동업기업과세특례 적용 포기 신청법인의 결손금 배분방법

1. 사실관계

○ 질의법인은 부동산매매업을 주업으로 하고 ’18년부터「조세특례 제한법」 제10절의 3에 따른 동업기업에 대한 조세특례를 적용받는 법인임

- ’22사업연도까지 누적결손금 ***백만원 중 동업자 * 에게 배분한 **백만원의 결손금 외 지분가액초과 결손금 ** ***백만원이 미배분 상태에 있음

* 질의 법인의 동업자는 거주자(1인)와 내국법인(1개)로 구성(수동적동업자 없음)

** 동업자에게 배분되는 결손금은 동업기업의 해당 과세연도의 종료일 현재 해당 동업자의 지분가액을 한도로 함(조특법 100의18②)

- ’23사업연도부터 일반법인으로 전환하고자 ’22사업연도 중 동업기업 과세특례적용 포기 신청 예정임

2. 질의요지

○ ’23사업연도부터 동업기업과세특례의 적용을 포기하고 일반법인으로 전환 하는 경우 ’22사업 연도까지 배분하지 못한 ‘배분한도 초과결손금’의 처리방법

3. 관련 법령

○ 조세특례제한법 제100조의16

① 동업기업에 대해서는 「소득세법」 제2조제1항 및 「법인세법」 제3조제1항에도 불구하고 「소득세법」 제3조 및 「법인세법」 제4조 제1항 각 호의 소득에 대한 소득세 또는 법인세를 부과하지 아니한다.

② 동업자는 제100조의18에 따라 배분받은 동업기업의 소득에 대하여 소득세 또는 법인세를 납부할 의무를 진다.

③ 내국법인이 동업기업과세특례를 적용받는 경우 해당 내국법인(이하 "동업기업 전환법인"이라 한다)은 「법인세법」 제79조제1항 의 "해산에 의한 청산소득"의 금액에 준하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 과세표준에 「법인세법」 제55조제1항 에 따른 세율을 적용 하여 계산한 금액을 법인세(이하 "준청산소득에 대한 법인세"라 한다)로 납부할 의무가 있다.

○ 조세특례제한법 제100조의17

① 동업기업과세특례를 적용받으려는 기업은 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 세무서장에게 신청을 하여야 한다.

② 동업기업과세특례를 적용받고 있는 동업기업은 대통령령으로 정하는 바에 따라 동업기업과세특례의 적용을 포기할 수 있다. 다만, 동업기업과세특례를 최초로 적용받은 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지는 동업기업과세특례의 적용을 포기할 수 없다.

○ 조세특례제한법 시행령 제100조의16

② 동업기업과세특례를 적용받고 있는 동업기업이 동업기업과세특례의 적용을 포기하려면 동업기업과세특례를 적용받지 아니하려는 최초의 과세연도의 개시일 이전에 동업자 전원의 동의서와 함께 기획재정부령 으로 정하는 동업기업과세특례 포기신청서를 납세지 관할 세무서장 에게 제출하여야 한다.

○ 조세특례제한법 제100조의18

① 동업자군별 배분대상 소득금액 또는 결손금은 각 과세연도의 종료일에 해당 동업자군에 속하는 동업자들에게 동업자 간의 손익배분비율에 따라 배분한다. 다만, 동업기업의 경영에 참여하지 아니하고 출자만 하는 자로서 대통령령으로 정하는 동업자(이하 이 절에서 "수동적 동업자"라 한다)에게는 결손금을 배분하지 아니하되, 해당 과세연도의 종료일부터 15년 이내에 끝나는 각 과세연도에 그 수동적동업자에게 소득금액을 배분할 때 배분되지 아니한 결손금을 그 배분대상 소득 금액에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 공제하고 배분한다.

② 제1항에 따라 각 동업자에게 배분되는 결손금은 동업기업의 해당 과세연도의 종료일 현재 해당 동업자의 지분가액을 한도로 한다. 이 경우 지분가액을 초과하는 해당 동업자의 결손금은 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일 이후 15년 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 배분한다.

③ 동업자는 동업기업의 과세연도의 종료일이 속하는 과세연도의 소득세 또는 법인세 과세표준을 계산할 때 제1항에 따라 배분받은 소득금액 또는 결손금을 대통령령으로 정하는 구분에 따른 익금 또는 손금 으로 보아 계산한다. 다만, 수동적동업자( 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조제19항제1호 에 따른 기관전용 사모집합투자기구의 수동적동업자 중 우리나라와 조세조약이 체결된 국가에서 설립된 연금ㆍ기금 등으로서 배분받는 소득이 해당 국가에서 과세되지 아니 하는 대통령령으로 정하는 수동적동업자는 제외한다)의 경우에는 배분받은 소득금액을 「소득세법」 제17조제1항 , 제119조제2호 및 「법인세법」 제93조제2호 에 따른 소득으로 본다.

④ 동업기업과 관련된 다음 각 호의 금액은 각 과세연도의 종료일에 동업자 간의 손익배분비율에 따라 동업자에게 배분한다. 다만, 제4호의 금액은 내국법인 및 외국법인인 동업자에게만 배분한다.

1. 「법인세법」 및 이 법에 따른 세액공제 및 세액감면금액

2. 동업기업에서 발생한 소득에 대하여 「법인세법」 제73조 및 제73조의2에 따라 원천징수된 세액

3. 「법인세법」 제75조 및 제75조의2부터 제75조의9까지의 규정에 따른 가산세 및 이 법 제100조의25에 따른 가산세

4. 「법인세법」 제55조의2 에 따른 토지 등 양도소득에 대한 법인세

⑤ 동업자는 동업기업의 과세연도의 종료일이 속하는 과세연도의 소득세 또는 법인세를 신고ㆍ납부할 때 제4항에 따라 배분받은 금액 중 같은 항 제1호 및 제2호의 금액은 해당 동업자의 소득세 또는 법인세 에서 공제하고, 같은 항 제3호 및 제4호의 금액은 해당 동업자의 소득세 또는 법인세에 가산한다.

⑥ 손익배분비율의 결정, 동업기업 소득금액 및 결손금 등의 계산 및 배분, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제100조의18

④ 법 제100조의18제2항 후단을 적용할 때 지분가액을 초과하는 해당 동업자의 결손금(이하 이 절에서 "배분한도 초과결손금"이라 한다)은 이월된 각 과세연도에 배분하는 동업기업의 각 과세연도의 결손금이 지분가액에 미달할 때에만 그 미달하는 금액의 범위에서 추가로 배분한다. 이 경우 배분한도 초과결손금에 해당하는 금액은 「소득 세법」 제45조 및 「법인세법」 제13조제1항제1호 에 따라 이월결손금의 공제를 적용할 때 해당 배분한도 초과결손금이 발생한 동업기업의 과세연도의 종료일에 발생한 것으로 본다

(중략)

⑦ 법 제100조의18제3항을 적용할 때 동업자가 배분받은 결손금은 동업자 군별로 다음 각 호의 구분에 따른다.

1. 거주자군: 「소득세법」 제19조 및 제94조에 따른 각 소득에 대한 필요경비

2. 비거주자군: 「소득세법」 제119조제3호 부터 제6호까지, 제9호부터 제11호까지에 따른 각 소득에 대한 필요경비(같은 법 제121조제2항 및 제5항에 따른 비거주자에 한정한다)

3. 내국법인군: 「법인세법」 제19조 에 따른 손금

4. 외국법인군: 「법인세법」 제92조제1항 에 따른 손금(같은 법 제97조 제1항에 따른 외국법인에 한정한다)

○ 법인세법 제13조

① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호의 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다. 다만, 제1호의 금액에 대한 공제는 각 사업연도 소득의 100분의 60[ 「조세특례제한법」 제6조제1항 에 따른 중소기업(이하 "중소기업"이라 한다)과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 100분의 100]을 한도로 한다.

1. 제14조제3항의 이월결손금 중 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 금액

가. 각 사업연도의 개시일 전 15년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금일 것

나. 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정ㆍ경정되거나 「국세기본법」 제45조 에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금일 것

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