독

9. 그 밖에 노무를 제공하는 사람의 안전 및 건강의 보호ㆍ증진

② 정부는 제1항 각 호의 사항을 효율적으로 수행하기 위하여 ｢한국 산업안전보건공단법｣에 따른 한국산업안전보건공단(이하 "공단"이라 한다), 그 밖의 관련 단체 및 연구기관에 행정적ㆍ재정적 지원을 할 수 있다.

□ 산업안전보건법 제158조

① 정부는 사업주, 사업주단체, 근로자단체, 산업재해 예방 관련 전문 단체, 연구기관 등이 하는 산업재해 예방사업 중 대통령령으로 정 하는 사업에 드는 경비의 전부 또는 일부를 예산의 범위에서 보조 하거나 그 밖에 필 요한 지원(이하 "보조ㆍ지원"이라 한다)을 할 수 있다. 이 경우 고용 노동부장관은 보조ㆍ지원이 산업재해 예방 사업의 목적에 맞게 효율적으 로 사용되도록 관리ㆍ감독하여야 한다.

⑤ 보조ㆍ지원의 대상ㆍ방법ㆍ절차, 관리 및 감독, 제2항 및 제3항에 따른 취소 및 환수 방법, 그 밖에 필요한 사항은 고용노동부장관이 정하여 고 시한다.

4. 관련예규 등

○ 서면-2024-법인-0775, 2024.6.20.

｢조세특례제한법｣ 제99조의9 의 위기지역 창업기업에 대한 법인세 등의 감면 을 적용함에 있어서 내국법인이 ｢고용보험법｣ 제22조 및 같은 법 시행령 제24조에 따라 고용노동부로부터 지급받은 지역고용 촉진지원금 은 ｢조세특례제한법｣ 제99조의9 제2항 의 감면대상사업에서 발생한 소득에 해당하지 않는 것임

○ 기획재정부 조세특례제도과-86, 2024.1.29.

장애인 표준사업장 및 사회적기업이 ｢장애인고용촉진법 및 직업 재활법｣, ｢사회적기업 육성법｣에 따라 국가 등으로부터 받은 지원금은 ｢조세특례제 한법｣ 제85조의6에서 규정하는 감면대상소득에 해당하는 것임

조세특례제한법 제6조 · 조세특례제한법 시행령 제5조