본·지점통합시 지점명의로 적용받던 부가가치세 납부유예를 지점이 폐업된 경우 본점에서 계속받을 수 있는지 여부

※ 관련참고자료

1. 질의내용 요약

○ 사실관계

○ ㈜ ○○은 휴대폰용 Micro Speaker, Dynamic Receiver, 진동모터와 다양한 인간 중심의 Wireless 음향 제품 등을 전문적으로 개발, 제조, 판매하는 회사로서

- ㈜ ○○ △△지점(이하 “질의법인”)은 ㈜ ○○의 전기전자부품을 제조하는 공장으로 2008.3.24. 신축되어 법인등기부등본에 지점으로 등록됨

○ 질의법인은 2018.4.19. △△세무서로부터 재화의 수입에 대한 부가가치세 납부유예 요건 확인서를 받았으며 세관에 제출한 후 현재 부가가치세 납부유예를 적용받고 있으며

- 2018.6.8. ㈜ ○○은 실질적 영업행위가 이루어지지 않는 본점소재지를 질의법인의 소재지로 변경하였고 동일 소재지에 사업자등록번호가 2개가 존재하여 질의법인의 사업자등록을 폐업할 예정임

☞ 질의법인의 사업자 폐업 이후 매출·매입과 관련된 모든 세금계산서는 본점명의로 발급하거나 발급받음

○ 질의내용

○ 법인의 지점명의로 재화의 수입에 대한 부가가치세 납부유예를 승인받은 사업자가 지점과 관련된 사업의 권리와 의무를 본점에 이전하고 지점사업자등록을 폐업한 경우

- 재화의 수입에 대한 부가가치세 납부유예를 본점명의로 적용받을 수 있는지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

□ 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 부가가치세법 제2조

이 법에서 사용하는 용여의 뜻은 다음과 같다.

3. “사업자”란 사업 목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자를 말한다.

○ 부가가치세법 제3조

다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로서 개인, 법인(국가ㆍ지방 자치단체와 지방자치 단체조합을 포함한다), 법인격이 없는 사단ㆍ재단 또는 그 밖의 단체는 이 법에 따라 부가가치세를 납부할 의무가 있다.

1. 사업자

2. 재화를 수입하는 자

○ 부가가치세법 제6조

① 사업자의 부가가치세 납세지는 각 사업장의 소재지로 한다.

○ 부가가치세법 제35조

① 세관장은 수입되는 재화에 대하여 부가가치세를 징수할 때(제50조의2에 따라 부가가치세의 납부가 유예되는 때를 포함한다)에는 수입된 재화에 대한 세금계산서(이하 "수입세금 계산서"라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 수입하는 자에게 발급하여야 한다.

○ 부가가치세법 시행령 제72조

① 법 제35조제1항에 따른 수입세금계산서는 법 제32조제1항에 따른 세금계산서 발급에 관한 규정을 준용하여 발급한다. 이 경우 법 제50조의2제1항에 따라 부가가치세 납부가 유예되는 때에는 수입 세금계산서에 부가가치세 납부유예 표시를 하여 발급한다.

○ 부가가치세법 제50조

제3조제2호의 납세의무자가 재화의 수입에 대하여 「관세법」에 따라 관세를 세관장에게 신고하고 납부하는 경우에는 재화의 수입에 대한 부가가치세를 함께 신고하고 납부하여야 한다.

○ 부가가치세법 제50조의2

① 세관장은 매출액에서 수출액이 차지하는 비율 등 대통령령으로 정하는 요건을 충족 하는 중소ㆍ중견사업자(이하 이 조에서 "중소ㆍ중견사업자"라 한다)가 물품을 제조 ㆍ가공하기 위한 원재료 등 대통령령으로 정하는 재화의 수입에 대하여 부가가치세의 납부 유예를 미리 질의하는 경우에는 제50조에도 불구하고 해당 재화를 수입할 때 부가가치세의 납부를 유예할 수 있다.

② 제1항에 따라 납부를 유예받은 중소ㆍ중견사업자는 납세지 관할 세무서장에게 제48조에 따른 예정신고 또는 제49조에 따른 확정신고 등을 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 납부가 유예된 세액을 정산하거나 납부하여야 한다. 이 경우 납세지 관할 세무서장 에게 납부한 세액은 세관장에게 납부한 것으로 본다.

③ 세관장은 제1항에 따라 부가가치세의 납부가 유예된 중소ㆍ중견 사업자가 국세를 체납하는 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우에는 그 납부의 유예를 취소할 수 있다. 이 경우 세관장은 해당 중소ㆍ중견사업자에게 그 취소 사실을 통지하여야 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 납부유예의 질의 절차, 납부유예 기간 및 그 밖에 납부유예에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 부가가치세법 시행령 제91조의2

① 법 제50조의2제1항에서 "매출액에서 수출액이 차지하는 비율 등 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 중소ㆍ중견사업자"란 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 중소ㆍ중견사업자(이하 이 조에서 "중소ㆍ중견사업자"라 한다)를 말한다.

1. 직전 사업연도에 「조세특례제한법 시행령」 제2조 에 따른 중소 기업 또는 같은 영 제10조제1항에 따른 중견기업에 해당하는 법인( 「조세특례제한법」 제6조제3항제2호 에 따른 제조업을 주된 사업으로 경영하는 기업에 한정한다)일 것

2. 직전 사업연도에 법 제21조에 따라 영세율을 적용받은 재화의 공급가액의 합계액 (이하 이 호에서 "수출액"이라 한다)이 다음 각 목에 해당할 것

가. 직전 사업연도에 「조세특례제한법 시행령」 제2조 에 따른 중소기업인 경우: 직전 사업연도에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액의 합계액에서 수출액이 차지하는 비율이 30퍼센트 이상이거나 수출액이 100억원 이상일 것

나. 직전 사업연도에 「조세특례제한법 시행령」 제10조제1항 에 따른 중견기업인 경우: 직전 사업연도에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액의 합계액에서 수출액이 차지하는 비율이 50퍼센트 이상일 것

3. 제3항에 따른 확인 요청일 현재 다음 각 목의 요건에 모두 해당할 것

가. 최근 3년간 계속하여 사업을 경영하였을 것

나. 최근 2년간 국세(관세를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)를 체납한 사실이 없을 것

다. 최근 3년간 ｢조세범처벌법｣ 또는 ｢관세법｣ 위반으로 처벌받은 사실이 없을 것

라. 최근 2년간 법 제50조의2제3항에 따라 납부유예가 취소된 사실이 없을 것

② 법 제50조의2제1항에서 "원재료 등 대통령령으로 정하는 재화"란 중소 ㆍ중견사업자가 자기의 과세사업에 사용하기 위한 재화를 말한다. 다만, 법 제39조제1항에 따라 매출세액에서 공제되지 아니하는 매입세액과 관련된 재화는 제외한다.

③ 중소ㆍ중견사업자는 다음 각 호의 신고기한의 만료일 중 늦은 날부터 1개월 이내에 관할 세무서장에게 제1항 각 호 요건의 충족 여부의 확인을 요청할 수 있다.

1. 직전 사업연도에 대한 ｢법인세법｣ 제60조 또는 제76조의17에 따른 신고기한

2. 직전 사업연도에 대한 법 제49조에 따른 신고기한

④ 관할 세무서장은 중소ㆍ중견사업자가 제3항에 따른 확인을 요청한 경우에는 해당 중소ㆍ중견사업자가 제1항 각 호에 해당하는지 여부를 확인한 후 요청일부터 1개월 이내에 기획재정부령으로 정하는 확인서를 해당 중소ㆍ중견사업자에게 발급하여야 한다.

⑤ 법 제50조의2제1항에 따라 부가가치세의 납부를 유예받으려는 중소ㆍ중견사업자는 제4항에 따라 발급받은 확인서를 첨부하여 기획재정부령으로 정하는 부가가치세 납부유예 적용 질의서를 관할 세관장에게 제출하여야 한다.

⑥ 법 제50조의2제1항에 따른 납부유예는 ｢관세법｣ 제38조 에 따른 납세신고를 할 때 납부하여야 하는 부가가치세에 한정하여 적용한다.

⑦ 제5항에 따라 질의를 받은 관할 세관장은 질의일부터 1개월 이내에 납부유예의 승인 여부를 결정하여 해당 중소ㆍ중견사업자에게 통지하여야 한다.

⑧ 제7항에 따라 납부유예를 승인하는 경우 그 유예기간은 1년으로 한다.

⑨ 중소ㆍ중견사업자는 법 제48조제1항, 법 제49조제1항 또는 법 제59조 제2항에 따른 신고를 할 때 해당 재화에 대하여 법 제38조제1항제2호에 따라 공제하는 매입세액과 납부가 유예된 세액을 정산하여 납부하여야 한다.

⑩ 법 제50조의2제3항에서 "국세를 체납하는 등 대통령령으로 정하는 사유"란 해당 중소 ㆍ중견사업자가 납부유예를 승인받은 후 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우를 말한다.

1. 해당 중소ㆍ중견사업자가 국세를 체납한 경우

2. 해당 중소ㆍ중견사업자가 ｢조세범처벌법｣ 또는 ｢관세법｣ 위반 으로 국세청장ㆍ지방 국세청장ㆍ세무서장 또는 관세청장ㆍ세관장 으로부터 고발된 경우

3. 제1항 각 호의 요건을 충족하지 아니한 중소ㆍ중견사업자에게 납부유예를 승인한 사실을 관할 세관장이 알게 된 경우

⑪ 국세청장, 지방국세청장, 세무서장은 해당 중소ㆍ중견사업자가 제10항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사실을 알게 되었을 때에는 지체 없이 그 사실을 관세청장에게 통보 하여야 한다.

⑫ 법 제50조의2제3항에 따른 납부유예 취소는 중소ㆍ중견사업자가 부가가치세 납부를 유예받고 수입한 재화에 대해서는 영향을 미치지 아니한다.

⑬ 법 제50조의2제1항에 따라 납부가 유예된 후 세액을 정정하기 위한 수정신고 등에 관하여는 ｢관세법｣에서 정하는 바에 따른다.

○ 부가가치세법 시행규칙 제62조

⑮ 영 제91조의2제3항 및 제4항에 따른 부가가치세 납부유예 요건 확인요청서 및 확인서는 별지 제33호의2서식과 같다.

⑯ 영 제91조의2제5항에 따른 부가가치세 납부유예 적용 질의서는 별지 제33호의3서식과 같다.

○ 조세특례제한법 시행령 제2조

① ｢조세특례제한법｣(이하 "법"이라 한다) 제5조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령 으로 정하는 중소기업"이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 자산 총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

1. 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 별표 1에 따른 규모 기준("평균 매출액등"은 "매출액"으로 보며, 이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것

2. 삭제 <2000.12.29>

3. 실질적인 독립성이 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호 에 적합할 것. 이 경우 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호 나목의 주식등의 간접소유 비율을 계산할 때 「자본시장과 금융 투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외하며, 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호 다목을 적용할 때 "평균매출액등이 별표 1의 기준에 맞지 아니하는 기업"은 "매출액이 「조세특례제한법 시행령」 제2조제1항제1호 에 따른 중소기업기준에 맞지 아니하는 기업"으로 본다.

4. 제29조제3항에 따른 소비성서비스업을 주된 사업으로 영위하지 아니할 것

○ 조세특례제한법 시행령 제10조

① 법 제11조제1항에서 "대통령령으로 정하는 중견기업"이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 이 조에서 "중견기업"이라 한다)을 말한다.

1. 중소기업이 아닐 것

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 업종을 주된 사업으로 영위하지 아니할 것

가. 제29조제3항에 따른 소비성서비스업

나. ｢중견기업 성장촉진 및 경쟁력 강화에 관한 특별법 시행령」 제2조제2항제2호 각 목의 업종

3. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 ｢중견기업 성장촉진 및 경쟁력 강화에 관한 특별법 시행령｣ 제2조제2항제1호에 적합할 것

4. 직전 3개 과세연도의 매출액(매출액은 제2조제4항에 따른 계산 방법으로 산출하며, 과세연도가 1년 미만인 과세연도의 매출액은 1년으로 환산한 매출액을 말한다)의 평균금액이 3천억원 미만인 기업일 것

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