사업자가 정비사업 시행사와 업무대행계약을 체결하여 대행용역을 제공하는 경우 과세 여부 및 매입세액공제

질의요지

○ 부동산개발 사업자가 종합시장 정비사업의 시행사와 시장정비사업 대행계약에 따라 사업타당성 평가업무 등 시행사를 대신하여 정비사업을 대행하면서 용역비를 지급받는 경우 부가가치세 과세 여부 및 매입세액공제 여부

사실관계

○ BB시장정비사업(주)(이하 “A사”)는 BB시장 정비사업(이하 “본건사업”)의 시행주체로 ｢전통시장 및 상점가 육성을 위한 특별법｣에 따라 시장을 개발하여 토지 등 지분소유자에게 확정대물지급(신규점포등)하고, 잔여분은 일반분양할 예정으로

- 부동산개발 사업자인 질의법인과 본건사업에 대한 프로젝트 매니지먼트 계약(이하 “PM계약” 또는 “대행계약”)을 체결함

○ 질의법인은 A사가 지정한 PM용역회사로서 본건사업을 질의법인의 책임과 비용으로 집행함에 있어(용역계약서 §4)

- 본건사업과 관련하여 인허가, 시공사 선정 및 계약, 조합원 및 일반분양자에 대한 분양업무등을 A사 명의로 수행하고

- 정비사업과 관련하여 설계, 심의‧평가, 사업타당성평가, 분양대행용역(이하 “본건용역”) 등의 업무를 질의법인 명의로 직접 수행할 예정임(용역계약서 §5)

○ 질의법인은 본건사업에 필요한 외주용역업체와 계약을 체결하여 사업타당성 평가, 설계용역 등 본건용역을 제공받으면서 세금계산서를 수취하고 용역비를 지급하며(용역계약서 §8)

- 질의법인이 상가시설 및 아파트(***세대) 분양 및 일반 분양분 중 미분양분에 대한 책임을 지며, 일반분양 완료 후에 잔존하는 수익은 용역대가로 지급받을 예정임(용역계약서 §10 )

관련법령

○ 부가가치세법 제2조

이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

3. "사업자"란 사업 목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자를 말한다.

6. "과세사업"이란 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 말한다.

○ 부가가치세법 제3조

다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로서 개인, 법인(국가‧지방자치단체와 지방자치단체조합을 포함한다), 법인격이 없는 사단‧재단 또는 그 밖의 단체는 이 법에 따라 부가가치세를 납부할 의무가 있다.

1. 사업자

○ 부가가치세법 제4조

부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다.

1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급

○ 부가가치세법 제11조

① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

1. 역무를 제공하는 것

2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

○ 부가가치세법 제38조

① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

② 제1항제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

○ 부가가치세법 제39조

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액

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