기부채납후 관리운영권에 대한 세금계산서 발급 방법

1. 사실관계

○ 한국사학진흥재단법에 따른 한국사학진흥재단이 설립한 특수목적 법 인이 사회기반시설에 대한 민간투자법 제4조 제1호 의 방식을 준 용하여 건설한 기숙사(실시협약이 2015.1.1.이후 실시협약이 체결된 분)에 대하여 그 특수목적법인이 그 기숙사를 이용하여 제공하는 용역은 부가가치세가 과세됨

- 특수목적법인이 기숙사를 건설하여 해당 사립대학에 기부채납(기숙사의 소유권을 해당 사립대학으로 등기하고 기부채납일로부터 30년간 동 기숙사 관리운영권을 해당 사립대학으로부터 특수목적법인이 득하는 행위)하고 특수목적법인은 기부채납한 기숙사 건물가액을 공급가액 으로 하고 10% 부가가치세를 가산하여 매출세금계산서를 해당 사립 대학에 발행함

2. 질의내용

○ 해당 사립대학은 특수목적법인에게 기숙사 관리운영권을 준 것에 대하여 부가가치세법상 과세거래로 보아 세금계산서를 발행하려 하는데 공 급가액을 기숙사 건물가액으로 하여 발행하는지, 기부채납한 기간인 30년 동안 안분한 금액으로 하여 일정기간마다 발행하는지 여부

3. 관련법령

○ 부가가치세법 제16조

① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다.

1. 역무의 제공이 완료되는 때

2. 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때

② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기는 대통령령으로 정한다.

○ 부가가치세법 제17조

① 사업자가 제15조 또는 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기(이하 이 조에서 "재화 또는 용역의 공급시기"라 한다)가 되기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 제32조에 따른 세금계산서 또는 제36조에 따른 영수증을 발급하면 그 세금계산서 등을 발급하는 때를 각각 그 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.

② 사업자가 재화 또는 용역의 공급시기가 되기 전에 제32조에 따른 세금계산서를 발급하고 그 세금계산서 발급일부터 7일 이내에 대가를 받으면 해당 세금계산서를 발급한 때를 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.

③ 제2항에도 불구하고 대가를 지급하는 사업자가 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 경우에는 재화 또는 용역을 공급하는 사업자가 그 재화 또는 용역의 공급시기가 되기 전에 제32조에 따른 세금계산서를 발급하고 그 세금계산서 발급일부터 7일이 지난 후 대가를 받더라도 해당 세금계산서를 발급한 때를 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.

1. 거래 당사자 간의 계약서ㆍ약정서 등에 대금 청구시기와 지급시기를 따로 적을 것

2. 대금 청구시기와 지급시기 사이의 기간이 30일 이내일 것

④ 사업자가 할부로 재화 또는 용역을 공급하는 경우 등으로서 대통령령으로 정하는 경우의 공급시기가 되기 전에 제32조에 따른 세금계산서 또는 제36조에 따른 영수증을 발급하는 경우에는 그 발급한 때를 각각 그 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.

○ 부가가치세법 시행령 제29조

② 법 제16조제2항에 따른 용역의 공급시기는 다음 각 호의 구분에 따른다.

1. 역무의 제공이 완료되는 때 또는 대가를 받기로 한 때를 공급시기로 볼 수 없는 경우: 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때

2. 사업자가 부동산 임대용역을 공급하는 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우: 예정신고기간 또는 과세기간의 종료일

가. 법 제29조제10항제1호에 따른 경우

나. 법 제29조제10항제3호에 따른 경우

다. 사업자가 부동산을 임차하여 다시 임대용역을 제공하는 경우로서 제65조제2항에 따라 과세표준을 계산하는 경우

○ 부가가치세과-489, 2009.04.09

임대인(갑)이 자기의 토지 위에 임차인(을)으로 하여금 건물을 신축하여 일정기간 무상사용하도록 하고, 그 건물의 소유권을 이전받은 경우에는 ‘갑’이 일정기간의 부동산임대용역에 대한 대가(당해건물의 시가)를 선불로 받은 것으로 보는 것이며

이때 ‘갑’은 각각의 예정신고기간 또는 과세기간의 종료일에 「부가가치세법 시행령」 제49조의2 제4항 에 따라 계산한 금액을 과세표준으로 하여 세금계산서를 교부하는 것이나

‘갑’이 같은 법 제9조 제3항에 따라 건물의 소유권을 이전받은 날에 당해 건물의 시가 상당액에 대하여 세금계산서를 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 부동산임대용역의 공급시기로 보는 것임.

부가가치세법 제16조 · 부가가치세법 제17조 · 부가가치세법 시행령 제29조 · 부가가치세법 시행령 제49조의2