리서치/예규

미환류소득 계산 시 “피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금”에 대한 교차공제 금지규정 적용여부

기준-2025-법규법인-0070[법규과-1755] (2025. 8. 4.)

종류
예규
안건번호
기준-2025-법규법인-0070[법규과-1755]
회신일
2025. 8. 4.
소관
국세청
AI 요약AI가 요약한 내용입니다 — 정확한 내용은 아래 원문을 확인하세요.

쟁점은 ’20사업연도 미환류소득(기업소득) 산정 시 기업소득에서 차감하는 이월결손금 중 '피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금'에 법인세법 제45조의 교차공제 금지규정(승계사업 발생소득 범위 내 공제 제한)을 적용해야 하는지다. 조특령 제100조의32제4항 라목은 2022.2.15. 개정으로 합병법인의 경우 법 제45조 등 공제제한 규정을 적용하지 않는다고 명시했는데, 이는 확인적 개정으로 개정 전인 ’20사업연도에도 동일하게 해석된다. 따라서 승계받은 이월결손금은 승계사업 소득 유무와 무관하게 교차공제 금지규정이 적용되지 않아 전액 공제함이 타당하다.

요지

’20사업연도의 미환류소득 산정 시, 피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금에 대해 “교차공제 금지규정”이 적용되는지 여부

➠ ’20사업연도에 대해서도 적용되지 않는 것으로 봄이 타당

전문

1. 사실관계

○ 자문대상법인은 ’20년도의 미환류소득에 대한 이월결손금 공제 시

- “피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금”에 대해 교차공제 금지규정을 적용하지 아니함으로써 해당 이월결손금 전액을 공제

* ‘피합병법인으로부터 승계받은 사업’에서 발생한 소득금액은 없음

2. 질의요지

○ ’20사업연도의 미환류소득 산정 시, “피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금”에 대해 “교차공제 금지규정(법인법§45②)”이 적용되는지 여부

3. 관련 법령

○ 조특령 제100조의32

투자ㆍ상생협력 과세특례

(개정 전 규정)

* 2022.2.15. 대통령령 제32413호로 개정되기 전의 것

④ 법 제100조의32제2항제1호 각 목 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란「법인세법」제14조에 따른 각 사업연도의 소득에 제1호의 합계액을 더한 금액에서 제2호의 합계액을 뺀 금액(그 수가 음수인 경우 영으로 본다. 이하 이 항에서 "기업소득"이라 한다)으로 한다.

2. 다음 각 목에 따른 금액의 합계액

라. 「법인세법」제13조제1항제1호에 따라 해당 사업연도에 공제한 결손금(합병법인 등의 경우에는 같은 법 제45조 및 제46조의4에 따라 계산한 금액을 말한다)

○ 조특령 제100조의32

투자ㆍ상생협력 과세특례

(개정 후 규정)

* 2022.2.15. 대통령령 제32413호로 개정된 것

④ 법 제100조의32제2항제1호 각 목 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란「법인세법」제14조에 따른 각 사업연도의 소득에 제1호의 합계액을 더한 금액에서 제2호의 합계액을 뺀 금액(그 수가 음수인 경우 영으로 본다. 이하 이 항에서 "기업소득"이라 한다)으로 한다.

2. 다음 각 목에 따른 금액의 합계액

라. 「법인세법」제13조제1항제1호에 따라 해당 사업연도에 공제할 수 있는 결손금. 이 경우 같은 조 제1항 각 호 외의 부분 단서의 한도는 적용하지 않으며, 합병법인 등의 경우에는 같은 법 제45조 제1항ㆍ제2항과 제46조의4제1항에 따른 공제제한 규정은 적용하지 않는다.

○ 2022.2.15 대통령령 제32413호 부칙 제1조 (시행일)

이 영은 공포한 날부터 시행한다.

○ 법인세법 45조

합병 시 이월결손금 등 공제 제한

* 2022.12.31. 법률 제19193호로 개정되기 전의 것

① 합병법인의 합병등기일 현재 제13조제1항제1호에 따른 결손금 중 제44조의3제2항에 따라 합병법인이 승계한 결손금을 제외한 금액은 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액[제113조제3항 단서에 해당되어 회계를 구분하여 기록하지 아니한 경우에는 그 소득금액을 대통령령으로 정하는 자산가액 비율로 안분계산(按分計算)한 금액으로 한다. 이하 이 조에서 같다]의 범위에서는 공제하지 아니한다

② 제44조의3제2항에 따라 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제한다.

관련법령

조세특례제한법 시행령 제100조의32

이 사안과 비슷한 고민이 있으신가요?

백승택 세무사가 직접 검토하고 맞춤 방안을 안내해드립니다