연장근로 수당 반환 환경관리원들의 후발적 경정청구 가능 여부

○ 2009년경 ☆☆시 소속 환경관리원들은 주말이나 공휴일에 근무한 것을 휴일근로뿐 아니라 연장근로로도 인정하여 연장근로 수당(2007~2008년 귀속)을 추가 지급하여 줄 것을 청구하는 취지의 민사소송(이하 ‘쟁점임금소송’)을 제기함

○ 2012. 11. 9. 쟁점임금소송의 2심재판에서 ‘휴일 근로는 연장근로에도 해당하므로 수당을 계산할 때 연장근로 수당도 가산해서 지급해야 한다‘는 취지로 판결(서울고법2010나*****)을 선고하자

- ☆☆시는 2012. 12. 4. 위 2심판결의 취지에 따라 2007~2008년 귀속 연장근로 수당(이하 ‘쟁점연장근로 수당’)을 지급하고 이에 대한 근로소득세를 수정신고함

○ 2018. 10. 25 쟁점임금소송의 3심재판에서 ‘휴일 근로는 연장근로 수당 대상이 아니라’는 이유로 위 2심판결이 파기 환송되었으나(대법원2012다******), 2019. 3. 1. 쟁점임금소송은 소취하됨

○ 이후 ☆☆시는 2020. 9. 18. 쟁점연장근로 수당을 지급받은 환경관리원들을 상대로 부당이득금 반환청구 소송(◇◇지법 □□지원 2020가합******으로서, 이하 ‘쟁점민사소송’)을 제기함

○ 쟁점민사소송 진행 중 ☆☆시와 환경관리원들 사이에 환경관리원들은 ☆☆시에 일정 이자를 가산하여 앞서 지급받은 쟁점연장근로 수당을 임의변제하되, ☆☆시는 쟁점민사소송을 소취하 하는 내용의 합의서를 작성하였고,

○ 이에 따라 ☆☆시가 환경관리원들로부터 쟁점연장근로 수당을 지급받은 뒤 쟁점민사소송은 2021.1~2월경 소취하됨

2. 질의내용

○ 지방자치단체가 소속 환경관리원들을 상대로 과다지급한 연장근로 수당의 반환을 청구하는 취지의 부당이득반환소송 중에 해당 환경관리원들과 과다지급된 연장근로 수당의 임의변제에 대한 합의서를 작성하고 이에 따라 위 수당을 변제받아 해당 소송이 소취하된 경우, 국세기본법상 후발적 경정청구사유에 해당하는지 여부 및 후발적 경정청구 기산일이 언제인지

3. 관련법령

○ 국세기본법 제45조의2

① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때

3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때

4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때

③ 제1항과 제2항에 따라 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다. 다만, 청구를 한 자가 2개월 이내에 아무런 통지(제4항에 따른 통지를 제외한다. 이하 이 항에서 같다)를 받지 못한 경우에는 통지를 받기 전이라도 그 2개월이 되는 날의 다음 날부터 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구 또는 「감사원법」에 따른 심사청구를 할 수 있다.

④ 제1항과 제2항에 따라 청구를 받은 세무서장은 제3항 본문에 따른 기간 내에 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정이 곤란한 경우에는 청구를 한 자에게 관련 진행상황 및 제3항 단서에 따라 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구 또는 「감사원법」에 따른 심사청구를 할 수 있다는 사실을 통지하여야 한다.

⑤ ｢소득세법｣ 제73조제1항 각 호에 해당하는 소득이 있는 자, 「소득세법」 제119조제1호 ㆍ제2호, 제4호부터 제8호까지, 제8호의2 및 제10호부터 제12호까지의 규정에 해당하는 소득이 있는 자 또는 「법인세법」 제93조제1호 ㆍ제2호, 제4호부터 제6호까지 및 제8호부터 제10호까지의 규정에 해당하는 국내 원천소득이 있는 자(이하 이 항 및 제52조에서 "원천징수대상자"라 한다)의 경우에는 제1항부터 제3항까지의 규정을 준용한다. 이 경우 제1항 및 제2항 각 호 외의 부분 중 "과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자"는 "연말정산 또는 원천징수하여 소득세 또는 법인세를 납부하고 「소득세법」 제164조 , 제164조의2 및 「법인세법」 제120조 , 제120조의2에 따라 지급명세서를 제출기한까지 제출한 원천징수의무자 또는 원천징수대상자( 「소득세법」 제1조의2제1항제2호 에 따른 비거주자 및 「법인세법」 제2조제3호 에 따른 외국법인은 제외한다. 다만, 원천징수의무자의 폐업 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생하여 원천징수의무자가 경정을 청구하기 어렵다고 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다)"로, 제1항 각 호 외의 부분 중 "법정신고기한이 지난 후"는 "연말정산세액 또는 원천징수세액의 납부기한이 지난 후"로, 제1항제1호 중 "과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액"은 "원천징수영수증에 기재된 과세표준 및 세액"으로, 제1항제2호 중 "과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액"은 "원천징수영수증에 기재된 환급세액"으로 본다.

⑥ 결정 또는 경정의 청구 및 통지 절차에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 국세기본법 시행령 제25조의2

법 제45조의2제2항제5호에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우

2. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우

3. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증거서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우

4. 제1호부터 제3호까지의 규정과 유사한 사유에 해당하는 경우

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