정부출연금으로 취득한 재화 또는 용역에 대한 매입세액이 불공제 대상인지 여부

1. 사실관계

○ 질의법인은 ｢지방공기업법｣에 따라 설립된 서울특별시 지방공사로서 도시철도 1-8호선을 운영하며, ｢도시철도법｣의 적용을 받는 기관으로 면세사업(여객운송)과 과세사업(부동산 임대, 광고 등)을 겸영함

- 국토교통부 소관 국가연구개발사업에 공동연구기관으로 참여하였으며, 국책연구과제는 민간부담금 없이 정부출연금만을 연구비로 지급받아 수행하면서

- 지급받은 정부출연금을 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금에 해당하는 것으로 보아 전액 부가가치세 과세표준에서 제외하였고, 국책연구과제 수행에 필요한 연구기자재 등을 정부출연금으로 구입함

○ 질의법인이 국책연구과제를 수행하면서 체결한 협약내용에 따라 국책연구과제의 성과물은 질의법인에게 귀속됨

※ 연구개발과제협약서(주요 내용)

○ 과제명 : 도시철도 열차자율주행기술 적용방안 연구

○ 연구개발비

(단위 : 천원)

구 분

기관명

정부출연금

지급일자

공 동

질의법인

20,000

2018. 12.

○ 연구개발과제 수행기관 등

구 분

기 관 명

부처

국토교통부

전문기관

국토교통과학기술진흥원

주관연구기관

한국철도기술연구원

공동연구기관

질의법인

2018년 12월 일

[협약당사자]

사업단 : 한국철도기술연구원 원장 ○○○

공동연구기관 : 질의법인 대표자 ○○○

제2조(연구개발의 수행)

① 주관연구기관과 주관연구책임자는 국토교통부 소관 연구개발사업 운영규정 제12조에 따른 권한과 책임을 갖고 별첨1의 연구개발 계획서에 따라 연구개발을 성실히 수행하여야 한다.

제3조(연구비의 지급)

① 전문기관은 다음과 같이 각각의 연구기관의 연구비 관리계좌로 정부출연금을 지급한다.

제15조(지식재산권 및 발생품의 귀속 등)

① 본 연구개발 과제의 성과로서 취득하는 연구기자재·연구시설 및 시작품 등 유형적 성과물은 주관연구기관의 소유로 한다. 다만, 공동연구기관, 위탁연구 기관 및 참여기업 (이하 “참여기관”이라 한다) 이 소유의 조건으로 부담한 연구기자재 및 연구시설은 해당 참여기관의 소유로 할 수 있다.

② 본 연구개발 과제의 성과로서 취득하는 지식재산권·연구보고서의 판권 등 무형적 성과물은 개별 무형적 성과물을 개발한 연구기관의 단독 소유로 하고, 복수의 연구기관이 공동으로 개발한 경우 그 무형적 성과물을 개발한 연구기관의 공동 소유로 한다.

2. 질의내용

○ 면세사업인 여객운송업(지하철 운수)을 영위하는 사업자가 국가연구개발사업의 공동연구기관으로 참여하여 해당 과제를 수행하고 국가 등으로부터 정부출연금을 받은 경우

- 직원 명의 카드로 결제 시 매입세액 공제를 받을 수 있는지 여부

- 연구비 지출을 지하철 운수수입 관련으로 보아 매입세액이 불공제 대상인지 여부

3. 관련법령

○ 부가가치세법 제26조

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

7. 여객운송 용역. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 여객운송 용역으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다.

가. 항공기, 고속버스, 전세버스, 택시, 특수자동차, 특종선박(特種船舶) 또는 고속철도에 의한 여객운송 용역

○ 부가가치세법 제29조

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.

③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우: 그 대가(단서 생략)

⑤ 다음 각 호의 금액은 공급가액에 포함하지 아니한다.

4. 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금

○ 부가가치세법 제38조

① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

○ 부가가치세법 제39조

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

○ 부가가치세법 제40조

사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분기준"이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다.

○ 부가가치세법 시행령 제81조

① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(면세사업등에 대한 공급가액과 사업자가 해당 면세사업등과 관련하여 받았으나 법 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액을 말한다. 이하 이 조부터 제83조까지의 규정에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다.

면세사업등에 관련된 매입세액

=

공통매입세액

×

면세공급가액

총공급가액

○ 부가가치세법 제46조

③ 사업자가 대통령령으로 정하는 일반과세자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 부가가치세액이 별도로 구분되는 신용카드매출전표등을 발급받은 경우로서 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 경우 그 부가가치세액은 제38조제1항 또는 제63조제3항에 따라 공제할 수 있는 매입세액으로 본다.

1. 대통령령으로 정하는 신용카드매출전표등 수령명세서를 제출할 것

2. 신용카드매출전표등을 제71조제3항을 준용하여 보관할 것. 이 경우 대통령령으로 정하는 방법으로 증명 자료를 보관하는 경우에는 신용카드매출전표등을 보관하는 것으로 본다.

○ 부가가치세법 시행령 제88조

⑤ 법 제46조제3항에서 "대통령령으로 정하는 일반과세자"란 다음 각 호에 해당하지 아니하는 사업을 경영하는 사업자를 말한다.

1. 목욕·이발·미용업

2. 여객운송업( 「여객자동차 운수사업법 시행령」 제3조 에 따른 전세버스운송사업은 제외한다)

3. 입장권을 발행하여 경영하는 사업

4. 제35조제1호 단서의 용역을 공급하는 사업

5. 제35조제5호 단서에 해당하지 아니하는 것으로서 수의사가 제공하는 동물의 진료용역

6. 제36조제2항제1호 및 제2호의 용역을 공급하는 사업

⑥ 법 제46조제3항제1호에서 "대통령령으로 정하는 신용카드매출전표등 수령명세서"란 제74조제1호에 따른 신용카드매출전표등 수령명세서를 말한다.

⑦ 법 제46조제3항제2호에서 "대통령령으로 정하는 방법"이란 「소득세법」 제160조의2제4항 또는 「법인세법」 제116조제4항 에 따른 방법을 말한다.

부가가치세법 시행령 제88조 · 부가가치세법 시행령 제81조 · 부가가치세법 제46조 · 부가가치세법 제40조 · 부가가치세법 제39조 · 부가가치세법 제38조 · 부가가치세법 제29조 · 부가가치세법 제26조 · 소득세법 제160조의2 · 법인세법 제116조