신규사업자가 수입금액증가 등에 대한 세액공제를 적용받는 경우

1. 질의내용 요약

당사무소에서 기장대리하는 ☆☆☆☆☆치과는 2003.1.3.에 개업하여 2004.5.31.에 2003년도분 종합소득세 확정신고를 하였고, 현재 계속 사업을 수행중에 있음. 2003년도분 종합소득세 확정신고에는 조세특례제한법 제122조 제2항 제2호 에 의한 수입금액증가세액공제를 신청하였으나, 2005.6.15.에 동법 동조 동항 제1호에 의한 수입금액증가세액공제로 변하여 관할세무서에 경정청구 계류중에 있음.

경정청구의 쟁점은 신규과세연도에도 수입금액증가세액공제시에 동법 동조 동항 제1호를 적용할 수 있는가 하는 것으로, 이와 관련하여 기존 국세청 예규(서일46011-10693, 2002.5.22.)에서는 2003.12.31.이전 개업한 신용카드가맹점사업자의 경우에도 판매시점정보시스템사업자와 동일하게 동법 시행령 제117조 제3항을 유추 적용하여 동조 제2항 제1호를 적용하지 못하고 동법 동조 제2항 제2호만 적용가능한 것으로 하고 있음.

그러나 재정경제부에서 발행한 『2004년 개정세법해설』 책자에는 「조세특례제한법편 Ⅶ. 자영사업자과표양성화유인제도확대 1. 전자상거래등수입금액증가세액공제정비」에서 종전에는 판매시점정보시스템사업자만 동법 동조 동항 제1호의 적용요건으로 1년 이상 계속사업자를 명시하였으나, 과세형평성제고를 위하여 신용카드가맹사업자와 전자상거래사업자에게도 동일하게 「과세인도의 직전과세연도 종료일부터 소급하여 1년 이상 계속사업」 요건을 동법 시행령 제117조 제1항에 반영한 것으로 해설하고 있음.

이상의 상황을 종합해 보건대 우리의 의견으로는 동법 시행령 제117조 제1항의 개정취지가 수입금액증가세액공제를 적용받는 사업자들간의 과세형평성제고에 있는 것이지 입법미비 또는 불비에 따른 법문정비에 기인하는 것이 아님을 알 수 있고, 설사 단순한 입법미비 또는 불비라 하면 이를 차후 3∼4년간의 세법개정에서도 반영하지 않았다는 사실이 역으로 입법미비나 불비가 아니라 신용카드사용을 적극 권장하던 당시에 판매시점정보시스템사업자와는 달리 신용카드가맹사업자와 전자상거래사업자에게 별도의 혜택을 주기 위한 입법취지였으나, 그 후 과세불형평이 야기되어 다시 개정한 것으로 보는 것이 타당한 것 같음.

조세특례제한법 제122조